一、絲藻
絲藻（Thread Alagae）是黑孢藻屬（Pithophora）的藻類，有時候容易與水棉屬（spirogyra）的發藻（Hair Algae）相互混淆。 絲藻通常長在葉片的邊緣， 長度可達 30 cm 的細絲狀。 絲藻與發藻也經常一起出現並糾纏在一起。
絲藻的誘發原因還不是很清楚。 雖然絲藻在池塘也常造成很大的困擾，利用控制水質的方式來抑制絲藻的效果有限。 有一種說法是過量的鐵質容易引發絲藻， 因此有人建議使用固態鐵肥，而非液態鐵肥。 但是這種說法，遭到部分草友的駁斥
至於絲藻的清除， 可利用筷子或牙刷加以捲起丟棄。生物防治法方面，飛狐或大和米蝦都是清理絲藻的好幫手。 此外玫瑰鯽對清理絲藻的功效，也頗受草友們的肯定。
個人覺得其實鰟鮍最經濟適用
二、發藻
發藻（Hair Algae）其實就是水綿屬（spirogyra）的植物， 常常附著於成長慢速的水草、底床或沉木上， 發藻的呈現灰綠色， 摸起來滑沾的感覺， 其長度通常不超過 4 cm。 這和絲藻（Thread Algae）是不一樣的。
光靠控制營養來著手， 並無法有效的抑制發藻的成長。 預防的措施比較重要， 任何新加入水族缸的水草或魚蝦， 都要先做好消毒防範的工作， 例如使用雙氧水或者漂白水來消毒。
一旦看見發藻的蹤跡，就必須立即採取行動。一旦發藻的成體或孢仔突破了這一道關卡， 後續的根除就比較麻煩了。
手動清理的方式包括使用筷子或牙刷將發藻卷除， 不要指望發藻會自動消失。
一旦發藻附著在底砂上， 最好的方式是翻動底砂上的發藻， 並將之埋入底砂下方 2 cm 以上， 將其活埋入無光照的底砂中致死。
附著在水草上的發藻， 必須好好的修剪， 這的確很麻煩， 但至少我們也學到了教訓， 日後不會等到一發不可收拾的時候才想到要清除整理。
過濾器也得徹底的清洗， 以免殘存的發藻成體與孢子日後有機可乘。
發藻的生物防制法效果不錯， 或者說發藻其實是不少魚蝦的零食與補品。 包括黑殼蝦與大和米蝦都是常用的除藻生物， 一眉道人清理髮藻的功效備受美草友的推賞。
三、絨毛藻
絨毛藻（Fuzz algae）是鞘藻屬（Oedogonium）的絲狀綠藻， 經常附著在水草的葉片或莖節上， 但也有可能自由漂浮， 絨毛藻的長度一般在 5-8 mm 左右。
很多藻類會混和成長：絨毛藻通常不超過 8 mm，而發藻通常不超過 4 cm。
水草缺素造成葉片養分的滲漏，可能是造成絨毛藻附著成長的原因。絨毛藻並不須要強光來成長， 受感染的水草可能因為蒙受缺素影響成長， 而使得葉片的養分滲漏至水中。 提供水草豐富的營養，能有效預防絨毛藻的發生，尤其是 CO2。
大和米蝦清理絨毛藻的功效卓著， 此外飛狐、小精靈、大鬍子異形、茉莉魚對絨毛藻的清理也很有幫助。
個人感覺上述三種藻在缸內形成的原因還是營養過多造成（對文中絨毛藻成因持懷疑） ，個人採用的對策就是減食減光換水配合微量的除藻類藥劑使用。
四、黑毛藻
黑毛藻（BBA, Black Brush Algae）可向來說是水族缸排名第一最難纏的藻類， 黑毛藻是旋毛藻屬（Audouinella）的藻類， 黑毛藻與鹿角藻都是紅藻， 外觀也有幾分相似， 因此也有不少草友相互混淆。
黑毛藻的誘發原因，就是缺乏 CO2 水中 CO2 不足或不穩定。
黑毛藻的韌性特別的強， 從酸性至鹼性的環境中都可存活， 尤其在硬水當中， 堅硬的刷毛使得唯一可能會啃食黑毛的食藻魚～飛狐～對黑毛藻也興趣缺缺。
