坎坷求學
1932年，吳家駿出生在北京一個普通的鐵路工人家庭，兄弟姐妹共9人，家境貧寒。1944年，為生活所迫，12歲的吳家駿小學剛畢業，就輟學到北京西直門火車站做童工。1947年，國民黨政府按照當時的《童工法》裁減童工，吳家駿得以再次回到學校。為節省學費和追回做童工流失的時間，吳家駿直接跳學到初中第四學期。
吳家駿愛好文藝，中學期間就編劇本、演話劇。1950年離開中學後，吳家駿還報考了北京人藝，只因當年北京人藝只開歌劇和舞蹈班，不招話劇演員，吳家駿才選擇了報考財政部辦的中央稅務學校——他選擇稅務學校的另一個原因是，這裡管吃、管穿、管住，還發助學金，能減輕家裡的負擔。放棄文藝表演，走上經濟管理研究的道路，「也遺憾，也不遺憾」，吳家駿說：「年輕人可塑性強，追求進步的熱情高，入學後幾場專業思想教育下來，就很快安下心來，學什麼都能學得進去。人生的道路也許就是一個在有限選擇中發揮無限主觀能動性的過程，既然走上了這條路，就要努力把它走好。」
1956年，國家號召向科學進軍，已經從稅務學校畢業，在輕工業部製鹽工業局做了5年計劃工作、親身參加了我國第一個五年計劃和十五年發展願景規劃制定的吳家駿，抱著對國家美好發展前景和對經濟工作的濃厚興趣，在愛人的支持下決定報考中國人民大學工經系——雖然這時他已經是兩個孩子的父親了。
吳家駿如願考入中國人民大學，1960年，吳家駿畢業留校任教。他說：「28歲才算正式走上經濟研究道路，我的起步很晚。」
因為中學是跳班上學，吳家駿認為自己的文化課基礎沒打好，尤其是英語搞成了「夾生飯」，改革開放後要用時卻拿不起來。學怕了英語，吳家駿選擇學日語——調入經濟研究所後，孫冶方所長看到吳家駿這一批青年在大學期間趕上了「大躍進」、「反右傾」等政治運動，專業知識和外語水平都較弱，於是決定給時間、給經費讓他們打基本功：一是學資本論，二是學外語——不過，剛學了兩個月，就趕上了「四清」運動，吳家駿的日語又學成了「夾生飯」。
1990年吳家駿去日本亞洲經濟研究所，在那裡要住將近一年的時間，「啞巴日語」怎麼行？那時吳家駿已經58歲，他託人按特例進入了一個專為18歲青少年出國前強化口語的培訓班，「剛學了兩個月，籤證下來了，又是個『半拉子』」。在日本亞洲經濟研究所完成研究任務後，吳家駿用中文寫了5萬多字的論文，照例要在研究所學術會議上宣讀論文要點，他委託別人，用漢字將自己的論文提要用日語讀音標出來，硬著頭皮用日語去講，「講了半小時，滿頭大汗，估計別人也沒聽懂我在說什麼，但會場鴉雀無聲，他們用鼓勵、友善的目光看著我，講完後還報以熱烈的掌聲，我是又興奮、又慚愧。」
追隨大師
吳家駿在從事經濟研究工作的起步階段遇到了兩位經濟學大師，一位是馬洪、一位是孫冶方。兩位大師深入實際、調查研究的工作作風，敢於發表有突破性觀點的理論勇氣，對他的學術研究產生了極為重要的影響。
1960年，吳家駿剛從中國人民大學畢業就被借調到中國科學院經濟研究所，直接接觸並對他影響深遠的人是馬洪。「馬洪思想敏銳，對實際了解透徹，理論概括能力強，每一個歷史轉折時期、每遇到一個重大事件，他都注重從調查研究入手。」吳家駿說。為了起草「工業七十條」，馬洪在北京組織了十家企業進行調研，併到北京第一工具機廠蹲點半年，吳家駿被派到京西煤礦蹲點。他回憶說，在調查中聽到工人反映勞動強度大、時間長，得不到充分的休息，而企業領導卻說他們非常注意貫徹8小時工作制，不允許加班加點。面對完全相反的說法，到底如何判斷，他們按照馬洪的指示，通過與礦工同吃、同住、同勞動，精確地查定工人從早到晚的勞動時間和休息時間。當時的礦工多為附近的農民，住職工宿舍的外地礦工很少，他們對工人上下班走路或騎車的時間、排隊買飯和用餐的時間、排隊領礦燈和還礦燈的時間、上下井排隊等罐籠的時間、到了井下走巷道的時間，甚至上井後排隊洗澡的時間等都作了精確的記錄。最終發現，工人們下班後的空閒時間的確很少，睡眠不足，很難保證恢復體力。這樣深入細緻的調查，為企業改進管理、縮短輔助時間、減輕工人勞動強度提供了充分的依據。
