在《西遊記》裡面，菩提老祖的身份十分神奇：那就是孫悟空當初還是個沒什麼本事的石猴的時候，西牛賀洲的樵夫都知道菩提老祖的住處。孫悟空也是依照樵夫的指點，前往菩提老祖的洞府拜師。然而， 從孫悟空離開菩提老祖那裡以後，三界的神佛幾乎沒人提到菩提老祖這個人，仿佛菩提老祖不存在。
並且，即便是菩提老祖低調，那麼，孫悟空拜師菩提老祖的時候，菩提老祖身邊還有那麼多弟子門人，天庭的情報機構如何會不知道孫悟空的師承來歷？並且，孫悟空大鬧天宮，按照株連的法度，菩提老祖也有責任，天庭也該出兵攻打方寸山才對。
其實，天庭之所以沒有攻打菩提老祖的道場——方寸山，原因很簡單。那就是菩提老祖的身份很特殊，以至於如來和玉帝都不願意觸怒菩提老祖。因為菩提老祖只不過是一個化身而已，而他的真身，其實是太上老君。在《西遊》中，菩提老祖給諸弟子講授的內容涵蓋儒釋道三教，而在佛道兩教裡面，具備這個水平的神仙原型，也只有老子（太上老君）。
因為按照史料記載，孔子曾經向老子求教，並且老子的思想主張，一定程度上影響了儒家；在傳說中，老子西出函谷關進入西域，從西域取道抵達印度，在印度遇到了還沒有成佛的釋迦牟尼，於是有了傳說中的化胡成佛。
太上老君手裡的金剛鐲，就曾是讓佛祖都深感無奈的法寶。太上老君曾表示：自己當年化胡為佛（點化釋迦牟尼成佛），就是依靠這件法寶。而玉帝比起太上老君，算是晚輩。因此，玉帝和如來即便是知道菩提老祖傳授給了孫悟空的那身本事，也未必敢於追究此事。