佛教文化是日本文化的一個重要的組成部分，對日本的文學、音樂、美術和日常生活都有著重要的影響。日本著名的寺院主要集中在日本的三大古都京都、奈良和鎌倉。
正式的名稱是鹿苑寺，位於北區，是京都北山文化的中心。作為該寺舍利殿的金閣，二、三層貼滿了金箔，因此顯得金碧輝煌。金閣寺住宅式的建築，配以佛堂式的造型，和諧幽雅。是庭院建築的傑作，表現了足利義滿吸收各種文化的格調與品位。寺中的池泉回遊式庭園也頗引人注目。
位於北區，始建於1351年，曾一度成為日本佛教五山之首,是洛北最大的寺院，也是禪宗文化中心之一，其中尤以茶道文化而聞名。著名的一休大師（聰明的一休）曾任主持。大德寺內尚有大仙院、養源院、瑞峰院和高桐院四個寺院散在其間。其中大仙院的庭院是江戶初期枯山水庭園的代表作，景致優雅。
位於左京區，是一座建在高地上的天台宗寺院，極樂院中安置的三尊阿彌陀佛像，非常有名。寺院內古樹參天，青苔遍地，溪水潺潺，4月櫻花、5月杜鵑花、7月紫陽花、秋季紅葉，一年四季自然景致令人賞心悅目。
位於左京區，據傳是由聖德太子於594年創建的天台宗尼庵。平家滅亡後，安德天皇的母親建禮門院即由此寺出家為尼。本堂中有一尊高達2米多的地藏像。寂光院最為著名是院內的日本庭園。與其它庭園相比，寂光院的庭園更顯精巧別致，雅趣昂然。由環遊式庭園的正面的任何位置均可觀賞到三層瀑布的精彩水景。
位於東山區，始建於798年，是京都最古老的寺院，清水寺的山號為音羽山，主要供奉千手觀音,此寺為法相宗的總本山。本堂前懸空的清水舞臺是日本國寶級文物，四周綠樹環抱，春季時櫻花爛漫，是京都的賞櫻名所之一，秋季時紅楓颯爽，又是賞楓勝地。
清水寺的茶藝名列京都之首。
位於東山區，由法然上人於1175年始創的淨土宗的總本山。在京都的寺院中規模最大，院內有日本最大的大門，還有日本最大的巨鍾。
位於伏見區，為真言宗醍醐派的總本山，847年由理源大師創建。寺內的五重塔是京都最古老的建築之一。醍醐寺山門右手的叄寶院,規模宏大，是代表豐臣秀吉桃山時代的重要寶藏。豐臣秀吉鼎盛時期在此舉辦盛大的「醍醐賞花」會，盡顯登峰造極之勢，醍醐寺也因此天下聞名,成為賞櫻聖地。
位於南區，因該寺為東寺真言宗的總本山，故俗稱「東寺」。寺內有高達57米的五重塔是日本最大的佛塔，還收藏有平安時代以來的各種珍貴文物。
位於右京區，位臨濟宗妙心寺派的總本山，山號正法山。1337年由花園太上皇將自己的離宮改建為禪院，是典型的禪宗寺院建築，被京都市民稱之為西之御所。40萬平方米的寺內建有七堂迦藍，在日本僅此一寺。國寶梵鍾也是日本最為古老的。
位於右京區。622年奉聖德太子之命而建，為真言宗古老寺院。因該寺為飛鳥時代最為傑出的寺院建築而被指定為日本第一號國寶。寺內安放著彌勒菩薩半跏思惟像。
正式的名稱是華蓮王院。位於東山區。始建於1164年，1266年再建，寺名由支撐寺廟的33根柱子之間的柱房而來，裡面安置了1001尊木製千手觀音像，京都最精彩的寺院建築。
為「南都七大寺」之一法相宗的總本山。710年作為藤原家的家寺遷到現在的寺址。經數度火災，原寺的建築及器物已十不存一。現寺內仍有東金堂、五重塔和三重塔等不少國寶。
為「南都七大寺」另一大派別華嚴宗的總本山，也是日本屈指可數的大寺院之一。752年由聖德太子創建。寺內有三月堂、南大門、金堂，還有專門用來收藏古代美術品、工藝品的正倉院和高達14.8米的盧舍那佛坐像(俗稱「奈良大佛」)。
是由中國唐代高僧鑑真大和尚於759年開山建立的巨剎，為律宗的總本山。該寺摹仿了中國寺院的建築格式和布局，寺中處處可以看到中國文化的影響。金堂中供奉的眾多的佛像和鑑真坐像是天平時代的精品。
為「南都七大寺」之一法相宗的本山。680年奉天武天皇之命建立。現存寺內的藥師三尊像和吉祥天畫像是日本佛教美術的最高傑作。
位於奈良縣斑鳩町，故俗稱「斑鳩寺」。據傳為聖德太子於607年創立，為「南山七大寺」之一聖德宗的總本山。金堂、五重塔、中門和迴廊的一部分是現存世界上最古老的木造建築物，因此被指定為世界文化遺產。
最初為夢窗國師於1327年創立的臨濟宗建長寺派的寺院，後成為鎌倉御所足利的墓地。寺境面積16萬平方米，為鎌倉最大。寺內的水仙和梅花非常有名。
境內有一座銅製阿彌陀佛坐像，俗稱鎌倉大佛。像高11.39米，加上蓮花座大13.4米。重121噸，是1252年鑄造的，現在成了古都鎌倉的象徵。
俗稱「長谷寺」，為736年建立的淨土宗的名剎。寺中由一根巨木雕成的十一面觀音立像高達9.2米，是奈良時代的作品。該寺建在半山，可遠眺比濱和葉山海岸風景。
除了三大古都以外，東京的淺草寺和巖手縣平泉町的中尊寺也是非常有名的寺院。
創建於628年，為聖觀音宗的總本山。「淺草」本為藏語音譯，意為「聖觀音居住的地方」。該寺祀奉的聖觀世音菩薩也稱「淺草觀音」。山門上掛 著的大紅燈籠和寺前的商業街充滿了江戶情調，成了外國遊客必去的地方。
該寺是由慈覺大師於850年開山的天台宗寺院，是古奧州藤原文化的最大古蹟。寺內有藏著藤原三代木乃伊的金色堂。堂中遍張金箔，光彩奪目，原為 收藏「一切經」等佛典而建。該寺被稱為平安時代工藝美術品的寶庫。
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