本鬼在前文《足利義昭真的可以阻止豐臣秀吉當上日本的徵夷大將軍嗎？》中提到，豐臣秀吉不當徵夷大將軍不是因為源氏，而是有深層次的政治考慮。那麼豐臣秀吉不當徵夷大將軍的原因到底是什麼呢？
首先要說明的是，豐臣秀吉不當徵夷大將軍的原因在靠譜的史料中沒有明確的記載，後人只能大概推測原因。本鬼在接下來也只是介紹自己推測出來的觀點，不意味著歷史上的豐臣秀吉就一定是這麼想的。
日本戰國時代是日本從領主封建向中央集權轉變的大變革時代。國人莊園、農民、商人、寺社等等社會勢力都被納入武士政權的統治體系。而鎌倉、室町兩個幕府實行的「公武並行」體制也不適應新時代了。
因此日本統一者必須要解決將天皇朝廷納入武士政權的問題。織田信長拒絕朝廷官位證明他已經開始考慮如何將天皇朝廷納入織田家統治，但由於「本能寺之變」，後人永遠無法得知織田信長的真實想法了。
繼承織田信長統一大業的豐臣秀吉同樣面臨將天皇朝廷納入武士政權的問題，而「本能寺之變」則表明將天皇朝廷納入武士政權不能過於激進，最好在現有的制度體系下進行，否則很容易引發守舊派的反彈。
於是豐臣秀吉想到的方法是以武家領袖的實力兼任公家（朝廷）的首座關白，從而將武士政權與天皇朝廷合而為一，建立一個由豐臣家統治的公武合體政權。而當徵夷大將軍的話就很難推行「公武合體」了。
本鬼認為試圖「公武合體」的豐臣政權才是豐臣秀吉不當徵夷大將軍的主要原因。但由於豐臣家的天下二代而亡，豐臣秀吉推行「公武合體」的嘗試也宣告失敗。