宋政權偏安南方,而北方金政權統治地區,則有王喆首創全真教派。王喆在金正隆四年(1159年,即南宋紹興二十九年)遇奇人(傳為呂洞賓)傳授口訣,從而得道,因此丹法仍出自鍾呂一系。
他有七大弟子,即馬鈺和孫不二夫婦以及譚處端、丘處機、王處一、劉處玄,郝大通。他們各自建立教派,人稱「北七真」。
全真教持「三教歸一」主張最力,與南宗一樣,將禪學與內丹融為一體,提倡清修,放棄家庭生活,出家乞食。全真教在北方新道教各派中,文化素養最高,留下著述最多:尤其是丘處機開創的全真教龍門派,發展成為新道教中影響最廣的有生力量。
13世紀時,丘處機的再傳弟子秦志安編輯《金蓮正宗記》,將傳承系統定為「王玄甫、鍾離權、呂洞賓、劉海蟾、王喆」,是為「北五祖」。
同時,因南五祖師承關係是「王玄甫一鍾離權一呂洞賓一劉海蟾—張伯端」,前四代與北宗完全一樣,從而有了南北合流的基礎。到了元代,就完成了南北二宗的融合,而以龍門派為其代表。
龍門派丹功以丘處機《大丹直指》為圭桌,功法要領是回復先天,並分階段實施。整個功夫分為九節,前三節主要是命功,後六節主要是性功;體現了佛道合流。這些功法,在南宗丹經中,也大體如此。
元代道教主流派系,實際上只有全真和正一兩大教派:正一派是西蜀天師正一派的天師張道陵的子嗣從蜀中青城山遷到江西龍虎山的,以符策科儀為主,被視為正一教的祖庭。
全真教南北遍布,以內丹清修為主,後分為東西兩派。
東派為16世紀明晚期的陸西星(1520-1606,號潛虛)所創,自稱得呂洞賓親傳,著有總集《方壺外史》。
19世紀中開創西派的李西月(1806-1856),原名元植,號涵虛(一號團陽),四川樂山人,拜峨眉山孫教露一派的鄭樸山為師,創立「西派」,他的著作有《太上十三經註解》、《三車秘旨》和《九層煉心》,《後天串述》兩篇短文龍門派傳承系統比較清楚,元代中期傳至西蜀。
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