從廣義講，「流注」涉及宇宙萬物的變化。在中醫學中，古代醫家將人體的氣血運行比作水流，並且以五輸穴的「井、滎、輸、經、合」來描述其運行由小到大、由淺入深的特徵，以形容經脈氣血的流注過程。
正如《針灸大成》所云：「所出為井，井像水之泉；所溜為滎，滎像水之陂；所注為輸，輸像水之窬；所行為經，經像水之流；所入為合，合像水之歸。皆取水義也。」歸者，言氣血歸於正經，如川谷之入江海一樣，故稱為「流注」。
由此可見，「子午流注」是根據自然界一切事物的周期性變化，以研究其與時空同步的科學理論，它給很多學科的發展都提出了研究方向。
而在中醫學，則用它來說明人體氣血運行與自然界周期同步，運行不息的關係；並說明陰、陽各經氣血的盛衰有固定的時間。氣血「迎時」而至為「盛」，「過時」而去為「衰」；「瀉則乘其盛，補則隨其去」；「逢時為開，過時為闔」。
據此創立的「子午流注」和「靈龜八法」針法，定時開穴，調和陰陽，糾正機體氣血的偏盛偏衰，為中醫、針灸治療疾病提供了科學的依據。
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