環境保護稅的納稅人是在中華人民共和國領域和中華人民共和國管轄的其他海域，直接向環境排放應稅汙染物的企業事業單位和其他生產經營者。環境保護稅主要針對汙染破壞環境的特定行為徵稅，一般可以從排汙主體、排汙行為、應稅汙染物三方面來判斷是否需要交環境保護稅。
一是排汙主體。繳納環境保護稅的排汙主體是企業事業單位和其他生產經營者，也就是說排放生活汙水和垃圾的居民個人是不需要繳納環境保護稅的，這主要是考慮到目前我國大部分市縣的生活汙水和垃圾已進行集中處理，不直接向環境排放。
二是排汙行為。直接向環境排放應稅汙染物的，需要繳納環境保護稅，而間接向環境排放應稅汙染物的，不需要交環境保護稅。比如：向汙水集中處理、生活垃圾集中處理場所排放應稅汙染物的，在符合環境保護標準的設施、場所貯存或者處置固體廢物的，以及對畜禽養殖廢棄物進行綜合利用和無害化處理的，都不屬於直接向環境排放汙染物，不需要繳納環境保護稅。
三是應稅汙染物，共分為大氣汙染物、水汙染物、固體廢物和噪聲四大類。應稅大氣汙染物包括二氧化硫、氮氧化物等44種主要大氣汙染物。應稅水汙染物包括化學需氧量、氨氮等65種主要水汙染物。應稅固體廢物包括煤矸石、尾礦、危險廢物、冶煉渣、粉煤灰、爐渣以及其他固體廢物，其中，其他固體廢物的具體範圍授權由各省、自治區、直轄市人民政府確定。應稅噪聲僅指工業噪聲，是在工業生產中使用固定設備時，產生的超過國家規定噪聲排放標準的聲音，不包括建築噪聲等其他噪聲。應稅汙染物的具體稅目，大家可以查閱環境保護稅法所附的《環境保護稅稅目稅額表》和《應稅汙染物和當量值表》。
通過以上標準，可以看出，大部分企業事業單位都不是環境保護稅的納稅人。此外，隨著排汙許可制度的推行，今後所有排汙單位均納入排汙許可管理，納稅人的判別將更加簡化：一般來講，納入排汙許可管理，並直接向環境排放應稅汙染物的單位，就需要繳納環境保護稅。