財政部的稅改方案，主要是取消兩稅合一的設算扣抵制，具有簡化稅政，減少徵納成本的無形效益，以及減輕薪資所得者的稅負，符合公平原則，值得肯定。方案是由七項減稅，五項加稅所構成，但最後的稅收淨影響數為政府損失約為區區的60至70億元，可見得「全民」能享受的經濟效果在正負相抵之後並不太大，可以再微調修正得更完整。
減稅的來源，尤其是降低股利所得稅負的財源來自於個人股東可扣抵稅額的532億元，以及薪資所得者的薪資所得扣除額由現有的12.8萬元調高至18萬元，其財源則來自營所稅率提高至20%所增加的稅收，兩者缺乏合理性，仍有進一步商榷的餘地。
個人股東可扣抵稅額帳戶，既然名稱為「可扣抵稅額」，代表依照目前的所得稅法，係屬於投資的自然人的「抵稅權」，亦即在現制下公司階段所繳納的營利事業所得稅，個人股東保有扣抵綜合所得稅的權利，當然應該享有租稅法的信賴保護。政府如果廢除兩稅合一，則應自新制生效日起，未來繳納的營所稅才不能扣抵未來的綜合所得稅，但新制生效前，既有的抵稅權利和帳戶並不會因制度的改變而追溯適用，所有權人仍保有該項財產權。
然而財政部竟謂「因為稅改方案使得股東的股利所得稅負降低，因此可扣抵稅額不能退回」，等於將納稅人的財產權用來作為減稅的本錢，就像房東決定降低房客的房租，對房客說「因為將來要降低房租，因此押金不退還」一樣的不合理。更何況，稅改方案的甲案或乙案，其實是對小股東更不利，亦即適用低稅率（20％以下）的小股東，股利所得的稅負反而增加。可扣抵稅額不退還，對小股東更是雪上加霜，造成二度傷害。
再就薪資所得扣除額調高至18萬元而言，相信許多人好奇何以調高幅度高達5.4萬元，其實根本原因來自於今年2月的大法官745號釋憲案，而搭上稅改方案的便車。同時，以營所稅率提高至20%所增加的稅收作為財源也是沒有道理。
745號釋憲案緣起於一位法學教授和某名模的薪資相關成本費用憑證不被國稅局採信而剔除，大法官乃認為現行所得稅法關於薪資所得之計算，僅允許薪資特別扣除額定額扣除，而不許薪資所得者於該年度之必要費用超過法定扣除額時，得以列舉或其他方式減除必要費用，「不符憲法第7條平等權保障之意旨，財政部應於兩年內檢討修正所得稅法相關規定」，要求財政部對於類似執行業務、高薪資又須支出較高費用者，應當給予列舉必要相關費用成本之公平機會，也就是增加薪資所得者核實扣除費用的第二項選擇。
然而薪資所得者未來要拿出超過12.8萬元的費用證據才能受惠，且須蒐集相關憑證，甚至記帳，但未必獲得稅捐機關認可，因此徵納雙方將來極可能為了微不足道的費用金額爭訟不已。
本報社論曾建議財政部參考近年來隨著標準扣除額不斷提高，以致於採用列舉扣除額的件數與金額下降的事實，第一步就是「提高」薪資特別扣除額度，讓大多數的薪資所得者自動受惠，也可疏減訟源。相信財政部就是基於此種考量，從而大幅提高薪資所得者的特別扣除額，而且納稅者權利保護法也訂定了基本生活費用不受課稅之權利，提高薪資特別扣除額正好也有一石兩鳥之效。
總之，可扣抵稅額理應退還個人股東，薪資特別扣除額的提高緣起於稅制的不合理，財政部不妨參考全民健保在創辦伊始因為平均眷口數高估而超收保費收入，後來以調降眷口數的方式降低保費一樣，何況104年起實施富人稅和扣抵率減半等加稅而使稅收超徵，都是可靠的財源。政府雖然稅收損失增加，但是經濟效果更大，何樂而不為？