使用samtools tview對bam文件進行可視化

2021-01-14 楊博士聊生信

大家好，今天給大家介紹一下samtools如何對bam文件進行可視化。說起來這個軟體也挺有意思。明明叫samtools，偏偏大部分都是對bam文件進行操作。

 

第一步：下載samtools軟體，網址https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2/download，作者用的是samtools-0.1.19版本，有喜歡其他版本的小可愛也可以嘗試其它版本。進入samtools-0.1.19所在目錄，在命令行輸入：./samtools，出現以下界面，則表明軟體安裝成功。

第二步：接下來，給大家分享一下如何samtools對sam和bam文件進行互相轉換以及對bam文件進行可視化

我們用軟體裡面examples文件夾中的文件進行分析，文件如下：


利用以下命令行，使用samtools進行分析 

./samtools faidx ex1.fa  #對參考文件ex1.fa構建索引，生成ex1.fa.fai

./samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam #將SAM轉換成BAM文件

./samtools index ex1.bam #對BAM文件建立index,生成ex1.bam.bai

./samtools tview ex1.bam ex1.fa #可視化alignment


如果我們想看一下seq1中第520個位置比對情況，直接輸入

g Goto:seq1:520

在samtools tview中，「.」代表和ex1.fa內容完全一樣；「，」表示比對到ex1.fa的互補鏈；寫了字母就代表mismatch。

 

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