一、
「皖系」是以段祺瑞為首的北洋派系，這是袁世凱死後第一個執掌大權的北洋派系，相對於後來的「直系」和「奉系」，「皖系」在名義上是形式最統一的北洋軍閥，當時的直系曹錕、奉系張作霖也還聽從段祺瑞的指揮，等到皖系落寂，直系和奉系先後掌權也難再像皖系那般凝聚到眾多北洋系的支持。
稱為皖系，是因為段祺瑞是安徽人，安徽簡稱皖，所以以他為首的派系就被稱為「皖系」。
皖系除了段祺瑞，另一個靈魂人物是徐樹錚，這是一位毀譽參半的人，人稱「小扇子」（軍師或師爺的意思）的徐樹錚一手規劃的皖系，可以說沒有徐樹錚就沒有段祺瑞的皖系，同時徐樹錚還是民國收復外蒙古的民族英雄（外蒙古從清朝開始一直就是我國的國土，民國時期鬧過獨立，徐樹錚出兵收復的）。徐樹錚才幹出眾是公認的，可為人張揚跋扈也是公認的，性格倨傲、難以容人，最終導致皖系內部分裂，也是因為徐樹錚的處事風格，所以史上對皖系的評價有「成也小徐，敗也小徐」。
二、
提及北洋軍閥的統治，近代史方面的研究者通常將其統治時期劃定為1912到1928年間，也就是自民國元年到張學良東北易幟。其中，袁世凱的統治期為四年（即1912年到1916年），皖系統治期為四年（即1916年到1920年），直系統治期為四年（即1920年到1924年），奉系統治期為四年（即1924年到1928年）。
真正在袁世凱之後把持著中央政權，並且可以達到號令北洋的，其實只有皖系軍閥的統治時期。在皖系主政時期，北洋系逐漸走向分裂，最終隨著直皖戰爭的爆發而分崩離析。
1、
1865年，段祺瑞出生在安徽六安縣（今安徽省六安市）。祖父段佩，曾和日後成為「臺灣第一巡撫」的劉銘傳一起販過私鹽，後來還辦過團練，因為鎮壓捻軍有功，官至淮軍統領。段祺瑞五歲時，舉家搬遷到合肥城西橋大陶崗（今肥西縣三十崗鄉陶崗村）定居，父親段從文不似祖父那般驍勇，是個日出而作日入而息的農民。
14歲時祖父段佩去世，段家從此家道中落，段祺瑞不甘心像父親一樣做個農民，在16歲那一年懷揣父母給的一塊銀元徒步從合肥走了十天兩千餘裡路，到達山東威海衛投奔族叔段從德當兵。
一年後，父親段從文因為擔心他的生活，專門到威海衛來看望段祺瑞，誰知，在返回安徽的途中，被同行的人害死。隔年，1883年，母親範氏因悲傷過度去世。段祺瑞通過官府查出殺父仇人，兇手被正法，可雙親離世還是給他帶來巨大悲痛，同時，剛十八歲作為長兄的段祺瑞，承擔起撫養底下一個妹妹兩個弟弟的責任。
1885年，洋務派大臣李鴻章在天津設立了天津武備學堂。段祺瑞以優異成績考入成為第一期預備生並被分到了炮兵科，他「攻業頗勤敏，以力學不倦見稱於當時，治學既專，每屆學校試驗，輒冠其儕輩，與王士珍等齊名於世」。
進入天津武備學堂第二年，段祺瑞就與宿遷舉人吳懋偉的女兒吳氏在合肥結婚。
1888年，段祺瑞再次參加考試，並且以第一名的優異成績獲準與其他四位同學一起到德國留學。翌年春天，段祺瑞等人抵達德國，以官費進入柏林軍校，在那裡學習一年半。
1895年，袁世凱到天津小站練新軍，讓天津武備學堂的總辦推薦幾個人才，有四個人被推薦給了袁世凱：馮國璋、段祺瑞、梁華殿和王士珍。除了梁華殿到小站沒多久掉水裡被淹死了，其他三人慢慢都成了袁世凱最為倚重的親信，成為日後的「北洋三傑」，而三人外號分別是北洋之狗馮國璋（意味聽話，指哪打哪）、北洋之龍王士珍（意味神龍見首不見尾，王士珍後期並不足以與馮、段抗衡）、北洋之虎段祺瑞（意味威勢兇猛，不容易折服）。