新添購的水草在入缸之前， 最好能做防疫的工作， 將水草放入漂白水中浸泡 2 分鐘， 之後再種植到自己的水族缸。 漂白水則建議稀釋成 1/20 來浸泡。
一旦成長出來的黑毛藻，很難自動消失。 則必須動手加以清理，最好連同遭殃的水草一起剪除。
對策就是增加CO2和修剪
五、剛毛藻
剛毛藻（Chladophora）是絲狀、綠色的分支狀藻類，集結生長時看起來很像是個墨絲球。 剛毛藻摸起來並不會有滑滑的感覺， 而且絲線感覺起來又硬又細。
剛毛藻主要生長在直接受到光照的巖石或沉木上頭， 在嚴重的情況下， 也會長在水草上面。 不過剛毛藻通常會集中在某個地點， 很容易便能加以移除。
剛毛藻是屬於相當高等的藻類， 其體內所含有的葉綠素與高等植物是一樣的， 都是葉綠素 a 與 b 。
剛毛藻對低 CO2 的適應能力很強， 當水中 CO2 不足時， 很快就能利用 HCO3- 來當成碳元素的來源， 而不像其他水草還需要一段的時間來適應。 所以與其說剛毛藻被視為低 CO2 的指標， 不如說剛毛藻對低 CO2 環境適應比一般水草還要快。 所以想以化學**對付剛毛藻並不容易 。
六、藍綠藻
藍綠藻（BGA, blue green algae）也稱藍藻或藍綠菌（cyanobacteria）。 藍綠藻在大量繁殖時， 會形成藍綠色的薄膜， 並且於很短的時間內便會覆蓋所有的東西。 如果放任不處理的話， 藍綠藻將佔據整個水族缸， 並且會害死水草與魚類。
藍綠藻可以用物理的方式來處理和移除， 但如果水質沒有配合改善的話， 很快的又會死灰復燃。
藍綠藻由於是屬於細菌的關係， 也可以使用抗生素來殺死。 最常用的抗生素是紅黴素（Erythromycin）。 紅黴素用來治療魚病時， 建議劑量是連續五日以每 38 公升使用 200 mg 來投藥； 但如果要殺死藍綠藻， 建議只連續四日使用 2.5 ppm 的劑量即可。
不過使用紅黴素的結果， 也可能也同時會殺死過濾器與底砂中的硝化細菌， 再加上藍綠藻大量死亡腐敗的結果， 很可能造成水中的NH4因而升高； 況且未死亡的硝化細菌也需要氧氣將 NH4 轉變成 NO2 或 NO3， 所以水中也可能發生缺氧或者硝化作用因而減緩。 因此在以紅黴素治療至前最好儘可能將所有看得見的藍綠藻清除， 以緩和大量腐敗所早成的後遺症， 在治療之後也必須進行換水， 以降低水中的 NH4 濃度， 並且提供新鮮的氧氣。
對付藍綠藻另一個有效的方法是遮光法，是以黑色的材料將整個水族缸包裹起來， 不但關閉水族缸的照明， 也要避免間接光源的影響， 同時還要配合使用 KNO3， 將水中的鉀肥與 NO3 濃度一併提高， 一般建議的 NO3 濃度為 10-20 ppm。 經過了 3 日以後再進行一次進行大量的換水。 但在執行遮光法以前， 我們也必須先清除藍綠藻， 清洗過濾器與底砂， 然後大量換一次水。
水族缸中藍綠藻的發生與 NO3 過低有關， 因此日後維持水中相當穩定的 NO3 也是很重要的， 一般的建議是維持 NO3 在 10-20 ppm。 藍綠藻也不喜歡 pH 偏低且 CO2 偏高的環境， 也不喜歡太強的水流。
七、褐藻（硅藻）
硅藻（Diatom）就是一般水族愛好者口中所稱呼的褐藻（brown algae）。 硅藻可說是地球上最重要的生物之一， 佔了整個地球總生物質量的 1/4， 況且單單硅藻就能提供地球上 30% 的氧氣供應量， 而大型生物如鯨魚或微小生物如細菌者， 也都以要硅藻為生。
水族愛好者往往忽略了藻類的重要生態功能。 但是硅藻在水族缸內有礙觀賞，但也很少造成草友們的困擾， 因為以硅藻為生的食藻生物很多， 例如小精靈、螺類和蝦， 很容易就將硅藻清理掉。 但硅藻所謂的消除， 其實並非真正的消失， 只不過是眼不見罷了。
