萬曆皇帝長達28年不上朝，並不是說他對朝政不聞不問，他是個聰明的人，對時局看得很清楚。當時文官集團勢力太大，而且非常團結，作為皇帝，很多事情無法做出決策，而是被文官集團把持著。為了不讓自己被架空，他牢牢抓住皇權，只要權力不旁落他人之手，那些文官再怎麼折騰也翻不了天。他28年不上朝，依然能控制朝政，保證權力不旁落他人之手。
萬曆皇帝即位之初很想做個好皇帝，開始幾年也是勤勤懇懇，任勞任怨。但是後來他發現自己在朝堂上提出的見解，每次都會有人反對，他的每一項決策都沒辦法落實。長此以往，他也看穿了這批大臣是在抱團取暖，他們根本沒有把皇帝放在眼裡。於是他為跟這些文官賭氣，乾脆就不上朝了，隨便他們怎麼搞。即便是如此，他也沒有放棄皇權，暗中培養自己的親信和勢力。利用宦官集團制衡文官集團，雖然28年沒有上朝，但各方勢力依舊能保持平衡，互相爭鬥，互相監督，互相制衡，誰也奈何不了誰。這樣下來自己權力也就不會被架空，皇權牢牢握在自己手裡。
萬曆皇帝非常聰明，他明白僅靠自己一個人是鬥不過文官集團的，他就培養另外一方勢力，也就是宦官集團，利用宦官集團來制衡文官集團，而自己坐山觀虎鬥。他也明白，國家機器的運轉還得依靠文官集團，所以也不能把他們一棒子打死，打死了就沒人幫他管理朝廷事務了。最好的辦法就是利用另外一方勢力來制衡，不讓他們太過囂張，國家也就不會出太大的亂子，皇權也就牢牢掌握在自己的手中了。
1958年，萬曆皇帝的地宮被打開，打開棺槨後發現萬曆皇帝的雙腿長度不一樣，右腿呈捲曲狀。根據明史記載，萬曆皇帝晚年得了嚴重的腿疾，無法走路。太醫告訴萬曆皇帝，他的腿疾將會越來越嚴重，慢慢會失去行動能力。這樣看來，史書記載萬曆皇帝的腿疾確有其事，致使他不能走路。
就因為得了嚴重的腿疾，行動不便，讓他沒辦法上朝。作為皇帝，形象非常重要，一拐一拐地上朝有損國體，嚴重影響皇帝的形象，乾脆就不上朝了。也可能是萬曆皇帝不想讓人知道自己是個殘疾人，那樣會給那些文官集團以及政客帶來口舌，在他身上做文章，所以他躲在深宮，不跟任何人見面。這也是一種政治操作，更顯示了萬曆皇帝心思縝密，頭腦靈活。
萬曆皇帝雖然長達28年沒有上朝，但因為他頭腦靈活，心思縝密，懂得利用權力制衡各方勢力，皇權一直緊緊握在自己的手裡，才不至於自己被架空。而且他很會識別人心，哪些人可以用，哪些人不能用他都一清二楚。其實，作為皇帝，最怕權力旁落他人之手而丟了江山，萬曆皇帝當然也怕，但由於腿疾的緣故沒辦法上朝，但他並沒有放棄治理國家事務，朝廷中發生的任何事情，包括官員們的一舉一動都在他的掌控之中。