小站練兵，不光是袁世凱的發家資本，也是段祺瑞後來皖系的資本，日後成為皖系重要人物的大佬也是在小站練兵時紛紛凝聚到段祺瑞身邊的，包括靳雲鵬等後來做過民國總理的皖系大佬。
後來清廷調派袁世凱到山東當巡撫鎮壓當地的義和團，此時有一個叫徐樹錚的人到濟南向袁世凱上書，陳述「經武之道」。徐樹錚，字又錚，自號則林，江蘇蕭縣（今屬安徽省宿州市）人，自幼聰穎過人，三歲識字，七歲能詩，十三歲中秀才，十七歲補廩生，人稱「神童」。但是，「神童」沒能打動袁世凱，袁世凱沒有留用這個有些自大的年輕人，而是把他打發到段祺瑞那做了記室，相當於秘書。對於孤高自傲的徐樹錚，秘書工作在他看來簡直是對自己的侮辱，正要拍拍屁股走人，段祺瑞因為看過他的「經武之道」，對他大為贊善，極力勸他留下來擔任自己的幕僚。這也是命中注定，徐樹錚成了段祺瑞日後最得力的助手，甚至可以說是徐樹錚一手創建了皖系「帝國」。
清廷末年，清室貴胄們只顧著爭奪眼前的軍權，完全忘記了「十年樹木，百年樹人」的老話，等若干年後他們回過味來，帝國的萬裡之堤已經被他們自己破壞了。腐朽的清帝國害怕漢人掌權，對袁世凱和段祺瑞等漢人掌有軍權的施行打壓，袁世凱退隱，段祺瑞被打壓到保定陸軍軍官學堂教書，而正是這一段經歷，讓段祺瑞積累了一群精幹的門生故吏。既然無法主宰現在就去把握未來，而把握未來往往就會擁有現在，因為未來終歸會變成現在。
1911年10月10日，辛亥革命爆發，清政府節節敗退，無奈之下滿清貴族只能請出袁世凱，袁世凱先是把革命黨的攻勢壓制了下去。後來南方革命黨放出口風，如果袁世凱能贊成共和就推舉他做大總統。袁世凱心思一動，仔細一盤衡，如果幫清政府打敗革命黨，以當時清室掌權的貴胄那種狹窄心量肯定會對自己來個「狡兔死，良狗烹」，之前自己被逼隱退時就差點讓溥儀的親生父親攝政王載灃給殺了，如果不是被革命黨刀子架到脖子上清室貴胄不會想用自己出來抵抗的。如果幫助革命黨，自己名聲好還能掌握大權，弄個大總統當？這樣的買賣袁世凱不用過多盤桓，幹就行了，必須弄倒腐朽沒落的清政府，但自己出頭也不行，得找個有本事、有權力、敢於做出頭鳥逼清帝退位又對自己忠心耿耿的人，誰？非北洋之虎段祺瑞莫屬。
1912年2月11日，段祺瑞帶兵進入北京，實實在在地將武力逼宮的戲碼唱到了紫禁城下。隆裕太后（光緒帝的皇后，慈禧的侄女，當時溥儀還小，無德無才的攝政王載灃又在袁世凱出山後灰溜溜的跑到幕後躲起來了，所以掌權的是隆裕，隆裕就是一位老實的婦道人家，沒有什麼心機，把個沒落成破鍋的清廷存亡壓到她身上實在是難以承受，據說溥儀小時候每次見到隆裕，隆裕都在哭，也難怪，讓這麼一位老實的女子承受整個帝國要坍塌的重擔，除了哭還能怎麼排洩？）面對著北洋軍的槍炮，意識到清王朝已經走到了窮途末路，於是在退位詔書上加蓋御寶。
1912年2月12日，隆裕太后率同宣統帝（即溥儀）退位，並頒布了退位詔書。
段祺瑞一生有「三造共和」之功，逼清帝退位便是其「一造共和」。
袁世凱做了幾年大總統後，老來糊塗，還想做皇帝，更可悲的是自己聽不進不同意見，後來被逼退位後還解釋自己是受兒子袁克定、謀士楊度等人的蠱惑，說他每天看到的、聽到的都是些歌功頌德的溢美之詞，就算是再清醒的人也難免會腦子發熱。
