明朝自1368年建都，至1644年滅亡，前後有16位皇帝，除南京明孝陵外，其它都在北京。南京朱元璋明孝陵遊覽順序：下馬坊、大金門、四方城、神道、金水橋、文武方門、碑殿、享殿、內紅門、方城、明樓、寶頂
1、下馬坊 一門二柱沖天式石牌坊，明王朝皇權的象徵，文武百官至此均得下馬步行，現在我們能看到的下馬坊是1980年重新修復的。附近還有兩塊石碑，一塊是明嘉靖十年（1531年）嘉靖改鐘山為「神烈山」，並在下馬坊東側豎立了「神烈山碑」，此碑原有方形的碑亭，現僅存鬥行石柱礎四個；另一石碑是「禁約碑」，豎立於崇禎十四年（1641年），刻著禁止破壞陵墓及謁陵的有關注注意事項
2、大金門 從下馬坊行只大金門有近千米，進入明孝陵的第一道大門，當年從大金門兩側延伸出一道45華裡的外牆，把整個紫金山都包括其中，原來大金門重簷歇山頂，頂覆有黃色琉璃瓦，大金門兩側原有護衛陵區的外槨皇牆，現在還能看到與皇牆接口，六百多年風雨過後，皇牆已不見蹤影，只有這座大金門依然默默地守望著孝陵。
3、四方城 過了大金門就來到了四方城，原來是一座碑亭，由於頂部毀於戰火，只留下四面牆壁和四個門券每邊長26.86米，用來安放「大明孝陵神功德碑」的碑樓建築遺存，碑樓建築平面呈正方形，四面各開一券門，碑樓內部有塊石碑，由碑座、碑身、碑帽三部分組成，碑座是一隻巨大的石龜贔屓，是龍生九子之一，高2.08米
明成祖朱棣在永樂十一年（1413年）為頌揚其父朱元璋功德所立的「大明孝陵神功聖德碑」，親自撰寫共2746字分為七個方面，一是敘述家平，二是為民請命發跡定遠，三是定都分封，四是廢中書開六部，五是選人才抓教育，就是生活簡樸，囑咐死後與馬皇后合葬，七是刻有皇族子女57人名號以及144句四言頌詞，碑的建成標誌著明孝陵的興建完全竣工。
過了御河橋就是陵墓的神道，在明代以前的帝王陵寢中，神道都是筆直的，和陵寢的主體建築在一條中軸線上，明孝陵的神道卻是順應了自然的地勢，蜿蜒曲折，當時有人提議鋪設一條直的神道，剷平陵宮前的孫陵崗，也就是現在的梅花山，朱元璋沒同意，他說孫權也是條好漢，留著他為我守門吧，孫陵崗的存在成了孝陵的一道天然屏障。走過武將文臣石像以後就到了欞星門，又稱為龍鳳門
走完神道，進入明孝陵陵宮區，首先看到的就是金水橋，是明孝陵的第二道排水通道，這個位置也是明孝陵的建築開始按照南北中軸線設計興建，直至地宮。
從金水橋就能看到前方200米的地方就是文武方門，史書記載當年是有五門，三大兩小，正門頂部為單簷歇山頂，上覆黃色琉璃瓦，毀於清代鹹豐年間，我們現在所能看到的是後來考古調查基礎上1988年按照原貌復原的，門東側外牆下，立有一塊「特別告示牌」，是何人所立？有何作用呢？碑由兩江洋務總局道臺和江寧府知府於清宣統元年（1909年）豎立的，用日、德、意、英、法、俄六國文字鐫刻著保護明孝陵的告示
再往前走來到了碑殿，在明代時是孝陵享殿的前門，在清代鹹豐年間被毀，現存的石構須彌座臺基東西兩側，原有磚牆連接陵宮外垣現已無存，現在能看到的碑殿建於清代，碑殿內有康熙三十八年（1699年）所立的「治隆唐宋」碑，意在稱讚朱元璋的功績超過唐太宗李世民和宋太祖趙匡胤，這是康熙第三次南巡時，見孝陵由於管理不善導致建築破落，陵區荒蕪，手書「治隆唐宋」四字，交於江寧織造曹寅制匾懸掛殿上'並行勒石。
