日本的佛教寺院由金堂、講經堂、僧房、迴廊、山門、佛塔等建築組成。上述圖片是最具日本代表性的佛教寺院建築。而佛塔是最早的佛教寺院建築之一，大凡世界宗教建築都有塔的存在，無論是基督教還是伊斯蘭教的建築中都有塔。然而，塔的用途與意義因宗教而異。
基督教建築中的塔是鐘樓。來自城中鐘樓的鐘聲告訴人們每天以及特別日子中的每個時刻。伊斯蘭教的塔也極為類似，它告知城中的人們登高詠吟古蘭經進行禱告的時刻的到來。
佛塔應該說是具有佛教建築起源的特質，猶如禮拜堂承載著基督教建築的歷史一樣。
與基督教一樣，在佛教創始人釋迦牟尼講經布道時，並沒有什麼特別的佛教建築。唯有釋迦牟尼的教誨，語言是信仰的唯一依存。然而，當釋迦牟尼涅槃之後，人們開始尋找語言之外的信仰依存。
首先，將信仰寄託於釋迦牟尼的遺物上。如用過的器具、穿過的衣服等等，但最受重視的是其遺骸，即佛舍利。當然埋葬遺骸的墳墓也受到人們的高度重視。人們面向墳墓合手拜祭。墳墓由單純的土堆逐漸演化為建築。佛塔就是由此演化而來。
當初，佛塔非常簡單，只是用石塊或者磚頭將土堆堆砌而成。隨著時間的推移，佛塔逐漸增高，並開始分為幾層。另外，還出現了木結構的佛塔，這應該是由中國傳入的。這種木結構的佛塔是在飛鳥時代經朝鮮傳入日本的。對此，甚至許多佛教徒都一無所知。佛塔下面安放著釋迦牟尼的遺骨。釋迦牟尼的遺骨稱為佛祖舍利，因而佛塔正確的稱呼應為「佛祖舍利塔」。
佛塔層數為奇數，通常為三層、五層、七層，五層塔最為常見。於1993年被聯合國教科文組織登記為「世界文化遺產」、日本現存最古老的法隆寺佛塔即為五層，日語稱為「五重塔」，是過渡類型的佛塔。
佛塔的外貌顯示它源自墳墓。我們先看看佛塔頂端塔尖的凸起物稱為「相輪」。它的底部是個小基座，由此伸出的芯棒串附著九個輪，最上端是鏤空的裝飾品。
相傳，遵循當時的習俗，釋迦牟尼的遺體採用了土葬，在土墳的上面栽種了樹。相輪下部的小基座代表著土墳，上面的芯棒意味著樹幹，而串附於芯棒上的輪與鏤空的裝飾品表示樹的枝葉。
不只是相輪，整個佛塔也與相輪同樣明示著墳墓的形態。重疊著的屋頂相當於樹的枝葉。立於塔中的那根粗圓柱，雖然從外面看不見，但它代表著樹幹。並且，它延伸至地下，立於基石之上。基石上被挖出一個小洞，洞中安放著佛祖舍利。
佛教在印度初創時，信仰的對象全是佛袓釋迦牟尼留下的實物。安放佛祖遺骨和遺齒的墳墓當然也就成了信仰的對象。隨著墳墓的高大化、建築化，逐漸演化成為佛塔。
如果一味如此發展下去，佛教或許會象印度教那樣，塔建築隨處可見。但是，亞歷山大大帝的印度遠徵改變了事態的發展。受亞歷山大帶來的希臘雕刻的影響，佛像出現了，於是為了安放佛像供信徒膜拜而建造了金堂。
從此，佛塔與金堂兩座主要建築並立在佛教寺院中。不久，在兩座建築的基礎上，佛教寺院中又增加了講授佛經的講經堂。
佛教建築於6世紀傳入日本。這時，佛教建築處於佛塔、金堂、講經堂並存的階段。
佛教傳入日本之初，佛塔位於寺院的中心。但是，很快金堂取代了佛塔的中心位置。法隆寺彰示了這一過渡階段，右側為塔，左側為金堂，兩者恰當地並立於寺院中心。
位於日本古都奈良的法隆寺五重塔大約是在釋迦牟尼涅磐千年後建造的。高度約31.5米，具有中國南北朝時期的風格。細看之下，五重塔確實還殘留有墳墓的痕跡。在二次大戰之前，日本一般還在實行土葬。人們在遺骸上方堆砌土堆，土堆頂部上面立有稱之為「卒都婆」、上面刻著火焰形裝飾的木牌。在不久以前的農村，這都是些極為常見的墳墓形式，原本這也是從釋迦牟尼的墳墓演化而來。據說，釋迦牟尼沿襲當時印度教自然信仰的形式，葬於樹下。
法隆寺五重塔雖說光彩奪目，但它仍為釋迦牟尼的墳墓。據說，這裡埋藏著釋迦牟尼的遺骨，但自明治時代開始的挖掘調查得知，在這裡的水晶容器中收藏著鑽石和其他寶石。
法隆寺五重塔與金堂面向正面，並列排列著。這種布局反映著釋迦牟尼涅磐後千年的歷史。
法隆寺左為佛塔、右為金堂排列的布局向人們昭示著對佛舍利與佛像在信仰上的「對等」。
據研究，法隆寺建於公曆607年。近年，通過年代年輪法對立於塔中心的五重塔立柱進行科學的調查表明，其原木材的採伐年代比7世紀初還要早近百年。這就有力地證明了佛教早於6世紀前半葉的538年便傳入了日本。
不久，佛塔被逐於圍繞金堂與講堂的迴廊之外。如今，只有大規模的寺院才建造佛塔。
有學者指出：「日本的文明，與其說是創造，不如說是選擇了模仿的道路。」 但應當看到的是，日本的寺院建築是在與中國很不相同的自然條件和文化環境中發展起來的。歷史上，日本在隋唐和宋元兩次大規模輸入中國文化後，都有自我消化吸收的所謂「鎖國時期」。儘管日本寺院建築文化的主流源於中國寺院建築體系， 也儘管日本寺院建築的發展與演變不斷的受到中國寺院建築的影響。但作為一個民族的文化，必有其民族的特色。不同的自然條件與文化環境造就了日本寺院建築獨特的氣質與風格。