4月24日消息，由於新冠病毒疫情的影響，日本足協宣布本年度天皇杯比賽改制，J聯賽將僅有兩支球隊參賽。
2020年是第100屆天皇杯比賽，然而由於受到疫情影響，原定的88支參賽隊被縮減為50支，其中包括各都道府縣的47支球隊和業餘種子球隊本田FC，以及J1聯賽排名前兩名的球隊。
根據賽程安排，9月16日進行第一輪比賽（都道府縣32支球隊參加）；9月23日進行第二輪比賽（首輪勝出的16支球隊、剩餘的15支都道府縣球隊和本田FC參加）；10月28日進行第三輪比賽；12月12、13日進行第四輪比賽；12月19、20日進行1/4決賽；12月27日進行半決賽（J1聯賽前兩名球隊參加）；1月1日進行決賽。
其中J1聯賽的前兩名將直接參加半決賽，半決賽按照計劃將在12月27日進行，不管屆時聯賽是否結束，排名前兩名的球隊都將獲得天皇杯半決賽參賽權。
決賽還將在2021年1月1日進行，如果J聯賽球隊奪冠，將獲得新賽季亞冠資格，如果奪冠的不是J聯賽球隊，由於不具備參加亞冠的資格，亞冠席位將按照聯賽排名轉給J聯賽球隊。