早年經歷
西漢景、武年間(時間不詳)，在黃河龍門的一個小康之家中，司馬遷出生了。 司馬遷的祖父司馬喜在漢文帝詔入慄米受爵位以實邊卒的政策下，用四千石慄米換取了九等五大夫的爵位，因此全家得以免於徭役。
年幼的司馬遷在父親司馬談的指導下習字讀書，十歲時已能閱讀誦習古文《尚書》、《左傳》、《國語》、《系本》 等書。漢武帝建元年間，司馬談到京師長安任太史令一職 ，而司馬遷則留在龍門老家，身體力行，持續著耕讀放牧的生涯。
學遊天下
稍稍年長之後，司馬遷離開了龍門故鄉，來到京城父親的身邊。此時司馬遷已學有小成，司馬談便指示司馬遷遍訪河山去搜集遺聞古事，網羅放失舊聞 。去司馬遷在二十歲時開始遊歷天下 ，他從京師長安出發東南行，出武關至宛。南下襄樊到江陵。渡江，溯沅水至湘西，然後折向東南到九疑。窺九疑後北上長沙，到舊羅屈原沉淵處憑弔，越洞庭，出長江，順流東下。登廬山，觀禹疏九江，展轉到錢塘。上會稽，探禹穴。還吳遊觀春申君宮室。上姑蘇，望五湖。之後，北上渡江，過淮陰，至臨淄、曲阜，考察了齊魯地區文化，觀孔子留下的遺風，受困於鄱、薛、彭城，然後沿著秦漢之際風起雲湧的歷史人物故鄉，楚漢相爭的戰場，經彭城，歷沛、豐、碭、睢陽，至梁(今河南開封)，回到長安時任太史令的父親司馬談身邊。
回朝為官
因為父親司馬談的緣故，司馬遷回京後得以仕為郎中 。
漢武帝元鼎六年(前111年)，馳義侯授命平定西南夷，中郎將郭昌、衛廣率八校尉之兵攻破且蘭，平南夷。夜郎震恐，自請入朝稱臣。漢軍又誅邛君，殺笮侯，冉震恐，請臣置吏。隨後漢武帝在西南夷設置武都、牂柯、越巂、沈黎、文山五郡。而此時正隨漢武帝東行巡幸緱氏的司馬遷在繼唐蒙、司馬相如、公孫弘之後，再次出使西南，被派往巴、蜀以南籌劃新郡的建設。隨後又撫定了邛、榨、昆明，在第二年回朝向武帝覆命 。
父授遺命
漢武帝元封元年(前110年)春天，漢武帝東巡渤海返回的路上在泰山舉行封禪大典。 作為參與制定封禪禮儀官員的司馬談卻因病留滯在周南(今洛陽)未能繼續前行，更因此而心中憤懣以致病情加重。奉使西徵的司馬遷在完成任務後立即趕往泰山參加封禪大典，行到洛陽卻見到了命垂旦夕的父親。
彌留之際的司馬談對司馬遷說：「我們的祖先是周朝的太史。遠在上古虞舜夏禹時就取得過顯赫的功名，主管天文工作。後來衰落了，難道要斷送在我這裹嗎?你繼為太史，就可以接續我們祖先的事業了。如今天子繼承漢朝千年一統的大業，到泰山封禪，而我不得從行，這是命中注定的啊!我死以後，你一定會做太史;做了太史，你千萬不要忘記我要編寫的論著啊。況且孝，是從侍奉雙親開始的，中間經過事奉君主，最終能夠在社會上立足，揚名於後世，光耀父母，這是孝中最主要的。天下稱頌周公，是說他能夠歌頌周文王、武王的功德，宣揚周、召的遣風，使人懂得周太王、王季的思想以及公劉的功業，以使始祖后稷受到尊崇。周幽王、厲王以後，王道衰落，禮樂損壞，孔子研究、整理舊有的文獻典籍，振興被廢棄了的王道和禮樂。整理《詩》、《書》，著作《春秋》，直到今天，學者們仍以此為法則。從魯哀公獲麟到現在四百多年了，其間由於諸侯兼併混戰，史書丟散、記載中斷。如今漢朝興起，海內統一，賢明的君主，忠義的臣子的事跡，我作為太史而不予評論記載，中斷了國家的歷史文獻，對此我感到十分不安，你可要記在心裡啊!」司馬遷低下頭流著淚說：「小子雖然不聰敏，但是一定把父親編纂歷史的計劃全部完成，不敢有絲毫的缺漏。」
私淑古今賢
