明嘉靖四十一年（1562年）十月，倭寇乘戚繼光北上回浙江，聚集大股兵力，進攻邵武，殺死領兵抵抗的明軍指揮齊天祥，隨後轉掠羅源、連江等縣，遊擊倪祿率所部明軍與倭寇交戰，戰敗被殺。倭寇乘勝攻破玄鍾所城和寧德縣城，兵鋒直抵興化府，在攻城失利後，幾股倭寇合流，圍攻興化府城一月之久。
十一月，都督劉顯率兵救援興化。一開始，劉顯所部主力在江西剿匪，當時他所帶到福建的士兵不足七百人，而且久戰疲憊。倭寇新到，連戰連勝，兵力眾多，正是銳氣十足的時候。劉顯自知此時打不贏倭寇，於是在離興化府城三十裡的，隔江紮營，按兵不動。但是按兵不動，就成了逗留之罪，於是劉顯派遣五名士兵，攜帶文書和興化府守軍相約，準備率兵進城禦敵。不料這五名士兵在半路被倭寇截獲，被倭寇斬殺，從明軍屍體上搜到了劉顯的文書。
於是倭寇用其職銜和印章，假裝劉顯與守軍約在某日夜某時分，率兵潛入城中應援，要守軍切莫舉火作聲，以免讓倭寇發覺。然後倭寇選了五名奸細，假扮為劉顯部士兵，進入興化府城中。當時興化府守軍將領為參將畢高、參政翁時器，拿到書信之後相信了奸細所說。到了約定的夜晚，倭寇假冒劉顯部明軍入城，當時沒有一個人懷疑是倭寇假扮的。倭寇上城之後，突襲興化守軍，約六千倭寇越牆而入，城中大亂。畢高、翁時器，及衛掌印指揮徐將等，倉皇失措，從城牆上吊繩索縋下，棄城而逃，同知吳世亮領兵和倭寇巷戰，然而大勢已去，被倭寇殺死，興化府城淪陷。
倭寇攻陷興化府城後，屠城燒屋，慘不忍睹。朝廷聞報後十分震驚，當即任命譚綸為福建巡撫，統一指揮俞大猷、戚繼光兩部入閩作戰。在兩軍未到之時，十二月十日，劉顯領兵攻入興化府，與倭寇在教場激戰，因兵力不足，戰敗退出城外。嘉靖四十二（1563年）年正月，劉顯屯兵染店，指揮歐陽深率兵二千屯駐林口，巡按御史陳志亦領兵一千餘人來援。正月十二日，倭寇出城南攻歐陽深所部明軍營壘，明軍反擊，射死三十二人。二十二日，倭寇北攻劉顯部，劉顯詐敗設伏，左右夾擊，斬首九十級。倭寇見明軍戰力強悍，以為戚繼光兵至，彷徨無措，相顧而視說「戚虎何時來也」。二十七日，忐忑不安的倭寇棄城而逃，半夜出城，至黎明已經離城二十五裡。
劉顯當時屯兵寧海橋，待天明發現城中倭寇不見，遂即率兵追趕。倭寇在巷口以逸待勞，擊退劉顯，第二天逃至岐頭堡。岐頭堡是為防倭而修築的民防要塞，鄉民登城據守，因人員相差過於懸殊，而最近的一支明軍就是劉顯部，此時距離岐頭還有八十裡。岐頭堡守城鄉民，在頑強抵抗後終究不支，堡壘失守淪陷，倭寇在屠堡洩憤後佔據岐頭。二月二十七日，又有六百倭寇從同安登陸，直至岐頭堡，得到新一輪援軍的倭寇士氣大振，於二十九日進攻平海城。城中兵少援絕，倭寇破城而入，署印指揮葉煥然被殺，平海淪陷。三月十八日，劉顯與歐陽深兩部明軍，移軍至平海六十裡外的嶺頭和樹下兩地設營。二十三日，倭寇突襲樹下，歐陽深領兵拒戰，見倭寇來襲兵少，隨領兵出營與敵交戰。倭寇且戰且走，將歐陽深引入埋伏圈中。當明軍深入之後，倭寇兩翼伏兵大起，明軍寡不敵眾，歐陽深當場戰死，士兵陣亡四百餘人，餘部潰散。劉顯不及救援，只能率軍退至度濱。
四月初，總兵俞大猷領漳州泉州兵四千人來援，明軍再次低進平海城四十裡紮營。十一日，四百餘名倭寇從上逕行至佘埔，試圖與平海倭寇回合，劉顯率兵截擊，未能成功擊退。劉顯判斷這幫倭寇肯定要從自己防區穿過，於是在度濱設伏。十三日，倭寇果然從度濱經過，劉顯伏兵四起，倭寇被斬一百七十餘級，殘部逃回平海城。眼見明軍大軍雲集，平海城中倭寇企圖乘船歸國，於十六日乘船出海，被巡視平海衛外洋許朝光部攔截，斬首四十九級，只能退回平海城。
走投無路的倭寇仿效項羽破釜沉舟，將船全部燒掉，以示不留退路，和明軍決一死戰。四月十九日，新任總理軍務巡撫都御史譚綸抵達省城，二十日在浙江義烏招募了新兵的戚繼光入閩，與俞、劉二部會師。譚綸在渚林召集戚、俞、劉商討進剿方略。大家一致認為，倭寇雖少，但佔據險地，能以一當十，明軍必須速戰速決。譚綸當即決定以戚繼光為中軍，擔任正面攻擊；以俞大猷為右軍，劉顯為左軍，擔任兩翼包圍，以重兵臨戰，務求全殲倭寇。二十一日夜，在福建巡撫譚綸的指揮下，戚繼光為中軍，劉顯、俞大猷為左、右軍，兵分三路向平海衛進攻。
