此災難使原本就風雨飄搖的明朝舉國上下一片慌亂，災後第三天，熹宗頒發聖旨，一方面追究大臣的責任，將主管王恭廠火藥庫的工部尚書、在天啟大爆炸中失去雙臂的董可威撤職，另一方面也承認此是天災，下罪已詔，痛加修省，親詣太廟恭行慰禮，同時還撥出一萬兩白銀慰撫死難者家屬。
御史王業浩上書說，王恭廠星火未嘗入門而火藥自焚，懷疑是奸細縱火，但兵部尚書王永光卻不同意此說，他認為奸細縱火不過是火藥爆炸延燒而已，何以能震撼數十裡作霹靂之聲？
300多年後，王永光的觀點得到了大部分學者的肯定，徐好民先生也是其中之一，他認為：「王永光的看法無疑是正確的，『此非徒藥之力也』。」他說：「當年我們討論這個問題時，與會專家都提出了意見，有『火藥焚爆』、『颶風致災』、『隕石墜落』、『地震說』等說法，每一種說法都有自己的根據，但都無法全面解釋所有的詭異景象。」
徐好民認為，王恭廠大爆炸不是一場簡單的災變。這個災變有一個相當長的孕育過程，在其發生前的一年裡出現了許多前兆。
災變的前一年：天旱，第二年又繼續乾旱天氣。
災變前一個月：鬼車鳥停留在京城的觀象臺處，晝夜哀叫。
災變前14天：冷害，霜情嚴重，五月份竟然「白露著樹如垂棉，日中不散」。
災變前8天：午後，天空的東北角上有雲氣似旗，又似關刀，先是白色，後變紅紫。
災變前5天：五月初一，山東濟南知府去城隍廟行香，剛到廟門，知府和隨從忽然都莫名昏迷過去。
災變前4天：有人看到前門角樓上有火光，青色螢火，大如車輪。
災變前3天：東北方出現紅赤的雲氣。
災變前兩天：空中出現黑色雲氣。
災變前4小時：地安門守門的內侍忽然聽到音樂之聲，一番粗樂過過，又是一番細樂，如此三疊，大家驚怪，發現聲音出自後宰門（地安門）火神廟。剛剛推開殿門去看個究竟，只見一個紅球從殿中滾出，騰空而上。
災變前一刻：哈噠門火神廟廟祝驚見火神亂動，像是要下殿，忙拈香跪告。火神因地殼運動晃動，當時的人們以為火神顯靈，廟祝哀哭抱住，就在此時，東城驀地響起震聲。
徐好民先生分析道：「如果是一次單純的爆炸，絕不會有這麼多的前兆。這些前兆與地震前常出現的地震雲、地光、地聲頗為相似。而且史料明確指出，先是『天色皎潔，忽有聲如吼，從東北方漸至京城西南角，灰氣湧起，屋宇震蕩』，然後才是『大震一聲，天崩地塌，萬室平沉』，顯然『吼聲，屋宇震蕩』和『大震一聲』是兩件事。
在爆炸的同一時間，連北京城郊方圓72公裡內的河西務、通州、密雲、昌平等地也聽得見震聲，影響這樣大的範圍，造成這樣嚴重的災害也不是一個火藥庫爆炸所能達到的。
《兩朝從信錄》記載了當時災難的倖存者、王恭廠工人吳二的話：『但見飆風一道，內有火光，致將滿廠藥罐燒發』。這也肯定了火藥的爆炸是由外因觸發的。我個人認為，這是一次地震、火藥、可燃氣體靜電爆炸共同引起的一場巨大災難。」