因為在長安任職，又縫「漢之得人，於茲為盛」的漢武盛世，司馬遷得以結識匯聚於長安的天下賢能之士。 包括賈誼之孫賈嘉，公孫季功(或為公孫弘)，樊噲之孫樊他廣，平原君朱建之子，馮唐之子馮遂，田叔少子田仁，梁人壺遂，杜陵蘇建等。 然而，對司馬遷影響最大的莫過於董仲舒與孔安國。
司馬遷與上大夫壺遂討論文學之時曾說過：「我聽董生說：『周朝王道衰敗廢弛，孔子擔任魯國司寇，諸侯害他，卿大夫阻撓他。孔子知道自己的意見不被採納，政治主張無法實行，便褒貶評定二百四十二年間的是非，作為天下評判是非的標準，貶抑無道的天子，斥責為非的諸侯，聲討亂政的大夫，為使國家政事通達而已』」 。而縱觀《史記》可知董仲舒之公羊學對司馬遷的影響主要為：其一，公羊家頌揚湯武革命，主張以有道伐無道，成為《史記》反暴政的思想基礎;其二，公羊家"尊王攘夷"，主張"大一統"的思想，成為《史記》貫串全書的主要觀念;其三，公羊家崇讓、尚恥之義是《史記》褒貶歷史人物的道德標準。
因孔安國為孔子後人，家中有當世失逸的《古文尚書》十餘篇，併兼通今古文學。故而司馬遷亦嘗就《古文尚書》問故於孔安國 ，學習古文經學的故訓，以及別擇古文資料的古文學，掌握考信歷史的方法。而《古文尚書》作為整個古文學的核心，司馬遷寫上古三代史亦從中作了大量的引用。
司馬遷曾在《史記·孔子世家》給予孔子「高山仰止，景行行止。」的高度讚揚。 其亦吸收孔子學說和六藝經傳的精華，效法孔子精神，繼《春秋》作《史記》，完成一代大典。
討論改歷
漢武帝太初元年(前104年)，漢朝自建立以來已經102年了。漢室建立之初，諸事草創，大部分都沿襲了秦朝的製作。曆法則採用了較為貼近的《顓頊曆》。儘管如此，《顓頊曆》對朔、晦的計算亦與實際情況相異。 於是時任太史令的司馬遷和大中大夫公孫卿以及壺遂等人向漢武帝進言說：「《顓頊曆》已經不適合現·在的情況了，因該重新定製曆法。」。而御史大夫兒寬恰好懂得經學，漢武帝便命令兒寬去與眾博士商議修改曆法等事情 。並於同年，命令公孫卿、壺遂、司馬遷、侍郎尊、大典星射姓等人討論定製《漢歷》。
遭受腐刑
漢武帝天漢二年(前99年)，武帝想讓李陵為出酒泉擊匈奴右賢王的貳師將軍李廣利護送輜重。李陵謝絕，並自請步兵五千涉單于庭以寡擊眾，武帝讚賞李陵的勇氣並答應了他。 然而，李陵行至浚稽山時卻遭遇匈奴單于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵卻越聚越多，糧盡矢絕之後，李陵最終降敵。 武帝憤怒，群臣皆聲討李陵的罪過，唯有司馬遷說：「李陵侍奉親人孝敬，與士人有信，一向懷著報國之心。他只領了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，殺敵一萬多，雖然戰敗降敵，其功可以抵過，我看李陵並非真心降敵，他是活下來想找機會回報漢朝的。」 然而，隨著公孫敖迎李陵未功，謊報李陵為匈奴練兵以期反擊漢朝之後，武帝族了李陵家 ，而司馬遷也以「欲沮貳師，為陵遊說」被定為誣罔罪名。誣罔之罪為大不敬之罪，按律當斬。
面對大闢之刑，慕義而死，雖名節可保，然書未成，名未立，這一死如九牛亡一毛，與螻蟻之死無異。 想到文王拘於囚室而推演《周易》，仲尼困厄之時著作《春秋》，屈原放逐才賦有《離騷》，左丘失明乃有《國語》，孫臏遭臏腳之刑後修兵法，呂不韋被貶屬地才有《呂氏春秋》傳世，韓非被囚秦國，作《說難》和《孤憤》，《詩》三百篇，大概都是賢士聖人發洩憤懣而作。 終於，在那個「臧獲婢妾猶能引決」的時代，司馬遷毅然選擇了以腐刑贖身死。至此，司馬遷背負著父親窮盡一生也未能完成的理想，面對極刑而無怯色。 在堅忍與屈辱中，完成那個屬於太史公的使命。
