確認過眼神，是值得挖掘的單細胞測序資料庫

2020-08-11 輯思編譯SCI學術編輯

考慮到單細胞測序的火熱趨勢，目前介紹的單細胞測序結果的專業資料庫主要包括：scRNASeqDB和 SCPortalen: human and mouse single-cell centricdatabase.，其中scRNASeqDB主要收錄的是來自 GEO的生物醫學單細胞測序數據。

另外就是存儲在GEO資料庫中的單細胞測序數據結果了，其中的存儲相對比較零散，沒有專庫專用的特點。考慮到單細胞測序的趨勢，這裡總結整理一個單細胞測序資料庫相關的系列，今天白介素同學介紹一個著名的公共資料庫內置的單細胞測序資料庫，ArrayExpress https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/，存儲了大量的晶片及測序結果，大概看下長啥樣。

在關於資料庫最新的介紹文章發表在著名的核酸研究雜誌上，這個咱們比較熟了，其中同樣點明了單細胞測序的大趨勢，在文章摘要中它們寫道：近年來單細胞測序的數據顯著增加，為了迎合這個趨勢.....等等。

咱們直奔主題，再ArrayExpress資料庫中另外配備了數據挖掘的在線工具進行無縫銜接，包含一些數據挖掘分析，數據下載等，最新上線了關於單細胞數據挖掘的網頁工具名為 Single Cell Expression Atlas，https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/release-notes.html.，大概看下它的內容，最近的更新包含了52個study，數萬個細胞的測序結果。

數據挖掘功能

按數據集進行挖掘，可視化，可以選擇自己感興趣的數據集，物種等，獲取基本信息

我們來看一個黑色素瘤的單細測序結果：

進行可視化查看分析結果，比如tSNE的聚類結果：

marker基因的表達熱圖：

還可以看實驗設計的基本信息：

關於單細胞測序的一些分析方法，作為補充信息：

還可以自己去下載這些數據進行分析，挖掘：

其實還有一些其它的簡單功能，比如說按自己感興趣的基因進行檢索等等，這裡就不過多介紹了。總結一下，這個工具的優勢在於能夠做簡單數據挖掘，有專門的單細胞測序板塊、方便用戶使用有整理好的數據供下載分析挖掘，免費開放。

今天的內容就分享到這裡了，白介素同學祝大家用得愉快!

來源於小張聊科研

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