1900年，八國聯軍侵華，中國戰敗。《辛丑條約》規定，中國賠償白銀四億五千萬兩。1911年，清政府利用美國政府退還的部分「庚子賠款」，在英法聯軍洗劫過的清華園和近春園遺址上創辦清華留美預備學校，國內通稱清華學堂，是為清華大學前身。
清華學堂最初專門為培養赴美留學生而設。創辦十多年間，據統計，由清華派出的留美學生就達一千多人。1928年，清華學堂改名為清華大學，開始公開招考「庚款」留美學生。
美國的退款，產生了很大的國際影響。「一戰」後，中國涉足戰勝國地位，各國仿照美國，陸續放棄或退回了「庚子賠款」餘額。退款被廣泛地應用到中國的教育文化事業和實業中。只有日本分文不退，用這筆錢財發展軍備，建立教育，迅速成為20世紀的強盛帝國。
1933年，日本加緊侵華，在這年的清華大學建校22周年紀念日之際，女教授陳衡哲發表演說，她告誡清華學子：「清華大學的存在，乃是三十三年前的一個大國恥的紀念與象徵。 記得我在美國讀書的時候， 有人問起我是不是『賠款』學生時， 我總感到一種說不出的慚愧與羞憤。這個感覺，在我心中，至今還不曾消滅。」
陳說她之所以慚愧與羞憤，是因為如果說鴉片戰爭還算是一種光榮的打敗，那麼庚子年的戰敗則是一個羞辱的失敗。「要是能象六十年前法國人民那樣踴躍捐輸，把賠給敵國的款子一口氣還清了，也還象個樣子。而我們卻又是那樣的窮，窮到要人家可憐我們，把賠款退還我們——窮到要拿這個紀念國恥的金錢，來辦最高的教育，來送青年學生出洋讀書。……這是何等難受的一個境地！」
陳衡哲最後說，如今「我們又遇著第二個國難與國恥了」，清華學生是「一群受過那三十三年前的國恥的恩惠的人」，「我們自身既是一個大國恥的象徵，我們便應該加倍的努力，以期能把這兩個新舊的國恥掃除廓清。」
陳衡哲28歲時成為北京大學歷史上的第一位女教授，同時也是中國第一位女教授。
清華大學由美國「庚子賠款」創立，山西大學由英國「庚子賠款」創立。在山西傳教的英國耶穌教浸禮會傳教士李提摩太向英方提出，從庚子賠款中拿出50萬兩返還山西，用於建立一所西式大學。今天的山西大學還有李提摩太雕像。
梅汝璈清華畢業後留學美國，歸國後到山西大學任教。梅常以清華人「恥不如人」的精神勉勵學生：「清華大學和山西大學的建立都與外國人利用中國的『庚子賠款』有關，其用意是培養崇外的人。因此，我們必須『明恥』，恥中國的科技文化不如西方國家，恥我們的大學現在還不如西方的大學，我們要奮發圖強以雪恥。」
梅汝璈是中國法律史上的一位傳奇人物，作為四億五千萬中國人民的代表，「二戰」後他全程參與了遠東國際軍事法庭對日本戰犯的審判。