清靈歸元法是圓靈功清靈部核心功，具有快速培養丹元靈氣、祛病糾偏及開發人體生命潛能的顯著作用，屬「性命雙修」之法，訣曰：「前對臍輪後對腎，中間有個靈丹爐。十字前安玉鼎，神氣之宅呼吸根"。如學者能認真地學習，那麼都能體嘗到其中的玄妙法味。
一、姿勢
端坐、盤腿或圓靈坐(兩腳底對應相貼，膝關節約成90度角，又稱金童坐)。雙手掐"圓靈訣"(左右手指自然分開伸直，然後左右手指尖對應貼，即左拇指尖與右拇指尖相貼，左食指尖與右指尖相貼，依次類推，其餘部位皆虛空分開，呈立體三角形。)於肚臍前，手訣底部中心正對準肚臍眼。虛腋松腕，含胸拔背，舌頂上牙根，雙目收回神光輕閉。修煉30分鐘左右。
二、呼吸
根據自身體驗感覺任選下列一種：(1)吸氣時小腹微收縮，呼氣時牙縫發"敕(chi)"聲，同時小腹還原；(2)吸氣時小腹微鼓，呼氣時牙縫發"敕"聲，同時小腹還原。熟煉後，只要吸氣意念命門，呼氣意念手訣即可，不必計較小腹是否相應起伏。
三、意念
呼氣時意想「咒音從肚臍發出，把掌心、指尖及手臂吹得脹麻酥熱，閃閃發光」。(隨著每一次的咒音其程度逐次加強)；吸氣時保持原感覺(即呼氣發音時產生的感覺)，同時意想「仿佛把手訣上的靈光靈氣從肚臍吸入直到命門」(形成手訣--肚臍--命門的直線來回意識運動)。
四、收功
1．默想「我收功了，我現在很健康、功力很強我明天將更好」約1分鐘。
2.用右手中指輕輕點按在肚臍上，左手任意。
3.意想「靈光靈氣沉入丹田」1分鐘。
4.接著意想「金津玉液沉入丹田」(如沒有液，也必須做吞咽的動作)l一3次。
5．順勢兩手掌重疊捂在肚臍上，順時針方向稍用力旋轉小腹九圈(如兩個方向都想旋轉，則先逆後順)。
五、要旨
1．自然認真，愉快平靜。
2．煉功前，應首先意想「靈光靈氣布滿整個房間，我沐浴在靈光靈氣之中，靈光靈氣和我溶為一體」1~3分鐘。
3．體會雙掌熱、脹、麻的良好感覺，然後隨著感覺慢慢向其它部位感傳，直至全身圓融虛靈(真武定)。
4．手指出現脈衝、顫抖、擺動均屬正常現象，應任其自然。如被幹擾驚功，用拇指掐無名指根部，可立即得到調整。
5．如小腹部或全身產生震動(良好反應)，時可用意念導引震動力到尾椎骨或按小周天線路循環3-5圈即可。
6．雲遊時可在古廟、山洞、或樹林裡靈修，室內可燃點煉功檀香、灑香或煮沸助功藥，以助功效。
7．也可把手訣下降，使雙手腕擱在大腿上。
8．每天隨時可以煉功，但臨睡前或半夜醒後立即修煉，效果較佳。
9．認真靈修49天，身體就會得到良好的健康變化，並具有診療疾病等功能。