山東曲阜，泰山腳下，是聖賢孔子正宗家廟的所在地，這恐怕是盡人皆知的事情了，肯定有不少朋友還專程去孔府家廟參拜遊覽過。既然宗廟在曲阜，那麼按照儒家禮教的老規矩嫡長子繼承制，看守家廟的，不用問一定是孔子他老人家嫡長孫的後人。可如果突然有人告訴您，曲阜家廟裡現在住的，雖然是孔氏後代，可卻並不是孔子嫡傳長子長孫的後人，相信很多朋友一定會大為驚訝吧，說不定還會有人以為筆者是在生病發燒開始說胡話了。
既然這麼說，朋友們感到疑惑也是很正常的，如果說曲阜的孔氏家廟裡，現在世居的已經不是孔子嫡長，那麼孔氏嫡長又在哪裡呢？關於這點，我想借用清朝的兵部尚書李之芳曾說過的一句話來回答您：「孔氏之家廟者遍行天下，唯曲阜衢州耳。」其實孔門的嫡長後人都在浙江的衢州，至於他們為何會在衢州世代生息，這就不能不提起一段發生在宋朝的風煙往事了。
公元1128年，也就是建炎二年，宋朝第十位，南宋第一位皇帝宋高宗趙構，在揚州舉行祭天大典。當時的衍聖公，孔子第48代嫡長孫孔端友奉詔伴駕陪祭。偏巧這時金兵大舉南進，淮揚兇險。倒黴的宋高宗只好帶著一班大臣逃命到臨安（今杭州）。因為在這個過程中孔端友護駕有功，在臨安安頓下來以後，宋高宗就賜孔家在衢州建家廟。言外之意，反正整個北方也淪陷了，孔聖人又是最講究忠君與氣節的。所以您身為衍聖公，一個孔氏的嫡長傳人，也就沒有必要回淪陷區去面對那些金人了，還是踏踏實實留在南方伴駕吧。
正是由於高宗時，孔氏家廟的南遷，讓南宋時儒學的活動中心從北方轉移到了江浙一帶，並逐漸向更邊遠的南方地區滲透，對儒學在整個南方地區的發展，起到了非常重要的推動作用。象那個時期的大儒朱熹、陸九淵等人的治學活動，也都是以衢州為中心開展的。政治上的推崇，學術界的仰慕，再加上孔子嫡長傳人的社會號召力，自然也讓衢州孔廟的地位非比尋常，南宋時儒學的發展重心，也就自然而然地由北方傾斜到南方。衢州的孔府家廟中，一共沿襲傳承了六代衍聖公，留在衢州的孔氏後代被人們稱為孔子家廟的南宗。
等到了元朝立國的時候，情況又發生了變化。元世祖忽必烈雖然是遊牧民族出身的帝王，但是也很敬重推崇孔子。忽必烈覺得，既然國都定在了北京，那麼作為世襲衍聖公的孔子後人，最好是離我近一點，才能體現我尊師敬賢的帝王風範，所以這孔氏家廟怎麼能留在南方呢？還是應該遷回故地曲阜去。
於是忽必烈就令孔氏南宗第53代嫡長孫孔洙，率族人從衢州北遷回曲阜奉祖。但孔洙以孝為先，不忍棄上五代衍聖公的墳墓，又不能違抗聖命。於是就回奏皇帝：自己願將衍聖公爵位讓給在曲阜的族弟。為了日後不起爭端，南宗與朝廷約定：由曲阜北宗襲爵千年不易，如果日後南宗子孫為爵位挑起爭端，則「置之重典，永不敘錄」。
知道孔洙的決定後，忽必烈非常感動，盛讚孔洙「寧違榮而不違道，真聖人之後也。」就這樣，孔子世襲的爵位又從衢州，重新回到了曲阜。也正是由於南宗的禮讓，孔府家廟的政治地位和民間威望又從南方轉移到了北方。隨著時間推移，也因為北宗孔廟的日益興盛，南宗孔廟在人們的視野中越來越被淡化，社會地位江河日下，再加上戰亂的影響，到明朝的時候，幾乎已同「氓庶」。
後來也有一些衢州的地方官，以維護孔子正宗嫡傳血脈為由，極力上書，為南宗孔廟和孔子的嫡長血脈爭取相應的政治和經濟地位。這些努力確實起到了一定的效果，到明朝時，也曾經恢復過南宗的爵位，但南宗在政治和民望上的影響力，卻是再難以恢復到當年的盛況了。
明以後，雖然有著最為正統的血脈，但南宗的聲勢依然不可阻擋地日益衰微，以至於大多數後世之人，只知曲阜的北宗孔廟，而不知還有在衢州的，真正為孔氏嫡長後代的南宗孔廟，也就更加不了解孔氏南宗，曾經在歷史上那麼重要而輝煌地存在過。