2001年2月12日,參與人類基因組計劃的六國科學家公布了人類23對染色體DNA大規模測序的精確圖譜。這是人類首次從分子視角探索生命的奧秘,而這項被稱為生命科學「登月計劃」的研究也成為推動精準醫學發展的基礎性力量。
此後一段時期,包括華大基因在內的大批基因檢測企業應運而生,他們輸出了海量的人體微觀數據。然而,隨著人們對疾病認識不斷深入,基於多細胞測序獲得的數據已經不能滿足一些複雜疾病診斷所需的顆粒度水平。
2016年10月,全球頂級科學家在英國倫敦啟動了人類細胞圖譜計劃(Human Cell ATLAS,HCA),這項計劃將測定人類全身40萬億個細胞中每種細胞的獨特身份信息,並根據細胞間的協作路徑繪製三維人類基因圖譜。單細胞測序技術是HCA計劃實施的重要底層技術。
與基於大量細胞樣品提供平均化了組學數據的傳統測序方法不同,單細胞測序可以獲取關於樣品中每一個細胞的所有組學數據,明確樣本中包含的細胞類型,並記錄別個細胞所發生的特定變化。因此,單細胞技術對於生物醫學的革命性意義可以和顯微鏡的發明相比較,二者都可使研究者真正看到單個細胞的細微差異。
施威揚教授從2015年開始研究單細胞測序技術,這距離該項技術首次被用於胚胎細胞研究剛剛過去6年時間。施教授告訴動脈網,儘管單細胞測序已經走過了完全依靠人工手動操作的最早期階段,但即使自動化了的單細胞測序仍是一項技術門檻非常高的工作。
「現階段,單細胞測序還沒有辦法讓研究人員通過簡單培訓就上手操作,但科研和臨床中對這項技術確實存在剛性需求。」讓更多的研究人員能夠使用單細胞測序技術,並推動這項技術快速走向標準化,正是施威揚教授創辦萬乘基因的初衷。
2018年2月,在同濟大學和中國海洋大學任教多年後,施威揚教授積累了豐富的單細胞測序技術前沿應用經驗,他決定成為國內單細胞測序技術推廣的先行者。
隨後,施教授與他本科期間在清華大學生物系的同學吳子牛先生聯合在北京成立了萬乘經緯基因科技(北京)有限公司,簡稱萬乘基因,公司致力於推動高通量單細胞多組學測序技術實現標準產品化,為客戶提供穩定的單細胞測序服務。
成立一年後的1月,萬乘基因獲得合力投資的500萬天使輪融資,而後快速啟用新實驗室,並推出了多種單細胞組學的服務。施教授告訴動脈網,在前期並沒有主動出擊做市場的情況下,公司已經服務了國內的近30家客戶,其中包括醫院、研究機構、測序企業和工業企業。
目前,萬乘基因對外提供科研服務,並滿足臨床科室的生物學問題研究需求。此外,萬乘基因自主設計的微流控設備原型機已經設計完成,將陸續向用戶提供使用,並持續改進至量產標準。
應對個體疾病細胞水平差異的精準醫療2.0時代
施威揚教授認為,基於單細胞測序實現的直接針對病變細胞的疾病個性化診療對是基於個體基因組信息的精準醫療的迭代,是為精準醫療2.0。精準醫學2.0認為,每個個體的每種疾病都是獨特的存在,每位患者的病況、疾病進展及對應的細胞病變類型各不相同,對應不同的藥物需求。當前,單細胞測序在臨床上主要應用於包括腫瘤免疫治療在內的複雜疾病病變細胞的精準診斷與治療。
複雜疾病的致病機理往往涉及多種細胞病變,在沒有準確掌握細胞層面真正病因前,單一療法通常只對特定的某種細胞產生作用,大量的其他類型細胞則不會響應,這大大降低藥物的療效。如果能夠一次獲得細胞的所有信息,就可以基於有針對性的診斷制定個性化的治療方案。