通過這次系統的調研，不僅使吳家駿領悟到了馬洪治學精神的核心——深入實際、調查研究，而且也使他學到了調查研究的本領，樹立了深入實際、調查研究的學風。
1962年，吳家駿正式調入經濟研究所，又直接接觸了孫冶方。孫冶方特別注重理論聯繫實際，他領導下的經濟研究所不但在馬克思主義經濟學理論研究上有很多建樹，對實際經濟建設工作也起到了很重要的作用。在他的領導下，深入實際、調查研究成為經濟研究所的一大特色。吳家駿在經濟研究所工作期間，跟隨孫冶方到大慶油田、長春汽車廠、富拉爾基重機廠、吉林化工廠、豐滿水電站以及大興安嶺林區等很多企業調查研究，這些調查研究的體驗，使吳家駿受用一生。孫冶方雖然是研究理論經濟學的，但對經濟管理和企業管理的實踐活動也非常重視。孫冶方在那個時期提出過很多震動很大的突破性觀點，例如，經濟工作要「牽牛鼻子（指抓利潤指標）」，不要「抬牛腿」；企業固定資產管理制度是「複製古董（指設備大修理基金的使用，只準照原樣恢復，不允許結合大修對設備進行改造）」，妨礙技術進步等高論，都不是靠「拍腦袋」想出來的，而是調查研究產生的真知灼見。跟隨孫冶方工作的時間雖然只有兩年多（其後孫冶方便遭批判），卻對吳家駿一生的研究風格產生了決定性的影響，使他深深地感悟到：深入實際、調查研究，是經濟學研究的必由之路。
參與主編《現代中日經濟事典》
1972年，中日邦交正常化。1978年《中日友好和平條約》生效，鄧小平訪問日本圓滿成功，日本掀起一股「中國熱」，兩國間經濟學術交流更是達到前所未有的水平。在學術交流中，中日雙方共同感到存在一個很大的困難，就是由於兩國的經濟制度、經濟理論體系完全不同，相互很難準確理解對方的經濟概念和經濟事件，經常出現誤解和誤會。在兩國經濟界交流中，同樣的問題和一些最基本的概念、情況，往往需要反覆介紹，效率很低。中日雙方都需要一本「入門書」來方便溝通。
在這樣的背景下，由中國社會科學院院長馬洪和日本國土廳顧問、綜合研究開發機構理事長下河邊淳共同主持的《現代中日經濟事典》開始編撰。事典分兩冊，一冊是面向日本讀者的《現代中國經濟事典》，由中方撰寫、日方翻譯，用日文出版；另一冊是面向中國讀者的《現代日本經濟事典》，由日方撰寫、中方翻譯，用中文出版。《現代中國經濟事典》的編輯委員會中，主編是馬洪，副主編就是吳家駿。
《現代中國經濟事典》闡述新中國成立後，中國經濟發展和經濟工作的基本情況，並按照經濟活動的內在聯繫分章節、條目，其涉及面包括了整個國民經濟的發展狀況，介紹了農業、工業、商業、建築業、交通運輸業等主要經濟部門的基本情況，闡述了國家有關計劃、財政、金融、物價、勞動工資、基本建設、對外經濟合作等政策和基本程序。總之，讀者通過閱讀《現代中國經濟事典》，可以比較系統地理解中國經濟發展的概況，也可以說，這是一本理解中國經濟情況的「入門書」。吳家駿說：「《現代中日經濟事典》對促進中日經濟學術交流的作用是十分明顯的。時至今日我仍然認為，要想全面系統地了解日本經濟、全面系統地了解我國計劃經濟體系下經濟運行的機制和改革初期機制轉換的情況，它仍然不失為一部很好的參考書。」
以《現代中日經濟事典》的出版為契機，中國社科院工業經濟研究所和日本綜合研究所議定，聯合舉辦定期的「中日經濟學術討論會」，在中日兩國輪流進行，從1983年開始到2001年1月，共舉辦了7次討論會，討論會圍繞中國經濟改革與發展中的重要問題進行研討，提出了很多重要的理論觀點和政策建議，取得了令人矚目的學術成果。作為中方會議組織工作的主要負責人，吳家駿為這一交流活動作出了主要貢獻。
工業經濟與企業管理研究
吳家駿的研究領域一直很集中，他用半個多世紀的時間，致力於工業經濟和企業管理理論與實際問題研究。20世紀60年代初，在起草「工業七十條」企業調查的基礎上，馬洪主編了《中國社會主義國營工業企業管理》一書，吳家駿撰寫了部分章節並參加了全書的統改和定稿。「文革」結束後，吳家駿深入研究中國企業管理落後的原因，發表了一系列文章，提出改變企業管理落後面貌的對策。黨的十一屆三中全會前，中央醞釀改革開放大計，胡喬木提出一個「用經濟辦法管理經濟」的課題，馬洪領回一些研究任務，其中一項就是企業管理與企業改革。馬洪帶著吳家駿到北京東郊紅星養雞場作調查，總結該場解決人浮於事、改變企業「小而全」的經驗，寫出了《紅星養雞場調查》一文，用實際案例論證了只有用經濟辦法才能解決企業存在的種種問題，通過工業經濟研究所的內部刊物《經濟管理通訊》上報。
