「基因組與轉錄組高通量測序應用最新技術與數據分析」高級實操...

2020-11-23 中國生物技術信息網

關於舉辦「基因組與轉錄組高通量測序應用最新技術與數據分析」高級實操班培訓通知

各有關單位:

隨著新一代高通量測序技術的快速發展，在準確度大大提高的前提下, 進一步降低測序成本。由此不斷產生出巨量的分子生物學數據，這些數據有著數量巨大、關係複雜的特點，以至於不利用計算機根本無法實現數據的存儲和分析。隨著生物信息學作為新興學科迅速蓬勃發展，正在改變人們研究生物醫學的傳統方式，高通量測序技術以及數據分析技術已成為探索生物學底層機制和研究人類複雜疾病診斷、治療及預後的重要工具，廣泛應用於生命科學各個領域，是21世紀生命科學與生物技術的重要戰略前沿和主要突破口。為進一步推動我國生物信息學特別是基因組學的發展，提高從業人員的技術水平，更好地促進專家學者們在研究中的分享和交流，應廣大行業工作者的要求，中國生物工程學會生物技術與生物產業信息工作委員會主辦「生物信息學暨基因組與轉錄組高通量測序應用最新技術與數據分析」高級培訓班，並由北京中科潤開生物科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：

一、培訓目標及特點：

本培訓以第三代測序、第四代測序技術的應用與數據分析、基因組、轉錄組為主題，精心設計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機實操課程。培訓邀請的主講人均是有理論和實際研究經驗的人員，學員通過與專家直接交流能夠分享到這些頂尖學術機構的研究經驗和實驗設計思路。學員通過集中專題學習後能夠擴展思路，在研究技術方面領悟

二、培訓對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學、醫學、化學、農學、計算機科學、數學類專業的課程負責人、一線教師、教研室骨幹人員、教學管理人員；科研單位從事生物、生命科學、微生物研究的相關人員；生物、醫藥、化學及相關企業的領導與技術骨幹。

三、時間地點：

2017年6月9日——6月13日 新疆 烏魯木齊

（時間安排：第1天報到，授課4天）

四、培訓內容

章節

內 容

生物信息學介紹

生物信息學介紹與前沿技術動態

序列的比對

1、全局比對 Clustalw,Muscle,Hmmer

2、局部比對 Blast, Sim4,Genewise

3、序列比對算法分析

基因組/基因注釋分析

1、新一代測序技術原理和數據處理介紹

2、基因組拼接與組裝

基因組de novo組裝方法

重複序列分析技術

3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA幹擾，SiRNA預測技術
4、基因預測
原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus
5、 基因功能注釋及常用的資料庫介紹

基因組學研究概述

1、structural genomics: 結構基因組學

2、functional genomics: 功能基因組學

3、Drug discovery: 藥物研發

4、Personalized medicine：個性化、精細醫療

DNA測序技術-轉錄組分析的進化

1、第一代測序技術：Sanger測序原理

2、第二代測序技術：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代測序技術：PacBio, Hellicos原理

4、第四代測序技術: Oxford NanoPore原理

5、其他技術Hybridization based methods (NabSys)

Experimental procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications

Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

Data analysis （part 1）：data pre-processing

evaluation of data quality 數據分析

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

Data analysis （part 2）：reference free analyses（無參轉錄組分析）

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results (cummerbund)

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.

使用R語言進行生物信息學相關的分析

使用R語言相關的包對轉錄組等組學的高通量測序數據進行差異表達、富集分析等。

生物信息學專業圖KEGG、GO等的繪製方法與運用R語言進行實現

基因組可視化軟體circos的使用

使用circos繪製基因組圈圖

生物信息學專業常用工具及繪圖方法

應用生物信息常用的工具進行專業繪圖及格式轉換；

學BioEdit、WeGO等常用生物學專業軟體的圖表及格式轉換

五、主講專家：

主講專家來自中科院等科研機構的高級專家，擁有豐富的科研及工程技術經驗，長期從事生物信息領域項目研究，具有資深的技術底蘊和專業背景。

六、頒發證書：

學員經培訓考試合格後可以獲得：

由中國生物工程學會頒發的《生物信息工程師》水平認證培訓證書

註：請學員帶兩寸彩照2張（背面註明姓名）、身份證複印件一張

七、報名辦法及費用：

每人￥4500元（含報名費、資料費、培訓費、考試費、證書費），住宿可統一安排，費用自理。請各有關部門統一組織本地區行政、企事業單位報名參加培訓，各單位也可直接報名參加，報名回執表請傳真至會務處。

八、聯繫方式：

聯繫電話：010-56234741

報名郵箱：zky-im@vip.163.com

監督電話：010-64807385-8012



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