隨著中國大陸眼科事業的蓬勃發展，APAO的領導層也越來越意識到中國大陸眼科學者的力量，一些領導也開始主動與大陸學者接觸，其中，日本眼科學者、著名眼科活動家中島章教授曾多次表示，希望中國大陸的眼科學會能夠加入APAO。新加坡國立眼科中心林少明教授擔任APAO秘書長期間也曾多次來到中國考察此事，在2000年一次活動期間，林教授曾問趙教授，十年後的2010年，APAO大會能否在北京召開？趙教授表示，中華眼科學會現在還沒有加入APAO，想要在北京主辦APAO得先解決此事。林教授答道，十年內，此事一定會成功解決。
2002年，中華眼科學會代表中國眼科加入了全球最大的眼科組織--國際眼科理事會（ICO），ICO的主席和秘書長表示，中華眼科學會是代表中國的唯一的眼科學會，臺灣地區的眼科學會將作為中華眼科學會下屬分支機構。這給中華眼科學會加入APAO帶來了範例和希望，中國大陸的眼科學者們也繼續進行著各方面的努力。
2004年，在武漢舉行的全國眼科學會會議上，時任APAO主席Roberto C. Tan教授也受邀參會。趙家良教授與Tan教授進行了四個多小時的「世紀」長談，既表達了中華眼科學會加入APAO的強烈願望，又闡述了中國大陸眼科力量的成長現狀，表示中華眼科學會年會的參會人數已逾4000人，會議規模堪比APAO年會，加入APAO將會促成雙方共贏的局面。會談最後，Tan教授最終表示，中華眼科學會應當加入APAO，時間將在次年三月份。至於中國臺灣眼科代表，他表示如果對方不接受改名，那就只好放棄他們。
2005年3月，在吉隆坡舉行的APAO年會上，APAO理事會正式宣布接受中華眼科學會加入APAO。決定宣布後，中國臺灣代表團反應激烈，強烈表示要退出APAO，雖然經過趙家良教授等大陸學者的友好溝通，緊張的氣氛暫時得到緩和，但中國大陸代表團加入APAO一事還不算得到完美解決。
直到2006年初，臺灣眼科協會換屆選舉，新任會長才表示，中國臺灣眼科代表團同意改名為「中華臺北眼科學會」，並再次申請加入APAO。自此，持續近50年的中華眼科學會入會一事才正式圓滿落下帷幕。