三公九卿制度是秦漢時期中央官僚制度的核心，這一制度確立於秦朝建立之後，後為漢朝所繼承，到三國兩晉南北朝時期，逐漸為三省六部制度所代替。到唐朝時，三公成為榮譽性官銜，九卿則成為具體事務性官僚機構。
一、三公九卿制度的起源一般認為，三公九卿制度起源於商朝，形成於周朝。商朝正式出現了三公的稱謂，但是此時的官職是因人而設，即為政治上德高望重的人專門設立此種官職，尚沒有制度化。到了周朝，三公已有明確的職務，其稱謂也有兩種說法，一認為是太師、太傅、太保，二認為是司馬、司徒、司空。至於九卿，則無論商朝還是周朝，雖有相關的職位設置，但三公之下尚無明確的九卿規定。
但是近來的研究認為，三公九卿制度並不是來源於之前由貴族擔任的公、卿、大夫等職位，而是來源於這些職位之下的府、史、胥、徒。所謂府、史、胥、徒，就是在各種公、卿、大夫等職位之下辦理各種雜事的小吏，他們地位低下，沒有固定的編制，按照工作量來按天或按月領取俸祿。這種特徵使得這一階層具有濃厚的官僚行政的色彩，有利於國君集中權力、提高行政效率。
在春秋、戰國之時，隨著各諸侯國中央集權運動的開展，這一由府、史、胥、徒發展而來的"文法吏"階層逐漸興起。
從身份上來說，文法吏來源於底層小吏，而不是分封制之下的貴族，故其升遷置黜皆有賴於國君和上司；從行政事務上來說，文法吏要根據法令來處理各種賦稅、徭役、司法等方面的文書，且要把相關文書上報、留檔；與此同時，針對文法吏的監察、考核制度也建立起來，其升遷罷黜也要根據考核測評；而從待遇上講，文法吏的俸祿也要依據職位領取，而不是像貴族一樣收取封地的租稅，有其職則有一份俸祿，無其職則為一介布衣。
由文法吏充任的公卿之職，只是在名義上延續了貴族時代的稱謂，而實質上已由貴族政治轉變為官僚政治。在秦國統一六國之後，由文法吏階層擔任的三公九卿制度被正式確立，故秦漢國家的統治方式也被稱為"以吏治天下"。
二、三公九卿制度的內容和變化秦朝初立三公九卿制度，其中三公為丞相、太尉、御史大夫；九卿為奉常、郎中令、衛尉、太僕、廷尉、典客、宗正、治粟內史、少府。
三公的職責如下：丞相，最高行政長官，典領百官，輔佐皇帝治理國政，無所不統；太尉，最高軍事長官，總攬全國軍事，但在日常中並無兵權，兵權實際上掌握在皇帝手中；御史大夫，輔佐皇帝處理國政，並負責監察百官，管理國家重要圖書、典籍，起草詔令等。
所以，從理論上講，三公其實分管著行政、軍事、監察三種權力。
九卿分管各項具體政務：奉常，掌管宗廟禮儀；郎中令，掌管宮殿警衛和皇帝侍從；衛尉，掌管宮門警衛；太僕，掌管宮廷御馬和全國的馬政；廷尉，最高司法機關，掌管司法審判；典客，掌管外交和少數民族事務；宗正，掌管皇族、宗室的事務；治粟內史，掌管國家的租稅錢穀和財政收支；少府，掌管專供皇室使用的山、海、川、澤、森林等自然資源的稅收及官府手工業。
秦漢時期的三公九卿制度並不是一成不變的，不論是名稱還是權責都處在不斷的調整、變化之中。比如太尉一職，秦漢間廢置無常，武帝時更設置了大司馬作為最高軍事長官。而在漢成帝的時候，亦曾將御史大夫改名為大司空，丞相改名為大司徒。到了東漢光武帝的時候，又改大司馬為太尉，同時將大司徒、大司空的"大"字去掉，這樣東漢時期的三公就變成了太尉、司徒、司空。另外東漢時又設置了太傅一職，並規定太傅的地位在三公之上。
九卿的稱謂也發生了一些變化，如奉常在西漢時變成了太常，郎中令在西漢時變成了光祿勳等等。
而具體的機構數量在西漢時也不限於九個，在《漢書》中記載的九卿的稱謂，統計下來有：太常、光祿勳、太僕、廷尉、大行、大鴻臚、宗正、大司農、少府、衛尉、執金吾、右內史、左內史、主爵都尉、太子太傅等十幾個。直到王莽的時候，才將九卿確定為九種官職。
而東漢時的九卿分別為太常、光祿勳、衛尉、太僕、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府。魏晉之後的九卿，從稱謂上看大多與東漢相同，只有廷尉有時被叫做大理。
三、三公九卿職權的衰落及其原因隨著歷史的發展，三公九卿的職權逐步被剝奪，最終在隋唐時完全被三省六部制度所取代。在秦漢時期，三公九卿作為國家中央政治機構的主體，其權力最先受到皇帝近侍機構的侵奪。這一過程在三公九卿制度設立之初就已開始。
秦朝時趙高任車府令，這一官職僅是九卿之中太僕的屬官，但因為親近皇帝，所以趙高竟能策動李斯，發動沙丘政變，將秦二世胡亥推上皇帝的寶座。
西漢中期時，作為皇帝身邊秘書機構的中朝官發展起來，侵奪三公九卿權力，其中的尚書機構尤其明顯。尚書本是皇帝身邊傳送文書的小吏，是九卿之一少府的屬官，但是從漢武帝末年開始，就開始參與到政務處理之中，到了東漢時成立尚書臺，徹底取代了三公九卿機構，成為國家的政務中心。
兩漢時期三公九卿的權力之所以會逐漸衰落直至被徹底取代，主要是由於皇帝身邊近侍機構的不斷擴張，這之中反映的是皇權與外朝三公九卿權力的矛盾。
三公九卿制度作為正式的政務中心，可以保持日常政務的正常運轉，但是同時對於皇帝的權力也是一種限制，使得皇帝不能隨心所欲地運用權力。通過不斷的發展身邊的秘書班子來取代正規的政務機構，權力進一步轉移到皇帝的手中，這樣皇帝的意志也可以更加順暢的被貫徹下去。
這一轉移權力的範式為後世皇帝強化皇權提供了一個範式，所以漢代以後這一過程被不斷重複。
魏晉南北朝時，尚書機構作為政務中心，而真正的決策中心卻被興起的中書和門下取代。隋唐時，尚書、中書、門下三省六部制度徹底建立，成為正規政務中心，但是很快真正的決策中心就轉到了同三品和同平章事。宋代時掌管國政的就變成了政事堂和樞密院。明清時就變成了內閣和軍機處。
中樞權力的不斷轉移，對應著皇帝權力的不斷加強，這是中國帝制時代政治制度演進的一個基本規則。而這一過程的開端，就肇始於秦漢時期的三公九卿制度。
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