這個單細胞資料庫有多牛，5分期刊2個月就發表

目前單細胞RNA測序數據分析面臨的一個挑戰是細胞簇的功能注釋。不同細胞類型中的通路具有不同的激活模式，使用單細胞轉錄組數據有助於理解這些細胞的功能，而針對單細胞數據進行通路富集分析在線工具對於不會編程但想挖掘單細胞數據的同學來說簡直就是福音啊。

今天就給大家介紹下溫州醫科大學蘇建忠教授課題組開發的scTPA，網址為http://sctpa.bio-data.cn/sctpa。這款工具於2020年5月表於國際知名期刊Bioinformatics（影響因子：5.61）

下面將給大家介紹一下這款工具的使用：

進入主頁後，需要用戶點擊的選項一覽無餘。

Species裡可以根據自己的數據來源選擇「人」（Homo sapiens）或者「小鼠」 (Mus musculus)。「scRNA-Seq profile」的選項裡，可以根據自己的數據性質進行選擇，count是基因被讀取到的次數，而下面的「TPM/CPM/FPKM/RPKM」則是校正後的數據。

「Cell type label」則是可選項，可以選擇用網站自己的label也可以提交自己的label，格式如下，需要使用逗號分隔或者是tab分隔號分隔。

通路選擇裡，主要有3個選項，包括經典通路選項裡包括如下通路，每類通路下還包含不同資料庫來源。比如General pathway就包括KEGG、Panther、BioCarta、PID和Reactome。

Extended pathways的選項裡則包含有不同資料庫來源和分類的通路，例如經典的Hallmark、Cancer modules、免疫的signature等等。

當然用戶也可以在「User defined pathway」裡提交自己的通路mark。最後，用戶可以直接點擊Run進行提交，也可以留下一個email地址，等待分析結果完成後給用戶發郵件。

Job創建後，頁面會顯示如下界面：

網頁運行完分析後會出現如下界面，點擊Download pathway activity score可以得到每個細胞在每個通路上的score（類似於一個表達矩陣的結果），點擊「Download marker pathway」可以下載不同細胞類型每個通路的差異激活結果。

Pathway activity profile裡會展示具有高變異度的通路的熱圖。

Non-linear dimensional reduction這部分會展示使用t-SNE或UMAP方法進行非線性降維的結果，可以展示2D或者3D的figure。

然後網頁展示了不同細胞類型特異性激活通路的統計結果：

以及具有顯著差異的通路的heatmap：

然後可以讓網頁展示不同通路激活的分布情況，以及細胞的不同通路的score：

最後是該通路下的基因的表達熱圖，幫助用篩選鑑定marker基因和調節基因。

關於網站的介紹就到這裡了，單細胞研究越來越火的情況下，希望小鹿介紹的scTPA可以幫助大家挖掘到寶貝。

放眼望去，近幾年，很多人都有這樣一種感受，那就是現在的科研要求越來越高，論文發表越來越難。

這主要是因為當前競爭越來越大，優質科研成果及高水平論文越來越多，學術市場水漲船高。現在，要想在學術生涯獲得良好發展，手握高分論文已經成了通行證。這不僅是對科研人員，對碩博生們也是如此。對於碩博生們來說，優質的論文更是獲到學術自信，確保順利畢業、獲得滿意工作的決定因素，根本無法忽視。

但是說到這裡，很多人可能就抱怨了：現在發論文，真的很難很難啊！

所以，我很想把一個優質的課程推薦給大家!一個可能改變所有醫學生一生的課程。

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