4月23日，日本足協宣布本年度天皇杯比賽改制，J1聯賽聯賽排名前兩名的球隊參賽。
同時，J1聯賽在2月份打完第1輪比賽之後也被叫停，根據日本足球聯盟官方的最新消息，所有職業聯賽將繼續延期，J1聯賽暫定於5月9日重啟。
2020年是第100屆天皇杯比賽，本來應該是個值得慶賀的年份，但受新冠疫情影響，不得不進行改制——原定的88支參賽隊被縮減為50支！包括各都道府縣的47支球隊、業餘種子球隊本田FC和J1聯賽排名前兩名的球隊。
根據賽程安排，9月16日進行第一輪比賽（都道府縣32支球隊參加）；9月23日進行第二輪比賽（首輪勝出的16支球隊、剩餘的15支都道府縣球隊和本田FC參加）；10月28日進行第三輪比賽；12月12-13日進行第四輪比賽；12月19、20日進行1/4決賽；12月27日進行半決賽（J1聯賽前兩名球隊參加）；1月1日進行決賽。
J1聯賽的前兩名的球隊擁有「優先權」，將直接參加半決賽的比賽，不過屆時聯賽是否結束還是未知。如果J1聯賽球隊奪冠，將獲得下賽季亞冠資格；如果奪冠的不是J1聯賽球隊，由於不具備參加亞冠的資格，亞冠席位將按照聯賽排名轉給J1聯賽球隊。
天皇杯於1921年創辦，和J1聯賽和J聯賽YBC魯邦杯（即日本聯賽杯）並稱日本國內三大錦標，和英國的足總杯、中國的足協杯類似。歷史上，慶應義塾大學以9次奪冠「穩居第一」，浦和紅鑽、橫濱水手和關西學院大學均獲得7次冠軍。
2019年第99屆天皇杯，J1聯賽排名第3的鹿島鹿角和排名第8神戶勝利船會師決賽。最終，擁有伊涅斯塔、波多爾斯基和比利亞三大「強員」的神戶勝利船2-0戰勝對手，隊史首次奪得天皇杯冠軍，同時拿到亞冠正賽資格，和廣州恆大、水原三星和柔佛DT同處G組。