不過，袁世凱的糊塗成就了段祺瑞的英名。
2、
當上皇帝以後，袁世凱大赦天下、大封群臣，跟他鞍前馬後多年的老部下都封了爵位，卻唯獨沒有算上段祺瑞，可見段祺瑞反對袁世凱稱帝是有多激烈了。
反對袁世凱稱帝的段祺瑞學起了清朝末年的袁世凱，隱退起來。
袁世凱的鬧劇也就幾個月，遭到全國人民的一致反對和聲討後，老袁才迴光返照，趕緊退位重新做回大總統。可經他這麼一糊鬧，大部分人都已經不再信任他，包括他一手創建起來的北洋系，身為精神領袖的袁世凱自己打破了自己精神領袖的地位，北洋系也不再唯他馬首是瞻了。袁世凱這時才想起段祺瑞，在即將離世前他又託人找來段祺瑞和徐世昌，把後事託付給這兩位老友了。
1916年6月6日，退位沒幾個月的袁世凱撒手人寰，黯然離世。北京城通令全國下半旗誌哀，可與受到強制的哀樂瀰漫的北京城相反，全國其他地方的民眾則是皆大歡喜、奔走相告，這不能不說是莫大的諷刺。
袁世凱退位是迫於內外的壓力，外是蔡鍔等西南系軍官起兵反對，內就是段祺瑞命令北洋系的軍官合力反對袁世凱的皇帝夢。所以，逼袁世凱退位，段祺瑞也是功不可沒，在歷史上這算是段祺瑞「二造共和」的功績。
袁世凱死後，頂替大總統的是之前就擔任副總統的黎元洪，黎元洪是辛亥革命時被革命黨硬架上代理總督的位置的，本身是一個老好人，誰都不願意得罪，當然也不會想當什麼革命黨，可刀架到脖子上，不當革命黨的帶頭人就得被革命黨砍了，陰差陽錯倒成了民國的開國功臣之一。黎元洪雖然作為不多，但其本身不算壞，做上總統後還是想好好有一番作為的，結果不巧得狠，袁世凱死後重新掌握北洋系的段祺瑞做了國務院總理，段祺瑞本身也不壞，也想有一番作為，可老黎和老段兩人的作為方向是相反的道路，簡單舉個例子，當時適逢第一次世界大戰，美國和日本對德宣戰後都蠱惑中國一起對德宣戰，黎元洪不同意，段祺瑞同意，雙方就是爭，黎元洪雖然是大總統，可除了總統的名聲外他沒有軍權、實權，實力派的北洋系都掌握在段祺瑞手裡，最終中國參與了對德的宣戰。
黎元洪底下有幾個幕僚，這幾個幕僚從歷史角度看真是「成事不足，敗事有餘」，黎總統的總統府和段總理的國務院之爭在歷史上稱為「府院之爭」，總統還沒覺得怎麼滴呢，總統底下的幕僚受不了了，直接叫外援張勳到北京來支持黎總統對抗段總理。張勳是出了名的清廷餘逆，民國都好幾年了，他和他的部下還拖著一條清朝的標誌性「辮子」，人稱張辮帥。黎元洪不傻，當知道幕僚把張勳叫進京後嚇了一大跳，可請鬼容易送鬼難，張辮帥帶著五千部隊浩浩蕩蕩的進京了，進京後並不是幫黎總統壓制段總理，而是幫還佔有紫禁城的清室復闢帝制。張勳跟個二傻子似的，還自以為自己是根蔥，這次復闢清室比
袁世凱稱帝還要迅速倒閉，沒幾天激起全國人民的一致反對，段祺瑞借著聲勢帶著軍隊只在北京城外放幾聲空炮，張辮帥的辮子軍就紛紛剪掉辮子各自逃散去了，張辮帥滴溜溜的躲進了外國使館逃得一命，同時清帝溥儀趕忙宣布退位還民。
經此一鬧，黎元洪灰心喪氣，把總統位置讓給了時任副總統的北洋三傑之一的直系領導人馮國璋。而段祺瑞，借這一鬧，成就了自己「三造共和」的功勳。府院之爭，以院完勝府。
3、
