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南京明故宮是洪武、建文、永樂三朝50餘年的皇宮，一度雕梁畫棟，氣象萬千。
明故宮包含皇城與宮城兩重。內側宮城呈正方形，約950米長；外側皇城呈倒「凸」字形，南北長2.5公裡，東西寬2公裡。
公元1366年，身為吳國公的朱元璋就選定了這處「鍾阜龍蟠」的寶地建造新宮。洪武元年（1368）朱元璋正式即位後，改應天府為「南京」，並開始全面的都城與皇宮建設。宮殿建設幾次反覆，最終於洪武二十五年（1392）建成完整的明南京故宮。
《洪武京城圖志》載南京皇城圖。遵循禮制、強調軸線的南京明故宮也是後來明成祖遷都北京設計宮城的藍本
然而，現在的南京明故宮僅存柱礎、城門等部分遺構。今日南京市民的生活記憶中，「明故宮」更多的是2號地鐵線的一個站名。所以不斷有人討論同一個問題：明故宮究竟毀於誰手？
民國時期修建的中山東路將故宮遺址一分為二，明故宮現存的地面遺蹟集中於道路兩側。宮城遺蹟主要有午門至奉天門段遺址所在的午朝門公園、三大殿和後二宮建築遺址所在的明故宮公園、東華門和西華門遺址公園；皇城遺蹟有西安門遺址公園、玄津橋、外五龍橋等。而社稷壇、太廟殿基、三大殿基等部分遺蹟尚有可能埋藏地下。
流傳甚廣的一個看法是，「明故宮毀於太平天國」。90年代，明故宮遺址公園的簡介牌上也寫著，「清鹹豐三年至同治三年（1853-1864）宮殿建築毀於兵火」，對應的年代正是太平天國在南京建都到失敗的時間。
但這一說法並不嚴謹。康熙二十三年（1684）初次南巡江寧時，就曾感慨「道出故宮，荊榛滿目，昔者鳳闕之巍峨，今則頹垣斷壁矣」。可見，早於太平天國 180多年，明故宮就已經一副殘垣斷壁的樣子了。
幾十年後，乾隆南巡至江寧，途徑殘破的明故宮，還作詩評論過一番：「六朝崇構早摧殘，基剩明宮菸草寒。木鳳已聞翔北闕，石鯨無恙枕春瀾。」引用明成祖朱棣拆南京宮殿巨材北上、用以建筑北京故宮的傳聞，把毀壞明故宮的責任都推給了前朝。
但乾隆的說法同樣不靠譜，朱棣北遷時，並未拆走宮殿木材，畢竟如此明目張胆的拆除父輩宮殿的行為是為宗法不容的。
明朝遷都150多年後，萬曆年間成書的《利瑪竇中國札記》中仍然感慨，「我還沒有見過世界上哪個國家的皇宮像南京的明故宮這樣雄偉」。利瑪竇本人是北京故宮的常客，卻依舊堅定地認為南京故宮是當時世界上最大的皇宮，足見南京故宮在明朝前中期破壞有限。
事實上，南京明故宮的消亡，並非單次事件影響，而是經歷了明、清、民國乃至近現代的多次損毀。
最早的毀壞發生在明初。燕王朱棣為奪皇位發起的靖難之役（1399-1402）使得「都城陷，宮中火起」。這場大火中，奉先殿被燒毀。
明故宮宮城、皇城復原圖
隨後，成為明成祖的朱棣於永樂十九年（1421）決定遷都北京。伴隨著南京政治地位的下降，明故宮也逐漸敗落。
從明成祖至明末，南京明故宮未直接廢止，還有一些修葺和增建的記錄。然而，畢竟國力有限。明代中後期，南京故宮經歷過多次災難，風吹雨打，最終因為明朝國力的衰退和南京地位的不斷弱化，失去了維修與保護。
明正統十四年（1449），夏六月天降雷雨，「謹身諸殿災」，謹身、華蓋等殿被雷電擊中起火。
明成化二十一年（1485），五月，「南京大風拔太廟樹，摧大祀殿及皇城各門獸吻」。
明嘉靖元年（1522），「七月，暴風雨，江溢，郊社陵寢宮闕城垣皆壞」。
至李自成攻陷北京之後，崇禎的弟弟福王朱由崧逃至南京建立南明小朝廷時，奉天殿已經不存，太廟也已經焚毀，皇帝只能「即位於武英殿」「祭告於奉先殿」。朱由崧稱帝南京以後，還對宮殿進行了花費不小的修繕。可惜的是，正月宮殿才建成，五月清兵就殺到了大江北岸。
而清初對明故宮的毀壞是最徹底的。清軍進入南京，焚毀了大部分的明代宮殿建築。這一段清朝正史少有提及，多半是出於史諱。
隨後，順治帝改南京為八旗駐防城，在皇城內部修建將軍署、副都統署和兵房，明故宮的形制與格局便整體改變了。
清代乾隆初年江寧府城圖，右側為原明故宮
到了太平天國時期，又拆宮牆磚石、木構填充天王府工程，太平天國失敗後清軍再次焚燒了南京城，對明故宮的破壞就更徹底了。
民國初年，明故宮有部分宮牆殘存。後出於軍事上的考量，南京國民政府將明故宮西南部開闢為機場。1937年，侵華日軍佔領南京之後，為擴建飛機場還拆掉了西華門、毀壞社稷壇等遺蹟。隨後，明故宮機場幾經移交，1949年以後入駐了金城機械廠、民航局、空軍電臺等多家單位。
中央十字區域即明故宮機場
後來，在金城機械廠的基礎上，籌建了南京航空工業專科學校，也就是今日南京航空航天大學的前身。2002年，南航在教學樓施工過程中發現了諸多明代重要建築部件，考古發掘後證實，南航校園內的此處工地正是明故宮太廟主體建築遺址所在地。
參考資料：
國立中央大學出版組編，《金陵明故宮圖考》，國立中央大學出版組，1933.05。
潘谷西，陳薇，《歷史文化名城中的史跡保護：以南京明故宮遺址保護規劃為例》，2006。
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