硅藻發生的原因， 從水中的低氮（N）高磷（P）以及二氧化矽（SiO2）過高都有關係。 目前比較接受的說法是水中的矽酸過高加上弱光是硅藻最喜好的環境。 尤其是新設置的水族缸之巖石或底砂， 如果含有高濃度的矽酸， 是硅藻誘發的環境。
而我們的水族缸通常在新設缸時比較會發生硅藻， 在一兩個星期後硅藻往往也會自動消失， 新設缸的硝化系統尚未完整建立， 水中的 NH4 會比較高， 這也是NH4 才是誘發硅藻大量繁殖的重要觀察。
解決對策:建立硝化系統，加強光照，使用小精靈等工具魚。
八、鹿角藻
鹿角藻（Staghorn Algae）此一藻類具有如雄鹿的鹿角一般的分枝狀。
大部分的草友也把鹿角藻誤認成黑毛藻。 鹿角藻與黑毛藻同屬紅藻， 但是並不同一屬， 鹿角藻是美芒藻屬（Compsopogon sp.）的紅藻．只要看到了分枝狀的就是鹿角藻， 如果沒有分枝狀的就是黑毛藻。
鹿角藻呈現出灰綠色且有如鹿角的分枝狀， 成長在某些水草與一些設備上。 鹿角藻有個優點是， 喜歡呆在水族缸中的某個特定位置， 而不會快速繁殖。 鹿角藻比較容易拔除， 但在嚴重的情況下， 整片遭侵犯的葉片也得修剪丟棄。
水中的氨氮偏高， 例如飼養密度過高或者攪動底泥， 再加上二氧化碳濃度偏低， 這是鹿角藻誘發的主要原因。
白玉飛狐會啃食鹿角藻， 對清理鹿角藻頗有幫助。 同時也要配合水草的修剪， 而水中氨氮濃度也必須加以抑制， 例如在修剪水草後進行換水， 降低養殖密度與投餌量等等， 都有助控制鹿角藻的蔓延。
有時單一束鹿角藻成長得很長，也會被誤認成灰色的絲藻。
九、綠斑藻
綠斑藻（GSA, green spot algae）是直徑小於 0.5 mm 的綠色斑點狀藻類， 偏愛較強的照明， 通常附著於光線較強的水族缸玻璃面或者成長緩慢的水草上面。 當水族缸的 CO２ 或者磷酸（PO4）濃度偏低時， 綠斑藻便出現了。
預防綠斑藻的方式很容易， 注意水中的磷酸與二氧化碳的濃度。 當綠斑藻出現是， 可考慮使用 K2HPO4 或 KH2PO4 來增加水中的磷酸濃度， 將磷酸控制在 0.3~0.5 ppm 能有效的抑制綠斑藻，我們可以將綠斑藻視為水中磷酸濃度的「指標生物」。
綠斑藻質地很堅硬，對成長在玻璃面上的綠斑藻， 我們也可以用人工刮除的方式來清哩， 例如刀片或信用卡都是不錯的工具。 常見的食藻魚對清除綠斑藻的功效實在有限。 目前來說唯一能有效刮除綠斑藻的生物， 就非斑馬螺（Neritina sp. zebra snail）（也有人稱彩蛋螺）莫屬了。
十、綠塵藻
綠塵藻（GDA, Green Dust Algae）事實上是遊動孢子（zoospores）， 通常發生於水族缸的玻璃表面上。 綠塵藻形成一層灰塵狀的綠色黏膜， 在嚴重的情況下會整個覆蓋住水族缸的玻璃。
綠塵藻到底怎麼誘發的， 還不是很清楚。 但綠塵藻偏愛強光。 將玻璃面的綠塵藻刮乾淨了， 並無助於綠塵藻的再發。 因為綠塵藻就在水裡面， 況且能夠在水中漂浮 30-90 分鐘後， 再度依附至玻璃面上。
目前根除綠塵藻最好的方法， 是不必理會綠塵藻並且任其成長， 在 10-20 天的日子裡都不必去刮玻璃， 過了這段時期以後， 綠塵藻開始形成一大塊厚度不一的薄膜， 而且開始由水族缸的玻璃面上自己剝落。 當整片綠塵藻開始自然剝離時， 正是整片將綠塵藻移除的好機會。 利用此一方法， 綠塵藻便能受到很好的控制。