1948年12月，中國人民解放軍開進南海子，解放了南苑鎮和整個海子裡地區。此時南海子隸屬大興縣第六區。北平市軍事管制委員會在這裡設立了東南分會，對南苑地區實行了軍事管制，並在南苑鎮範圍建立南苑市。從此以後的十年間，該地區的名稱和管轄範圍隨著北京市區域調整，曾進行過頻繁的變更。
1949年1月，經華北人民政府批准，將河北省大興縣所轄的第六區（海子裡區）和南苑市劃歸北平市管轄，不久建立了南苑區人民政府，並恢復南苑鎮取代了南苑市。
1949年4月，北平市人民政府把全市臨時劃分為32個行政區（城區12個、郊區20個）。當時的北平市南苑區改稱為北平市第23區。據檔案記載，當時全區所轄1鎮，216個自然村，8655戶，35263人，建立起29個行政村人民政權。其中有團河、南同順、南小街、西毓順、南宮、瀛海、四海、四合、瑞合、太和、石太、西五號、大糧臺、常莊子、廣德莊、鹿圈、舊宮、集賢、廡殿、南紅門、怡樂莊、志遠莊、南場、天恩莊、五裡店、槐房、新宮、龍河、鎮國寺。
1949年6月，北京市統一調整區劃，把32個行政區調整為26個，將永定門外關廂地區的第15區與23區合併，改稱為北平市第14區。
1949年10月，北京市人民政府決定（1949年9月27日，北平市改稱北京市）將西紅門鎮劃歸第14區。這樣，第14區有了南苑和西紅門兩個鎮。
1950年5月，經中央人民政府批准，北京市將城內原有的12個區合併成9個區，並決定將郊區名稱做相應的變更。因此，北京市第14區又被更名為北京市第11區，其所轄範圍不變。
1950年12月，北京市第11區調整行政村建制，撤銷太和、西毓順、南宮、大糧臺、天恩莊、五裡店6個行政村建制，與附近的行政村合併。這樣，全區有兩鎮（南苑、西紅門）一廂（關廂）49個行政村：團河、南同順、南小街、瀛海、四海、四合、瑞合、石太、西五號、常莊子、廣德莊、鹿圈、舊宮、集賢、廡殿、南紅門、怡樂莊、志遠莊、南場和槐房、新宮、龍河、鎮國寺、右安門、馬家堡、果園、時村、馬村以及石榴莊、葦子坑、東鐵匠營、成壽寺、分鐘寺、小紅門、十裡河、西燕窩、老君堂、十八裡店、西直河、張家店、南陽莊、楊家園、蒲黃榆、肖家村、左安門、龍爪樹、呂家營、牌坊、馬道。
1951年2月，北京市政府決定將關廂地區劃歸第9區（崇文區）管轄。
1952年7月，北京市人民政府決定，各行政區均以駐地地名命名。這樣，北京市第11區改稱為北京市南苑區。同時期，北京市委派出建立「農莊」工作組，到南海子中部地區的中立堂、錢莊子、姜家場、三槐堂四個自然村，協助當地農民建起了「紅星集體農莊」，為北京市郊區農村創辦高級農業合作社樹立了樣板。
1953年6月，根據北京市委、市政府的指示，對南苑區的行政區域進行了一些調整，將龍河、葦子坑、四合莊、南場、馬道五個行政村撤銷，與附近的行政鄉合併。這樣，南苑區共有兩鎮（南苑鎮、西紅門鎮）1莊（紅星集體農莊）46個鄉。
1954年5月，根據北京市人民政府指示，南苑鎮和東鐵匠營鄉改建為南苑和東鐵匠營兩個街道辦事處，西紅門鎮改建為西紅門鄉。
1955年9月，根據北京市人民政府指示，將怡樂莊鄉與瀛海鄉合併，組建成立紅星鄉。這時，南苑區轄有兩個街道辦事處（南苑、東鐵匠營）和44個行政鄉。
1956年3月，根據北京市人民政府指示，對南苑區又進行了較大的行政區調整，除兩個街道辦事處不變外，將原有44個鄉合併調整為12個行政鄉。分別是；老君堂鄉、十八裡店鄉、龍爪樹鄉、小紅門鄉、馬家堡鄉、槐房鄉、大紅門鄉、鹿圈鄉、舊宮鄉、紅星鄉、金星鄉和西紅門鄉。
1957年11月，經國務院批准，將1956年因國防需要而從河北省昌平縣大水峪、小水峪、跳稍、水澗、鰲魚、山鋪、水峪臺和五峪等8個村搬遷至時為河北省大興縣的新建鄉，劃歸北京市南苑區，併入紅星鄉。
1958年1月，根據北京市人民政府指示，南苑區人民政府決定撤銷龍爪樹鄉和馬家堡鄉，並成立右安門和大紅門兩個街道辦事處。至此，南苑區下轄9個鄉4個辦事處。
