袁世凱曾任清政府"北洋通商大臣」(亦稱辦理三口通商事務大臣)，所以他訓練的部隊稱北洋軍，以他為首形成的政治派別統稱北洋系。
甲午戰爭後，北洋水師全軍覆沒，陸軍方面李鴻章的淮軍、八旗軍、綠營兵等等紛紛戰敗。有鑑於此，清政府決定按照西方操典編練新式陸軍。「習洋槍，學西法」，稱「新建陸軍」，簡稱「新軍」。
清廷原計劃在全國編練36鎮（相當於師），以北洋新軍為中央軍，各地編練的新軍為地方軍，到辛亥革命爆發時，全國共練成二十六鎮，共有軍官11463人，士兵168544人。其中，以袁世凱的北洋六鎮，裝備與訓練均高於各地編練的新軍，實力最強，遍布直隸、山東與東北。
1911年辛亥革命爆發，除了上海、廣東、廣西起義是以民軍、商團為主，其餘的武昌、江西、安徽、江蘇、浙江、福建、山西、四川、雲南、貴州等地均是新軍起義為主。可以說辛亥革命是各地的新軍在革命黨的影響下的新軍大起義。
清廷派出北洋軍鎮壓起義，攻下了漢口、漢陽，然而，袁世凱看清了全國的形勢，於是，一方面進攻起義軍，一方面私下與南方民軍媾和，再以形勢不可收拾為由逼迫清廷退位，最後當上了民國第一任大總統。以袁世凱為首的北洋軍閥集團掌握中華民國行政大權，他們建立的政府被稱為「北洋政府」。
袁世凱死後，無人具有足夠能力統領整個北洋軍隊及政權，北洋系的各將領以省割據導致分裂，以軍隊為主要力量在各省建立勢力範圍。在名義上仍接受北京政府的支配。但北京政權實際上由不同時期的軍閥所控制，故而在北洋軍閥時期北京政府又有北洋軍閥政府(簡稱北洋政府)的稱呼。
從上可知，北洋軍閥主要就是出身「北洋新軍」的一批將領。袁世凱死後，其內部又主要分直系、皖系、奉系三大派系。直系的馮國璋在英美的支持下，控制長江中下遊的蘇、贛、鄂及直隸等省；皖系的段祺瑞在日本支持下，控制皖、浙、閩、魯、陝等省；奉系的張作霖以日本為靠山，佔踞東北三省。
北洋軍閥是民國軍閥最大的一股勢力，與之形成對應的是，辛亥革命後各省的督軍們也成為了各地的軍閥，如山西閻錫山、廣東的陸榮廷等。
袁世凱死後，北洋軍閥內部各派系之間，北洋軍閥與地方軍閥之間，地方各軍閥之間經常為了各自利益大打出手，中國陷入軍閥混戰。
1924年孫中山重組國民黨，奉行聯俄、聯共、扶助農工三大政策，在蘇聯和中共的幫助下建立黃埔軍校，組建國民革命軍。
1926年開始北伐時，除第一軍主要是由黃埔學生軍擴編而來外，其餘六個軍則是廣東、廣西、湖南、四川等的地方軍閥部隊。隨著北伐的節節勝利，越來越多的地方軍閥武裝投入國民政府，被冠以國民革命軍的稱號，而一些原北洋軍閥也倒戈投入國民政府。1928年，張學良宣布東北易幟，奉軍被授予國民革命軍番號，宣告了「北洋軍閥」這個稱號成為歷史。
雖然北洋軍閥這個稱號成為歷史，但是軍閥武裝紛紛被國民黨收編，與國民黨軍和各地地方軍閥一起改頭換面成為新軍閥。因而，北洋軍閥表面上看可以說是被國民革命軍的北伐打敗的，追根溯源的話也可以說是被原地方各省的新軍演變成的地方軍閥及國民黨這個新軍閥打敗。最終，到1949年，國民黨所代表的這些新軍閥被打敗，因而，真正完全打敗北洋新軍、地方新軍及國民黨軍的是中國人民解放軍。