1978年9月9日，吳家駿和馬洪一起用「馬中駿」的筆名在光明日報發表了「充分發揮企業的主動性」一文，強調「解決經濟管理體制問題，應當把充分發揮企業的主動性作為基本的出發點」、「要承認企業在客觀上所具有的獨立性，賦予企業一定的自主權」。這是一篇較早觸及企業性質、地位和自主權的文章，對推進企業改革產生了一定的影響。
黨的十一屆三中全會前夕，吳家駿參加高層訪日團考察日本企業，向中央反映了大量第一手材料，對改革開放有重要的參考價值，他和鄧力群、馬洪、孫尚清合著的《訪日歸來的思索》一書被譽為「改革開放初期工業領域和科學管理領域的開山之作」。
1980年，吳家駿在《紅旗》雜誌等刊物發表了《探索我國企業管理現代化的道路》、《論管理科學的發展和現代管理的特點》等文章，強調「實現管理現代化，必須從中國的實際出發，走我們自己的道路」。
吳家駿對中國企業問題的研究比較具體和深入，有許多獨到的見解，取得了豐碩的成果。主要包括：
（1）研究借鑑日本企業的組織結構和動力機制，探索中國國有企業改革的路徑。1990年—1991年，在考察日本股份制企業和證券市場的基礎上，完成了《中日企業比較研究——日本企業的組織結構、動力機制與中國的企業改革》的研究報告，並通過一系列文章，對中國國有企業改革提出了總體構想。馬洪在《吳家駿文集》的序言中說，這些文章「比較早地提出了在國有企業公司化改造過程中，通過企業法人相互持股實現股權多元化、分散化的主張……」。
（2）研究現代企業制度，強調「有限責任是現代企業制度的本質特徵」，主張「深化企業改革要在有限責任上下功夫」。1993年底中央提出建立現代企業制度的任務後，針對學術界流行的一種把現代企業制度簡單等同於公司法人制度的觀點，吳家駿撰寫了一系列文章指出這種觀點是不確切的。他認為，「有限責任是兩權分離的根本前提，是現代企業一系列制度特徵的總根子」。這些論述在當時產生了比較廣泛的影響。
（3）研究如何增強企業活力，提出「企業活力的源泉主要不在所有制形式而在合理的利益結構」的觀點。針對20世紀90年代中後期國有企業活力不足的問題，吳家駿提出「在研究和探索企業活力源泉問題時，不宜把企業所有制問題的地位和作用看得過重、過高」。通過對各國現代企業實態的分析，他認為研究企業活力的源泉，最重要的是利益結構而不是所有制。提出「需要對所有制的認識進一步解放思想，要從利益關係上尋找企業活力的動因，要把側重點從所有制問題轉移到利益關係調整上來」。
（4）研究和運用企業形態理論，分析闡明國有企業民營化同私有化的異同。針對民營化和私有化的關係以及股份制企業「姓資」還是「姓社」問題的爭論，提出民營化不等於私有化。他認為民營化是經營形態範疇的問題，股份制是法律形態範疇的問題，而私有化是經濟形態範疇的問題，三者並不是一回事。從國際經驗來看，國有企業民營化的形式也是多種多樣的，有的可以伴隨所有權的改變，但在多數情況下和所有制的變化無關；股份制可以是私有的、可以是混合所有的，也可以是公有的。把民營化和私有化等同的觀點是把經營形態與經濟形態混淆了；說股份制「姓資」還是「姓社」，是把法律形態與經濟形態混淆了。這些觀點對於解決當時困擾我們的關於民營化和私有化的關係問題，有很大的參考價值。
（5）研究公司治理的國際經驗，提出建立符合中國國情的公司治理結構的思路。他認為在公司治理結構研究中有三種值得注意的傾向：脫離開企業產權制度空談治理結構的傾向；脫離開合理的利益結構孤立地強調維護所有者利益的傾向；籠統地反對內部人控制忽視「敗家子」控制的傾向。
從無到有、從有到無：中國工業經濟學的發展