1958年3月，國務院決定，將原屬河北省的大興縣、通縣等5個縣一併劃歸北京市管轄。同年5月，經國務院批准，撤銷南苑區建制。將原南苑區下轄的9個鄉4個辦事處分別劃歸豐臺區、朝陽區和大興縣。其中南苑、大紅門、東鐵匠營、右安門4個辦事處和槐房鄉劃歸豐臺區；十八裡店、小紅門和老君堂3個鄉劃歸朝陽區；紅星、金星、舊宮、鹿圈、西紅門5個鄉劃歸大興縣。至此，南海子裡的南苑鎮及大紅門地區劃歸了豐臺區；小紅門地區劃歸了朝陽區；另外，東紅門外海戶屯雖歸屬通縣馬駒橋地區，但有少量海戶地在海子裡，除此以外，絕大部分均劃歸了大興縣。而佔南海子面積相當大比例的南苑機場和首都機械廠（211廠）及所在的東高地地區被劃在豐臺區域內。
南苑機場始建於清末，是中國第一個飛機場。首都機械廠的前身當時是清政府為南苑機場建的飛機修理廠。1913年北洋政府在此興辦航空學校，成為中國空軍的搖籃。1922年，又曾做過時任陸軍檢閱使的馮玉祥將軍的官署。新中國成立之初，成為首都機械廠（即211廠）。1958年3月，中央決定航天一分院及試製工廠在首都機械廠及東部地區興建。從此，這裡成為了令國人自豪的中國彈道飛彈和運載火箭研製基地。
新中國成立前後，幾乎與南海子地區行政變革同時期，一支由華北人民政府委派的負責接管平南地區敵偽農場及軍用土地籌建國營農場的工作隊也於1949年1月駐進了南海子。工作地點即設在舊宮鄉廡店村一農民家裡。
1949年3月，首先接管了原國民黨河北省建設廳直轄的「河北省南苑農場」。因其地處在南苑鎮以北六合莊，故又稱其「六合莊農場」。由於1947年後又曾被北平私立法勤、九三、大同三所中學共同承租經營過，因此又曾被改稱「三校聯合試驗農場」，共有土地2060畝。隨後又接管了地處舊宮村西北（後被稱四分場地區）的原國民黨軍彈藥庫用地約5000畝。接管兩地後，即作為籌建新國營農場的基地。同年秋季正式成立新農場，因農場辦公地距南苑鎮、北大紅門和小紅門均為5華裡，因此被定名為「國營五裡店農場」。
華北人民政府根據北平城市今後的發展需要，決定在南海子範圍內已被沒收的官僚資本家和部分地主莊園的土地上，再繼續建立若干個國營農場。於1950年春，即先後組建成立了「德茂莊農場」、「天恩莊農場」、「和義莊農場」、「錢莊子農場」、「南同順農場」、「合作農場」和「黃村農場」七個小型國營農場。
1950年10月，五裡店農場改為中央農業部直屬國營農場，為了便於管理，於1951年春將所轄六合莊範圍的土地劃歸和義農場。
1952年初，為了實行「精兵簡政、增產節約」和加強對各農場的領導力度，京郊農場管理局決定對南海子內的部分農場實施合併。將錢莊子農場併入德茂農場；黃村農場併入南同順農場；合作農場解體，其土地歸併五裡店農場；天恩莊農場撤銷，其土地併入和義農場管理，成為該場下屬的作業站。至此，海子裡各農場經過合併、調整為：五裡店農場、和義農場、德茂農場和南同順農場四個國營農場。其中，德茂農場於1953年1月改稱為「南苑畜牧場」，成為以奶牛養殖業為主供應首都市民牛奶的國營農場。
1954年8月，五裡店農場改由北京市農林局管理。同年10月，北京市政府根據首都城市發展的需要，決定將五裡店農場、南苑畜牧場、和義農場實施合併，建立起一個較大規模的國營農場——南郊農場。1955年，經北京市政府決定，將原黃村農場劃撥給市公安五處改為團河農場。1958年3月，大興縣劃歸北京市管轄，南郊農場與海子裡的紅星、金星、舊宮、鹿圈、西紅門五鄉一同劃歸大興縣轄區內。同時，原屬通縣的南雙橋、鹼莊劃入大興縣鹿圈鄉。
