有機水稻種植過程中不使用化學農藥、化肥、生長調節劑，而在水稻栽培過程常受到稻瘟病、紋枯病、螟蟲、稻飛蝨、稻縱卷葉螟等病蟲害的危害，從而影響有機水稻的產量及品質。因此，有機水稻如何防治病蟲害？現將有機水稻病蟲害防治措施總結如下：
1、稻瘟病
防治適期：葉瘟發病初期，穗瘟在始穗、齊穗期。
防治措施：選用抗（耐）病品種；種子消毒，1%石灰水浸種，早稻浸 48小時，晚稻浸 24 小時；春播前處理室外堆放的有病稻草；健身栽培提高水稻抗（耐）病能力；1:3:300 波爾多液（不能防穗瘟）或 0.3 度石硫合劑或 2%茶枯餅浸出液兌水 50 公斤噴霧或枯草芽孢桿菌。
2、紋枯病
防治適期：分櫱末期病叢發率 5%，孕穗期病叢發率10%。
防治措施：春耕漚田，夏耕滅茬時，打撈浮於水面上的浮渣，深埋或燒毀，減少菌源；加強田間管理，適當密植，淺水勤灌，適時曬田，降低田間溼度；防治藥劑井岡黴素、申嗪黴素等。
3、稻曲病
防治適期：水稻破口前 3-5天。
防治措施：選用抗（耐）病品種；種子消毒（同稻瘟病）；燒毀散落於曬場上的病粒；稻田深耕翻埋病菌於土層深處；防治藥劑井岡黴素、申嗪黴素等。
4、螟蟲
防治適期：成蟲高峰至卵盛孵期。
防治措施：及時拾毀冬種田外露禾蔸；各代螟蟲蛹盛期灌深水滅蛹；簡化栽培制度，避免單、雙季稻混栽，切斷橋梁田；調整栽插期，使水稻易受害生育期（孕穗期-抽穗期）與蟻螟盛卵期錯開，減輕螟害；及時春耕漚田和夏耕滅茬消滅越冬代和二代螟蟲；每畝設置性誘捕器 1 個誘殺螟蛾，每 30-50 畝設置 1 盞殺蟲燈誘殺螟蛾；保護天敵；防治採用草石灰粉殺蟲，菸草 2.5-5.0 公斤加石灰粉（草木灰粉）10-15 公斤撒施於稻田；防治藥劑可選用蘇雲金桿菌、綠僵菌等。
5、稻縱卷葉螟
防治適期：成蟲高峰至卵盛孵期。
防治措施：及時夏耕滅茬，消滅部分 2 代螟蛹於羽化之前，減少下代發生基數；採用殺蟲燈誘殺成蟲，保護天敵；防治藥劑可選用天然除蟲菊、印楝素、苦參鹼、魚藤酮和蘇雲金桿菌。
6、稻飛蝨
防治適期：分櫱期百叢 500隻、孕穗期百叢1000 只。
防治措施：選用抗（耐）蟲品種；健身栽培，推廣溼潤灌溉、適時曬田，降低田間溼度；保護天敵和養鴨治蟲；採用殺蟲燈等誘殺長翅型成蟲；植物油滅蟲可選用烏桕油、樟樹子油、桐油、茶油等植物油，每畝用 0.25-0.5 公斤，于晴天下午 1-3 時滴於稻田，然後用竹竿將蟲掃落於水中，或拌粗沙 100 公斤撒施於稻田。
7、稻粒黑粉病
防治適期：浸種期。
防治措施：1%鹽水或黃泥水選種；種子消毒（同稻瘟病）；禽畜糞肥充分腐熟後施用；帶菌稻穀用作飼料，應做到蒸煮後餵飼，防止病菌經禽畜糞便傳播。
8、白葉枯病、細菌性條斑病
防治適期：發病初期
防治措施：選用抗（耐）病品種；種子消毒，1%石灰水浸種 48 小時（早稻）或 24 小時（晚稻）；稻田不應串灌、漫灌、長期灌深水，防止病菌傳播；草木灰粉和石灰粉按 1:1 比例混合，每畝用 15公斤於露水未乾時撒施於稻葉上。
注意事項：種植有機水稻，防控病蟲害用藥要求嚴格使用生物源性農藥，且各類藥劑在水稻生長期內只允許使用一次，不得使用化學農藥。