在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子互作的DNA區段。這需要染色質免疫共沉澱技術ChIP結合第二代測序技術（高通量測序），組合起來就是ChIP-seq。
ChIP-seq，指的是結合位點分析法，作用為研究體內蛋白質與DNA相互作用。染色質免疫共沉澱技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組範圍內檢互測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。
將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。ChIP-Seq的原理是：首先通過染色質免疫共沉澱技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，並對其進行純化與文庫構建；然後對富集得到的DNA片段進行高通量測 序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標籤精確定位到基因組上，從而獲得全基因組範圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
實驗流程：（1）甲醛交聯整個細胞系（組織），即將目標蛋白與染色質連結起來；（2）分離基因組DNA，並用超聲波將其打斷成一定長度的小片段；（3）添加與目標蛋白質特異的抗體，該抗體與目標蛋白形成免疫沉澱免疫結合複合體；（4）去交聯，純化DNA即得到染色質免疫沉澱的DNA樣本，準備測序；（5）將準備好的樣本進行深度測序。
生物信息分析流程：（1）將測序得到的短序列片段匹配到參考基因組序列上。（2）有一部分短序列不能匹配到參考基因組上，有可能是未知的基因組序列；另一部分是能夠匹配到基因組上的短序列，通常要對這些短序列進行覆蓋度計算。（3）從匹配到基因組上的短序列中進行富集區域的掃描。通常掃描到的富集區即被認為是蛋白質與DNA相互結合的區域（也有假陽性位點等的影響）。（4）對掃描到的富集區做深度分析，包括基因，GO注釋，利用基因瀏覽器進行可視化瀏覽，研究與基因結構的關係等。
測序：對客戶提供的ChIP樣品（如果有陰陽參啟動子區域或DNA序列的）進行定量檢測，檢測合格後進行測序文庫構建、DNA成簇（Cluster generation）擴增、高通量測序。
基本數據分析：數據產出統計：對測序結果進行圖像識別（Base calling），去除汙染及接頭序列；統計結果包括：測定的序列（Reads）長度、Reads數量、數據產量。
高級數據分析： 標準高級數據分析內容包括：（1）ChIP-Seq序列與參考序列比對；（2）Peak calling：統計樣品Peak信息（峰檢測及計數、平均峰長度、峰長中位數）；（3）統計樣品Uniquely mapped reads在基因上、基因間區的分布情況及覆蓋深度；（4）給出每個樣品Peak關聯基因列表及GO功能注釋；（5）在多個樣品間，對與Peak關聯基因做差異分析。
應用領域由於ChIP-Seq的數據是DNA測序的結果，為研究者提供了進一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾；（2）檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位；（3）研究組蛋白共價修飾與基因表達的關係；（4）CTCF轉錄因子研究。