吳家駿一直致力於工業經濟和企業管理理論與實際問題研究，對新中國「工業經濟學」經歷了從無到有、又從有到無的過程，感觸頗深。「改革開放後，作為二級學科存在了幾十年的工業經濟學卻在學科分類目錄中被一筆勾銷，致使高等教育中的工業經濟專業不再有立身之地，隨之銷聲匿跡，其現象值得經濟學界深思。」吳家駿說。
新中國成立之前，工業水平落後，也沒有工業經濟學，新中國成立之後，在前蘇聯的幫助下，中國開始有了現代工業，相應地也從前蘇聯引進了工業經濟學，而這個學術基地，就在中國人民大學——按照前蘇聯模式設立了工業經濟學專業，隨後，全國財經院校也紛紛設立了工業經濟學專業，主要教授的內容是工業經濟和企業管理。在引進工業經濟學的同時，中國人民大學首任校長吳玉章一直強調，要將前蘇聯的教科書「中國化」，但因為「文革」的影響，一直沒有實質性進展。「文革」之後恢復高考，工業經濟學專業也開始招生，如何儘快編出專業教材成為當務之急。
1978年6月，在陝西財經學院劉廉生等人的倡議下，編寫工業經濟學教材的活動得到時任中國社科院工業經濟研究所所長馬洪的支持。1978年10月工業經濟學教材編寫會議在北京召開，劉廉生、王祥春、黃德鴻、李永祿、劉敏世、董守才等人參加了會議，作為社科院工經所的代表之一，吳家駿也參加了策劃。與會者希望中國社科院工經所牽頭組織教材編撰的攻關，馬洪欣然應諾，並提出教材編寫的兩個要點：一是企業是工業的基本單位，研究工業經濟必須從企業入手。二是針對當時經濟工作混亂的局面，強調研究工業經濟必須同改善和加強管理結合起來。因此，工業經濟教材也更名為《中國工業經濟管理》。1979年6月，《中國工業經濟管理》初稿討論會在上海舉行，並組成了以社科院工經所陸斐文、曾延偉、吳家駿和上海財經學院顧理為主的編委會。1979年11月《中國工業經濟管理》作為工業經濟學的試用教材在上海出版。1985年，修訂後的《中國工業經濟管理》經教育部審定成為「全國高等院校文科教材」，並於1991年獲得「光明杯」榮譽獎。
改革開放後，西方經濟學逐漸成為顯學，但西方經濟學中並沒有工業經濟學之說，取而代之的是產業經濟學。到1997年產業經濟學被確定為應用經濟學的二級學科之後，各高等院校為解決教材需求，紛紛開展產業經濟學學科建設，編寫產業經濟學教材，各類公開發行的教材發展到幾十本，雖然體系各不相同，但基本上還是沿著東西方的寬窄兩派的思路展開。窄派認為，產業經濟學就是產業組織學，而理論、方法都已成熟；而寬派則認為，產業經濟學不只是產業組織學，它是研究產業組織、產業結構以及產業政策等的新興學科。
隨著產業經濟學研究的興盛，工業經濟學卻逐漸式微。2005年中國社科院工經所所長金碚在《新編工業經濟學》一書中感慨：「當中國進入工業化的加速增長時期，工業經濟正展示其極大地改變著整個社會和國家面貌的巨大能量，發展工業成為幾乎所有地區的發展戰略重點的時候，而且就在探索如何走新興工業化道路正在成為21世紀我國經濟社會發展最重大課題的時候，工業經濟學卻表現式微，面對紅紅火火的工業經濟發展的現實世界，工業經濟學卻似乎給人以退避三舍的印象。這是我國經濟學界的一個遺憾。」
吳家駿認為造成這一情況的原因，並不是工業經濟學者固守原來的觀念跟不上改革開放的步伐，也不是工業經濟學無法與時俱進地適應市場化改革的需要，而是教育部頒布的《學位授予和人才培養學科目錄》引導的結果。1997年教育部頒布新的學科分類目錄，在二級學科中取消了幾十年來我國一直沿用的「工業經濟學」、「商業經濟學」、「農業經濟學」等學科，新設了「產業經濟學」。很快各高等院校就按照這個分類目錄的指引，取消了工業經濟系和專業，不再招收本科生、研究生，授予學位的學科也都改成「產業經濟學」。
「一門學科是否能夠成立首先取決於是否具有明確的研究對象，工業經濟學在學科分類目錄中被取消，並不等於工業經濟學的研究對象消失。而工業經濟學研究的對象，就是客觀地存在於現代工業發揮在過程中的經濟規律，並探討在不同具體條件下，自覺利用這些規律的途徑和方法。」吳家駿說：「中國教育的目的絕對不應是讓受高等教育者的注意力離開生產一線，特別是離開農業和工業的生產一線。現在中國工業發展正面臨著教育方向與經濟發展之間結構性偏離的矛盾。歷史的經驗很值得我們認真研究和借鑑。」