HACCP 體系認證通常分為四個階段，即申請受理階段、認證審核階段、證書保持階段、覆審換證階段。
Ⅰ 申請受理階段：認證機構對申請方提供的認證申請書、文件資料、雙方約定的審核依據等內容進行評估並與申請方籤署認證合同。申請方應提交與HACCP 體系相關的程序文件和資料如：危害分析、HACCP 計劃表、確定CCP 點的科學依據、廠區平面圖、生產工藝流程圖、車間布局圖等。認證機構根據企業規模、認證產品的品種、工藝、安全風險及審核所需人天數等。
Ⅱ 認證審核階段：認證機構確定審核小組，並按照擬定的審核計劃對申請方的HACCP 體系進行初訪和審核，審核小組可能會包括熟悉審核產品生產的專業審核員或技術專家。HACCP 體系的審核過程通常分為兩個階段，第一階段是進行文件審核，包括衛生標準操作程序（SSOP）、良好操作規範（GMP）、員工培訓計劃、設備保養計劃、HACCP 計劃等。這一階段的評審一般需要在申請方的現場進行，以便審核組收集更多的必要信息。審核組根據收集的信息資料將進行獨立的危害分析，在此基礎上同申請方達成對關鍵控制點（CCP）判定的一致。審核小組將聽取申請方有關信息的反饋，並與申請方就第二階段的審核細節達成一致。第二階段審核必須在申請方的現場進行。審核組將主要評價HACCP 體系、GMP 或SSOP 的適宜性、符合性、有效性。其中會對CCP 的監控、糾正措施、驗證、監控人員的培訓教育，以及在新的危害產生時體系是否能主動進行危害分析並有效控制等方面給予特別的注意。現場審核結束，審核小組將根據審核情況向申請方提交不符合項報告，申請方應在規定時間內採取有效糾正措施，並經審核小組驗證後關閉不符合項，同時，審核小組將最終審核結果提交認證機構作出認證決定，認證機構將向申請人頒發認證證書。
Ⅲ 證書保持階段：認證證書有效期通常為3 年（乳製品生產企業HACCP 認證認證證書有效期為2 年），獲證企業應在證書有效期內保證HACCP 體系的持續運行，同時必須接受認證機構至少每年一次的監督審核。如果獲證方在證書有效期內對其HACCP 體系進行了重大更改，應通知認證機構，認證機構將視情況增加監督認證頻次或安排覆審。
Ⅳ 覆審換證階段：認證機構將在獲證企業HACCP 證書有效期結束前安排體系的覆審，通過覆審認證機構將向獲證企業換發新的認證證書。