當阿黑麻在阿克蘇和吐魯番取得統治地位並控制了東蒙兀兒斯坦和畏兀兒斯坦地區時，阿黑麻的哥哥馬哈木已經繼承父親羽奴思的王位，成為塔什幹和西蒙兀兒斯坦的統治者。1488年，帖木兒王朝的末代統治者企圖從馬哈木手中收回塔什幹，但在塔什幹城外的奇爾奇克地區，他們被馬哈木擊潰。然而，馬哈木犯了一個致命的錯誤，他收留了著名的穆罕默德·昔班尼，並於1508年被昔班尼處死。
馬哈木死後，察合臺的後裔被逐出了西突厥斯坦，他們在天山東部生活了一百多年。 在畏兀兒斯坦的吐魯番、喀拉沙爾和庫車地區，阿黑麻的長子滿速兒汗從1503年開始，在此地統治了40年。最初，滿速兒汗的處境十分艱難。住在喀什的杜格拉特部異密阿巴扎乞兒不斷進攻阿克蘇，在那裡掠奪了察合臺後裔們的財寶之後，又繼續摧毀庫車和拜城。1514年，滿速兒的弟弟賽德汗向阿巴扎乞兒展開反擊，並於當年6月從阿巴扎乞兒手中奪回了喀什、葉爾羌和于闐，戰敗的阿巴扎乞兒逃至拉達克山一帶。在此次鬥爭中， 另一位杜格拉特人、歷史學家杜格拉特·米兒咱對賽德汗給予了極大的支持。平息了阿巴扎乞兒的叛亂後，天山東部便成了賽德汗兄弟的天下。喀什噶爾本土由賽德汗統治，賽德汗的哥哥滿速兒則統治著蒙兀兒斯坦的伊犁、裕勒都斯和整個畏兀兒斯坦。兩兄弟之間的親密關係保證了中亞地區的和平與統一。「旅行者們可以十分安全地從費爾幹納到哈密，然後進入中國。」
根據杜格拉特家族的王位繼承人穆罕默德·海達爾二世所著《拉失德史》一書的記載，在此時期，察合臺和杜格拉特家族的後代們已經具有相當先進的文化。前文已經談到，青年時代的羽奴思汗曾與察合臺的後商生活在一起，在洩刺，他接觸到了波斯文，並由此帶來了波斯人的優雅風度。同樣，海達爾也是一位被社會環境徹底改造了的蒙古王子。由於他是一位虔誠的穆斯林，所以其祖先的語言可能只被視為異教徒的語言。事實上，他同他的祖先一樣使用察合臺突厥語，但他所著的反映中亞蒙古人歷史的《拉失德史》一書則是用波斯文寫成的。海達爾的朋友、帖木兒王朝的末代君主巴布爾也寫了一部著名的回憶錄，但用的是察合臺突厥方言。這些事實說明，在16世紀初，東突厥斯坦已是一個文化繁榮的中心地區。今天，這個地區的文化已經衰落到了一個可悲的水平。儘管東突厥斯坦沒有河中地區那種長期成為文化中心的輝煌歷史，但在突厥——波斯文藝復興時期，撒馬爾罕和不花刺在文學上的成就對喀什、阿克蘇和吐魯番地區產生了極其深遠的影響。海達爾與巴布爾之間的親密關係表明，察合臺家族的可汗與杜格拉特部的異密都是按照西方的禮節進行交往。在巴布爾時期，已經伊朗化的撒馬爾罕與東突厥斯坦的關係十分牢固，交往也非常頻繁。因此，河中地區的巴布爾可以用察合臺突厥文寫作，蒙兀兒斯坦的異密海達爾也可以用波斯文寫作。