通過危機感而不是因為根本的團隊意識走到一起的合作夥伴，往往也會因為危機感的過去，或者是更強的危機感的出現，從而在團隊內部催生出更多的矛盾和問題，所以，危機感促成一個團隊，往往也會毀掉一個團隊。
馮國璋當總統後，段祺瑞繼續當國務院總理，這時段祺瑞大權在握，打算用武力南徵統一全國（當時的南方有西南系軍閥和孫中山先生領導的國民革命軍，都不歸北京的中央政府管轄），可這個時候，北洋系內部開始出現矛盾了。
首先是直皖矛盾，馮國璋是當時直系軍閥（直係指以直隸人為首的北洋派系，直隸省是現在的河北省）的領頭人，直皖矛盾其實也是馮國璋和段祺瑞的矛盾，也就是新的府院之爭。
馮國璋和段祺瑞並列袁世凱當年的北洋三傑，論打仗，馮國璋是要強於段祺瑞的，但是論政治，馮國璋就不是段祺瑞的對手了。
段祺瑞與黎元洪、馮國璋的矛盾之所以激化，其實都是因為戰事。與黎元洪的矛盾激化是因為歐戰，一個主戰一個主和，結果黎元洪垮臺；與馮國璋的矛盾激化是因為南徵，一個主戰一個主和，馮國璋也陷入被動。
主戰派和主和派的矛盾其實就是分贓不均。因為當時直系佔領的地盤主要也在南方的湖北、江蘇、江西一帶，南徵意味著首當其衝的是直系的地盤。皖系似乎有用直系做炮灰的想法，這不得不讓直系暗生不滿。
4、
北洋系除了直皖矛盾外，另一個就是皖系自己的內部矛盾。其實前期直皖矛盾，皖系還是佔有較大優勢的，畢竟當時掌有實權的奉系張作霖、直系曹錕（曹錕是後來頂替的馮國璋成為直系的大佬，剛開始他還沒有佔隊為哪個系，不過他是直隸人，也是當時握有實權的一方強大軍閥，更兼底下有個「北洋第一能打」的將軍吳佩孚，是以後來能頂替衰落的馮國璋成為直系老大）都是支持段祺瑞的。
可堅固的城堡都是毀於內部的，皖系內部的自身矛盾、分裂才是最終讓皖系衰落的根本原因。
皖系的內部分裂，究其原因，都是徐樹錚引起的，正所謂「成也小徐，敗也小徐」。
馮國璋鬥不過段祺瑞後退出了總統寶座，這個時候頂替的總統是大名鼎鼎的徐世昌，老徐雖然沒有兵權，可玩手腕，老徐是有一套的。
徐樹錚在給皖系攫奪實力的時候，使了一些小心計，這些小心計恰恰有針對張作霖和曹錕的地方，讓這兩位實力派很不爽，於是張作霖和曹錕聯合另外幾個次等軍閥組成反皖聯盟，主要就是針對跋扈的徐樹錚。
恰在此時，外蒙古鬧獨立，徐世昌調徐樹錚往西北，本意是要抽去段祺瑞的主心骨，同時削弱皖系的力量，哪知道徐樹錚把西北經營得有聲有色，不光收復了外蒙古，還儼然做起了「西北王」。
因為出兵外蒙古有功，再回北京的徐樹錚更為張揚，這回小徐竟然是對同為皖系的內部兄弟表示了不滿和傲慢，段祺瑞又護著他，結果導致皖系其他元老紛紛離去、他投。
5、
內部不和，外部直奉聯合倒皖。
曹錕、吳佩孚和張作霖紛紛出兵進擊北京，1920年7月，皖方以新銳的武器與陳舊之直軍相爭，正如以石投卵，絕無敗理。豈知有石而不能用，則卵雖軟弱，亦可淋漓盡致，使你無能為力。可知無將兵之才，雖有堅甲利兵，亦是徒然。
皖系當時除了徐樹錚，其他都是徒有虛名的人帶軍，反觀直奉聯軍，吳佩孚、張作霖都是一時人傑，特別是吳佩孚，有「北洋第一能打」之號，美國《時代》周刊稱他為「中國最強者」的常勝將軍，並不是浪得虛名。
此次北洋內戰，主要參戰方還是直系和皖系，奉系還不算主力，所以史稱「直皖之戰」。
直皖之戰皖系大敗，從此，段祺瑞雖還繼續作為國家領導人，可已再無實權，說出來的話自然不再被當一回事了。