早在1957年以前，南海子地區的五鄉五社：紅星集體農莊（紅星鄉）、晨光社（鹿圈鄉）、曙光社（西紅門鄉）、金星社（金星鄉）、舊宮社（舊宮鄉）就與國營南郊農場建立起了密不可分的協作關係。他們通過鹿圈鄉與南郊農場協作開挖東南郊灌渠（由朝陽區窯窩湖至常莊子）；和紅星鄉、舊宮鄉與南郊農場聯合興建涼鳳灌渠（引涼水河至鳳河）等大規模水利工程，從中深刻體驗到聯合起來的巨大力量。大家認識到，場社聯合可以更好地發揮各自的優勢，加快實現社會主義農業四化（即：機械化、電氣化、水利化、高產化）的步伐。
1958年6月，經過廣大社員群眾的充分醞釀，報上級各領導部門批准，海子裡的五鄉五社正式併入南郊農場。場社合併後，農場實行「國營帶集體、以場帶社」和「三統一」（即:統一生產規劃、統一基本建設、統一扣留比例）、「三不動」（即：生產管理系統不動、包產合同不動、集體財產不動）的原則，仍依照原生產秩序進行生產活動，仍按勞動工分計酬，年終以各生產單位的生產水平進行分配。
1958年8月，根據黨中央《關於在農村建立人民公社問題的決議》及大興縣委《關於小社並大社升為人民公社的意見》指示，當月底即在場社合併後南郊農場的基礎上，組建成立了紅星人民公社。這樣，農場辦公地的大門兩側，同時掛起兩塊牌子：《大興縣紅星人民公社》和《國營北京市南郊農場》。1960年8月，經中央外辦，農業部和北京市委批准，將紅星人民公社命名為「紅星中朝友好人民公社」。
紅星人民公社建立後，成為政社合一的全民所有制人民公社。全社實行統一領導、統一經營、統一分配，三級管理（公社、大隊、生產隊），分級核算，共負盈虧的原則。逐漸確定了「以糧為綱、農牧結合、多種經營、建成首都副食品基地」的經營方針。
公社成立初期，公社以下設10個大隊：即舊宮、瀛海、德茂、西紅門、金星、太和、鹿圈、天恩、和義、新建。到1959年3月又調整為6個大隊 ；即：舊宮（含和義）、瀛海（含德茂）、天恩（含鹿圈）、金星（含新建）、西紅門、太和。1961年底，又將天恩大隊分為鹿圈大隊和亦莊大隊。1962年9月，經北京市政府批准，海子外的孫村、桂村、李村、侯村、霍村、薄村、邢各莊、郭上坡、西磁10個村併入紅星人民公社，成為公社下屬第8個大隊——孫村大隊。後來，又將該地區的東磁、三間房、辛店、王立莊併入孫村大隊。1963年初，經北京市政府決定，原屬朝陽區十八裡店人民公社的大羊坊村（南、北兩個隊）；小羊坊村和康村劃歸紅星公社亦莊大隊管理。到1972年10月，紅星人民公社（南郊農場）又進行了較大的行政調整，將所屬的8個集體大隊改為8個農村分場（也稱管理區）和2個國營分場（畜牧分場和工業分廠場）。
1983年10月，經上級批准，正式取消紅星人民公社建制。其行政機構設紅星區公所，屬大興縣的派出機構。自此，這裡既稱南郊農場又稱紅星區。到1984年5月，南郊農場所屬的8個農村分場分別建立了鄉人民政府機構。
1992年，北京市政府決定，北京經濟技術開發區在南海子東部，隸屬於大興縣的亦莊鄉破土動工興建，因此又稱北京亦莊開發區。經過近三十年的開發建設，成為了令世人矚目的北京現代製造業的核心基地。其所開發用地面積，幾乎佔歷史南海子總面積的30%。昔日五代皇家狩獵場，今朝一座新城落人間。
1998年，隨著改革開放形勢的發展需要，根據北京市委、市政府的指示，對包括南郊農場在內的市屬16個國營農場進行了重大的場鄉體制改革，相融共存長達40年的國營帶集體、政企合一的特殊管理體制，正式結束了歷史使命。9月2日，大興縣委、縣政府召開會議，正式接收南郊農場所屬的西紅門鎮、舊宮鎮、亦莊鄉、金星鄉、瀛海鄉、鹿圈鄉、太和鄉和孫村鄉歸大興縣直接管轄。而隸屬首農集團的國營南郊農場成為了在大興縣轄區內的國營企業。
2003年3月，大興區實施合鄉並鎮，原南海子內的金星鄉併入西紅門鎮；孫村鄉併入黃村鎮；亦莊鄉與鹿圈鄉合併為亦莊鎮；瀛海鄉與太和鄉合併為瀛海鎮。加上舊宮鎮，大興區所轄南海子區域內形成西紅門、瀛海、亦莊和舊宮四鎮。而南海子西北隅的南苑、北大紅門地區及北部的小紅門地區仍按原行政規劃，分別屬豐臺區和朝陽區管轄。
作者：張友才