NGS建庫實驗系列——rRNA的去除

2021-02-20 生信菜鳥團

rRNA全名是

Ribosomal ribonucleic acid

即核糖體RNA

rRNA與蛋白共同構成

核糖體的大小亞基

除了參與構成核糖體

rRNA在物種進化中扮演重要角色

因序列結構相對保守

是物種命名及進化分類的依據

下圖為小亞基16S結構圖

為什麼要講這個嘞

因為細胞總RNA絕大部分是rRNA

無論真核生物還是原核生物

比例高達70-90%

對RNA測序文庫構建是極大挑戰


如將提取總RNA直接投入建庫

下機數據九成mapping到rRNA

簡直就是tragedy！！！

因此上一講常規轉錄組建庫中

用到Oligo-dT捕獲真核mRNA


真核生物mRNA有polyA

原核生物和非編碼RNA怎麼辦

這就需要在RNA片段化之前

增加一步rRNA去除的工序

其實原理很簡單

上一講中二鏈合成提到

利用RNase H特異性

降解RNA/DNA雜合雙鏈


設計針對不同物種rRNA的

單鏈DNA探針

與樣本中rRNA雜合

先消化rRNA再降解DNA探針

之後採用RNA純化磁珠即可

本著持家爺們兒的原則

了解了一下該實驗的核心

rRNA探針的設計合成

結果令人尷尬。。。

都是工業級別的訂單！

所以呢，童鞋們

還是用商品化試劑盒吧

省時省事還重複性好

隨著表觀遺傳學的發展

非編碼RNA的研究愈發火熱

還有各類RNA共沉澱相關研究

（RNA-IP，CLIP及後續建庫）

都離不開rRNA的去除


希望今天的內容能夠幫到大家

後續會介紹鏈特異性文庫構建

敬請期待！！！

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