據施教授介紹,單細胞測序技術已經在腫瘤免疫療法、自體免疫疾病(如多發性硬化)、複雜神經系統疾病(如阿爾茲海默症)等方面得到應用,研究人員在單個細胞中發現了指向疾病的特定病變。
目前,最近非常火熱的腫瘤新抗原療法成為單細胞測序技術與臨床應用進行早期結合的一個應用方向。腫瘤新抗原是一種純個體化的治療方案,每個人的腫瘤上面都有特異性的抗原,研究人員由此預測新抗原,並進行針對性治療。新抗原的存在性和抗原性檢測是基於DNA而非基因表達做出的,這就需要結合單細胞測序來確定新抗原的表達強度,從而實現快速篩選。
據施教授介紹,萬乘基因正在與多家研究新抗原的公司探索用單細胞測序技術作為工具,檢測腫瘤的單個細胞中是否表達了他們預測出來的抗原。
不過,由於單細胞測序技術本身尚存在諸多瓶頸,並且測序成本高、耗時長,操作難度大,尚無法大規模替代多細胞測序,「單細胞測序只有實現了與多細胞測序相近的便捷度和成本效益,才能夠在更多的研究和分析得到應用。」
基於液滴微流控技術的高通量多組學單細胞測序技術
將單個細胞放入管道中,完成標記、建庫、測序等一系列操作後得到這個細胞的組學信息,即是簡化了的單細胞測序流程。其中,標記與建庫在很大程度上決定了測序的通量。
科學家們採用了多種方式嘗試將大量的單細胞進行標記,爭取每個細胞都有獨特的標記(Index),而這個標記是一段barcode DNA可以在測序中讀到,從而將每條Reads單獨歸為某個單細胞,實現對單細胞數據的區分讀取。
2015年,液滴微流控和微孔板這兩項當前主流的高通量單細胞測序標記和建庫技術幾乎同時數出現。在國內,大多數從事單細胞測序研究的早期公司都是採用了微孔板標記路線。
然而,由於微孔板技術只能對細胞進行分離,基於微孔板的高通量單細胞技術只能用於轉錄組測序,沒有其他組學應用。萬乘基因則選擇更加具有擴展性的液滴微流控路線,核心技術是在微液滴中實現大量單個細胞的標記、測量和評價。
現有市場上的高通量單細胞測序技術主要的瓶頸是組學技術單一,只能應用於少數幾種組學。施威揚教授告訴動脈網,萬乘基因的目標是開發所有組學的單細胞測序技術,最終實現一次性同時測定細胞中的多種組學信息。
目前,萬乘基因已經能夠實現轉錄組、基因組、ATAC、甲基化、ChlP、蛋白組、免疫組的高通量單細胞測序。與對標的美國單細胞測序標杆企業10×Genomics相比,萬乘基因在基因組、甲基化、ChlP、蛋白組測序中表現更為優異。
現階段,萬乘基因既提供科研服務,又提供上遊的儀器設備和試劑。施威揚教授表示,在所有人能夠用好單細胞測序技術之前,需要專業公司提供專業的測序服務。不過,提供標準化的高通量單細胞多組學測序產品才是萬乘基因追求的真正目標,施威揚教授告訴動脈網,萬乘基因的願景是成為頂層的技術提供商。
據了解,萬乘基因正在進行第二輪融資,目標金額2000~3000萬元,資金將主要用於開發新的組學產品和市場拓展。施威揚教授表示,萬乘基因計劃擴大國內更大規模的科研服務市場中影響力的同時,在今年內推出包括ATAC和甲基化的表觀組單細胞測序產品,,並針對免疫治療和抗體研發等推出免疫組測序等臨床和工業應用。
此外,萬乘基因將啟動「腫瘤多組學計劃」——徵召20名腫瘤治療前沿領域的研究者,應用高通量單細胞多組學技術開展深度臨床科研合作。
來源: 動脈網