治隆唐宋碑的東西兩側是乾隆南巡，晉謁孝陵時題詩碑，側後是康熙二十三年（1684年）、三十八年（1699年）謁陵的記事碑。
享殿原名孝陵殿，是明孝陵的主要建築，用於舉辦大型祭祀活動的主要場所，洪武十六年（1383年）建成，我們現在看到的是清同治十二年（1873年）重建的享殿，規模比原來的孝陵殿小很多，現存的三層須彌座臺基之上的殿基有大型柱礎56個，每個直徑都有0.91米，按照現在遺存的臺基面積和柱礎位置，不難想像當年殿宇的宏大規模。
史書記載當年享殿內供奉著朱元璋和馬皇后的神位，享殿前後各有踏垛三道，中央踏垛居中部分稱陛，上陛為二龍戲珠，中陛為日照河山，下陛為天馬行空，均為浮雕圖案
又稱為陰陽門，過了這道門，就意味著陰陽兩界相隔，也就是這道門，將陵寢分為「前朝」和「後寢」，後寢是朱元璋和皇后亡靈安息之地，由少數守陵太監在內守護，除皇帝和特許大臣之外，一般人不得入內。內紅門在明朝時有三座門，現在看到的是按照原有復原的。
穿過內紅門，就可以看到用大石條築城的大型建築便是方城，在方城前面有一座大石橋，又稱升仙橋，當年朱元璋靈柩由此橋入葬，寓意逝者升仙，故得名，升仙橋下御河是孝陵的第三道排水通道。方城是陵寢的核心部分，前高大約16米，後高約8米，東西長約75米，南北寬31米，方城下部為石刻須彌座，上面用條石砌築，在束腰部分別刻綬帶紋和方勝紋。
方城正中有一高大的拱門，拱門內是一深長的向上的隧道，也是唯一進入方城城樓的通道，隧道上作券頂，兩側底部為石刻須彌座，隧道有54級臺階，直達後部寶城前垣和明樓間的夾院，隧道原先有門，現在僅存門臼石等遺蹟，出隧道左右各有臺階，通過臺階便可到達方城頂部的明樓
方城的東西兩側有影壁，俗稱「八字牆」，這個需要在方城外面去看，牆壁高7米，長約20米，上面覆蓋琉璃頂，下部是兩層磚雕須彌座，牆面四角裝飾磚雕花紋，有石榴、萬年青、牡丹等，象徵子孫繁衍，江山永固，幸福美滿，這些磚雕是中國明代早期磚雕藝術的傑出代表，經歷600多年，花紋仍清晰完整，因而十分珍貴。
從寶頂和方城之間東西夾道折向南拾級而上，可以登上明樓，原先是一座重簷歇山頂，上覆黃色琉璃瓦精美建築，後毀於太平天國的戰火，僅存四壁，2009年明樓加頂保護，同年7月對外開放，裡面展出明代分布在全國的十九處帝王陵墓的圖片資料。
方城後面就是寶頂，隧道出口正對著寶頂的南牆，正面用十三層條石壘築，上書：此山明太祖之墓七個大字，據說這七個字刻於民國初年，用以回答遊人詢問的。這種帶有幽深隧道的方城建築形式也是孝陵獨創。它是一個直徑325—400米的圓形大土丘，寶頂上樹木參天，它的下面就是埋葬朱元璋和馬皇后的玄宮，寶城就是圍繞寶頂周長約1100米的磚牆
寶城寶頂的黃陵形制開創了明清500多年帝陵的先河，只是明代的寶頂大致為圓形，清代帝陵寶頂改為橢圓形了。今天在明孝陵東側還保存有明太子朱標的東陵遺址，在當年明孝陵陵區鐘山之陰還建有數座明代功臣墓。