nanopore測序技術專題(二十):tablet可視化比對結果

2021-02-24 基因學苑

所謂「耳聽為虛，眼見為實」，很多時候，自己用眼睛親自看過才比較可靠。而tablet就是一款可視化高通量數據的一款軟體，我們可以通過該軟體直接看到每個位點的比對細節，例如該位點被測序了多少次，每個鹼基具體是什麼，記得還在深圳工作的時候，我們經常使用這款軟體一點點檢測利用二代測序做出的細菌基因組完成圖連接的是否正確，一看就是1個多小時，導致晚上做夢滿腦子都是花花綠綠的鹼基，這算是工傷。

tablet安裝

tablet可以用於基因組的可視化，例如可以查看拼接結果每個位點的細節信息，例如有多少位點覆蓋以及每個位點具體的細節信息，還包括一些插入缺失的信息，通過tablet的可視化，可以用來評估拼接結果的準確性。tablet需要輸入拼接基因組序列與測序數據與拼接結果比對的bam文件，輸入的bam必須是排序建索引後的bam，同時拼接的基因組序列也需要建立索引，tablet工具支持windows，Linux，macos等多個版本。
軟體官網：https://ics.hutton.ac.uk/tablet/

圖 1 tablet可視化基因組

準備輸入文件


minimap2 -d co92.min co92.fa


minimap2 -ax map-ont  co92.min ../4.filter/clean.filtlong.fq.gz >s1037.sam


samtools sort -@ 4 -O bam -o s0137.sorted.bam s1037.sam
samtools index s0137.sorted.bam
samtools faidx s1037.fa

使用案例

1、將準備好的文件，至少四個，參考序列fasta格式及索引fai文件，比對並排序後的bam文件及索引bai文件；

co92.fna
co92.fai
co92.gff
s1037.sorted.bam
s1037.sorted.bam.bai

2、打開tablet，首先導入bam文件，然後導入fasta文件，索引文件無需導入，但必須與對應文件在同一目錄下，（tablet對中文支持不好）；

3、可以通過滑鼠調整顯示模式；

4、tablet還支持導入gff格式結果，方便查看固定區域，（圖中高亮區域）

END 

（添加作者微信，請註明單位姓名）


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