史記得傳
司馬遷有一個女兒嫁給楊敞。楊敞在漢昭帝劉弗陵時期，曾官至宰相。楊敞有兩個兒子，也就是司馬遷的女兒給楊家生的兩個兒子，大兒子楊忠，小兒子楊惲。楊惲自幼聰穎好學，他的母親把自己珍藏著的並且深愛著的《史記》，拿出來給他閱讀。楊惲初讀此書，便被書中的內容吸引住了，愛不釋手，一字字、一篇篇，非常用心地把它讀完。楊惲成年之後，還把它讀了好幾遍，每讀一遍總是熱淚盈眶，扼腕嘆息。在漢宣帝的時候，楊惲被封為平通侯，這時候他看到當時朝政清明，想到他的外祖父司馬遷這部巨著正是重見天日的時候，於是上書漢宣帝，把《史記》獻了出來，從此天下人得以共讀這部偉大的史著。
主要成就
文史
公元前91年(徵和二年)，《史記》全書完成。 全書130篇，五十二萬六千五百餘字，包括十二本紀、三十世家、七十列傳、十表、八書，對後世的影響極為巨大，被稱為「實錄、信史」，被魯迅先生譽為「史家之絕唱，無韻之離騷」 ，列為前「四史」之首，與《資治通鑑》並稱為「史學雙璧」。
思想
司馬遷借老子之口說出了被他改造過和發展了的至治理想。保留了道法自然的內核，有意識地剔除了反映原始社會「小國寡人」和奴隸社會「使民」如何的思想，體現了深得道家精髓的「與時遷移」思想。其核心是天道自然，要旨是人民的足欲。
天文
在兩漢時期的星象家中，首先要提出司馬遷。大家都知道司馬遷是一個偉大的史學家，而不知他也是一位對天文星象精到造詣的專家。其實只要仔細讀其《史記》的《天官書》、《律書》、《曆書》，就可明白稱他為天文星家專家決非虛譽。
司馬遷繼承父親遺志遺業，完成「推古天變」之任務，並明確表述為「通古今之變，究天人之際」，其結論表述在《天官書》中，即據春秋242年之間日食三十六、彗星三見等星象，聯繫點天子衰微、諸候力政、五伯代興及到戰國及秦漢之際的社會變亂動蕩，而總結出天運三十年一小變，一百年一中變，五百年一大變，三大變為一紀，三紀而大備的「大數」，最後才認為「天人之際續備」。這是司馬遷天文學之應用的最重要之範例，在整個星學歷史上佔有最高地位。
此外，司馬遷又總結了戰國以來的天文學的基本原則，表述如下：「我仔細檢查史書的記裁，考察歷史上的事變，發現在100年之中，五星皆有逆行現象。五星在逆行時，往往變得特別明亮。日月的蝕食及其向南向北的運行，都有一定的速度和周期，這是星象學所要依據的最基本的數據。而星空中的紫宮星垣和東西南北四宮星宿及其所屬的眾多星辰，都是位置不變的，它們的大小程度和相互向的距離也是一定不變的，它們的分布排列象徵著天上五官的位置。這是星象學中作為『經』亦即不變的依據。而水、火、金、木、土星則是上天的五位輔住，它們的出現隱伏也有一定的時間和周期，但其運行速度快慢不均。這是天文學中的『緯』亦即經紫變動的部分。把這些固定的和變動的兩種星象結合起來，就可以預測人事的變化了。」
名言
三晉多權變之士，夫言縱橫強秦。
君子疾沒世而名不稱焉。
貌言華也，聖言實也，苦言藥也，甘言疾也。
高山仰止，景行行之，雖不能至，心嚮往之。
蓋鍾子期死，伯牙終身不復鼓琴。何則?士為知己者死，女為悅己者容。
古者富貴而名磨滅，不可勝記，唯倜儻非常之人稱焉。
倉廩實而知禮節，衣食足而知榮辱。
浴不必江海，要之去垢;馬不必騏驥，要之善走。
善者因之，其次利導之，其次教誨之，其次整齊之，最下者與之爭。
（馮永紅摘自今日頭條）