1925年3月12日，革命偉人孫中山先生在北京病逝，段祺瑞不僅親自到靈堂弔唁，而且自撰輓聯。不過，在當時的輓聯中，卻以皖系另一位頭面人物徐樹錚的最為出彩。
彼時皖系失勢，國內想殺徐樹錚的人一大堆，段祺瑞為了保護他的安全，藉口讓他出國考察去了，正在歐洲考察的徐樹錚獲悉孫中山病逝，自撰輓聯一副，以電報形式發至北京：百年之政，孰若民先？曷居乎一言而興、一言而喪；十稔以還，使無公在，正不知幾人稱帝、幾人稱王。（這副輓聯，上句典出《論語》，下句典出曹操的《讓縣自明本志令》）區區數十字，將孫中山一生的功績盡數概括。
袁世凱曾對徐樹錚有過這樣的評價：「又錚（徐樹錚的字）其人，亦有小才，如循正軌，可期遠到。但傲岸自是，開罪於人特多。」論才幹，徐樹錚不僅在皖系，在整個北洋系中都無出其右者，但他的缺點是不擅經營人脈，所以皖系因他而疏遠，北洋系的人也因他而攻擊皖系。
徐樹錚除了才幹好，書法和作詩也是一時無雙，據說他還喜歡崑曲，不僅能自己譜曲，還能夠上臺演出。
其實段祺瑞如此重用、依賴徐樹錚，也因兩人性格相像有一定的關係，段祺瑞本身也是一個傲岸自是的人，看到小徐有如此才幹又和自己性格相像，怎麼能不重用？重用是對的，可惜不會平衡、兼容。
考察回國後的徐樹錚為了支持段祺瑞，即使在段祺瑞命他不得進京也不聽，非要回京讓段祺瑞安心。結果，在廊坊被馮玉祥派人悄悄殺了，遇害時僅四十五歲，正值壯年。段祺瑞在接到徐樹錚遇害的消息後，痛不自抑地淚流滿面，捶胸頓足地高呼「斷吾肱股」。
1926年4月段祺瑞下野離京，經過廊坊徐樹錚遇害地點，老淚盈眶，喃喃若有語。到後來還將徐樹錚牌位擺入段氏祠堂，年年讓子孫拜奉，二人情義之深可見一斑。
段祺瑞崛起於袁世凱時代，其後六度組閣，縱橫民國政壇十年之久，亦留下「三造共和」的美譽，但是剛愎自用，最終頹然下臺，寓居天津，自號「正道居士」。一生對自己要求嚴格的段祺瑞，到卸任時竟然連一處房產都未曾置下，他在天津所住的鞍山道38號，乃是其妻弟吳光新的房產。
在民國的政要中，段祺瑞所做的事情雖然是毀譽參半，但為人卻是那個時代的楷模。他是著名的「六不總理」：不貪汙、不賣官、不抽大煙、不酗酒、不嫖娼、不賭錢，他最大的愛好是下圍棋、打麻將和打撞球。正如梁啓超說他，「其人短處固所不免，然不顧一身利害，為國家勇於負責，舉國中恐無人能比」。
晚年段祺瑞生活拮据，1928年，蔣介石得知段家生活確實困難，於是「送上2萬元，在此後三四年間，又送過數萬元，生活問題遂得到解決」。
1933年，日本人想劫持段祺瑞脅迫其組織華北政府，蔣介石懇請其「南下頤養」。1月21日，段祺瑞秘密離開天津，於翌日抵達南京浦口車站，抵達當日，蔣介石親率所有少將級以上的軍官到車站迎接，蔣介石更是一身戎裝，見到段祺瑞即敬禮，因為早年間曾在段祺瑞主持的陸軍軍官學校就讀，蔣介石對段祺瑞乃以師徒之禮相敬。
1936年11月1日，段祺瑞胃病發作，於上海宏恩醫院醫治無效病逝，享年七十二歲。
彌留之際，段祺瑞留下親筆遺囑，向政府提出「八勿」：勿因我見而輕起政爭；勿尚空談而不顧實踐；勿興不急之務而浪用民財；勿信過激言行之說而自搖邦本；講外交者，勿忘鞏固國防；司教育者，勿忘保存國粹；治家者，勿棄國有之禮教；求學者，勿鶩時尚之紛華。