如何畫出牛X的基因(組)結構圖?

2021-02-24 生信小白的加油站

可為什麼要畫牛X的基因結構圖呢?從某種影響因子來說確實沒必要。對你沒看錯,就是影響因子。具小白君不完全統計,當雜誌的影響因子低於某值時,基因結構圖的質量和文章的發表並沒有相關性;而當雜誌的影響因子高到一定值之後,情況完全不同。所以你可以用ppt裡面的箭頭畫基因結構圖。long long ago,小白君發過一篇文章,裡面的基因結構圖就是用ppt畫的,大家可以感受下。

後來小白君喜歡上了簡簡單單裝B。為了使自己畫出的基因結構圖即顯得牛X,又毫不費力費神,小白君終於找到了神器——DNAPlotter。大家再感受下這次小白君畫出的基因組結構圖。效果還是大不一樣吧。

好啦,言歸正傳,我們介紹下DNAPlotter。它是一款基因、基因組結構圖繪製軟體。這一軟體需要java的運行環境,如果你之前安裝過Java,請直接跳到下一步。如果沒有安裝過,請點下面的連結下載,軟體的按照比較簡單,按照提示操作即可。http://www.oracle.com/technetwork/java/index.html

安裝完Java之後,你的計算機便具備了java的運行環境。然後下載DNAPlotter,小白君在網上找到的下載連結為http://www.bio-soft.net/dna/dnaplotter.htm

下載完之後,直接雙擊運行。選擇Read in sequence file,點確定。在文件類型裡選擇「所有文件」,然後載入你想繪製的基因或基因組序列。這一序列可以是FASTA格式,也可以直接是text文本裡保存的序列信息。

載入序列之後,便顯示出整體的基因或基因組片段。點Options,選中或不選中Display as Circular Plot,序列則分別顯示環狀或線型。

然後就是基因的輸入以及對序列的修飾了。點Options-Features,便可添加相應的基因。在start和stop框輸入基因前後鹼基的位置,點擊Arrow head和Arrow tail可在基因前後添加箭頭,點Colour可修改基因的顏色。

你也可以通過點Graph-GC plot-draw或Graph-GC skew-draw來顯示DNA片段或基因組的GC含量以及GC偏移情況。

當然,本軟體還有很多功能,小白君就不一一講解啦。交給大家來摸索吧。最後看看大神們用這個軟體畫出來的圖吧。是不是特牛X?

怎麼樣?是不是很想試試了?那就動手吧。

That's all. Thank you!

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