中軍戚繼光率先登城，遭遇二千倭寇的阻擊，戚繼光令部隊以火器轟擊，倭寇陣型大亂，被迫退守平海衛附近的許家村。戚繼光乘勝追擊，俞、劉二部緊隨奮進，在許家村乘風放火，許家村頓時火光沖天，火借風勢，倭寇死傷不計其數，次日又追剿倭寇一百七十餘名。此戰前後斬首二千二百五十級，救回被俘平民男女二千三百八十人，繳獲刀槍劍銃三千九百六十一件，取得了平海衛大捷。
平海衛奏捷之後，戚繼光又率部先後在連江馬鼻嶺和寧海肖石嶺殲滅倭寇各一部，福建倭寇暫告平息。然而倭寇來襲數量龐大，福建沿海兵力遠遠不足，為加強福建水陸防務，以為長治久安之策，譚綸與戚繼光等人議定御倭方案，上報朝廷，準備加強福建沿海守備兵力。然而倭寇不甘心失敗，又於十月間聚合二萬七千餘人，再次大舉入侵福建，計劃先以一萬五千人劫掠仙遊，來年春天進攻省城福州。
十月上旬，倭寇艦船先後入侵臺山、福寧三沙和閭間澳、萬安連盤澳、平海衛後潘澳等地。戚繼光調撥各路明軍圍追堵截，十二戰十二捷，殲敵三千餘人，但未能從根本上阻止倭寇對福建的進犯，而在分路堵截中，戚繼光手中的機動兵力越來越少，被分散在福建沿海各個告警地點。為加強對抗倭的軍事領導，十一月，嘉靖任命戚繼光為總兵官，領導福建全省並浙江金、溫二府，負責水陸軍務。十一月初一，倭寇乘船十六艘進犯興化府青山巡檢司石城澳，然後繼續南下。三日，又有五艘倭船於連江東岱澳登陸。六日，倭寇一萬餘人登陸仙遊，分屯仙遊縣城四門外城，將仙遊團團包圍。當時，仙遊城內駐兵只有二百餘人，另有民兵二百五十人。而戚繼光當時在閩兵力集中起來，也僅為六千多人，只是倭寇兵力的一半，而且分散在福建沿海各地。
戚繼光根據敵情，調整部署，以一部隨監軍副使汪道昆往福州，以防倭寇襲擊省城；一部防守閩江、興化，以防倭寇深入福建內地；又命把總傅應嘉統三千名水兵駐守漳州、泉州，控制沿海要地；戚繼光本人親率六千名士兵增援仙遊。此時倭寇已經在仙遊城外環城立營築壘，對仙遊城發動進攻。戚繼光以兵力懸殊，決定以仙遊城為支撐，抑留敵人，等明軍主力集中後，再設法殲敵。於是戚繼光派親兵二百人乘夜入城，以加強仙遊城內防守力量；命守備胡守仁領兵駐紮鐵山，據險為壘，牽制倭寇；從各營挑選精銳五百人，組成敢死隊，不時襲擊敵營；同時將大本營移至離倭寇較近的石馬，四面布置疑兵，既遏制倭寇分兵四處剽劫，又讓其不能一心一意集中兵力攻城。
陳大有等率領守城軍民，在城外明軍的配合下，拼死抗擊倭寇。倭寇幾次強攻難以得手，於是企圖進行誘降陳大有。陳大有一面同敵談判周旋，拖延和爭取時間；一面借著談判的，修補破損的城防工事，並加築了一道土城，同時改進和製造防禦器械，以加強防禦。倭寇打打停停，一直到十二月初六。倭寇看陳大有沒有投降的心思，加之糧草不足，無力進行長期圍困。倭寇乘著明援軍未到，而且城內明軍官兵傷亡甚重，防守力量大減，遂展開了大規模的攻城行動，擁兵直抵西北水關，砍倒柵欄，挖開土城，豎起雲梯登城。在此危急關頭，城外遊兵李以仁衝進敵陣，燒毀攻城雲梯。戚繼光聞報，令部隊發炮吶喊助陣。倭寇誤以為援軍趕到，為防被內外夾擊，於是停止攻城。
十二月下旬，浙江援軍約六千人趕到福建，抵達仙遊以東的沙園。戚繼光得到援軍，於是開始著手殲滅仙遊城外的倭寇。仙遊城外圍城倭寇一萬餘人，明軍即使援軍趕到，也不過一萬一千多人，在兵力對比上並不佔優勢，甚至還略有不如，難以向倭寇發起全面攻勢。但倭寇在仙遊城外四面合圍，四個城門外面分別修築了四個堡壘，而四壘之間有一定距離，可以集中優勢兵力，採取各個擊破的戰術，先攻破一座，然後就可以在兵力上佔據優勢。
於是戚繼光命王如龍率兵一部作為中左路，胡守仁率兵一部作為中右路，金科督軍一部為大營正兵專備策應，主力部隊合力攻取南壘；陳濠等部為右翼奇兵，攻取倭寇東壘；李超督兵一部為左翼奇兵，攻取倭寇西壘；呂崇周等率標兵一部同郭成苗兵四百人設疑兵於鐵山，牽制倭寇北壘之兵；傅應嘉領兵一支取道西嶺，繞至倭寇西壘之後，配合李超部行動；命中軍吳京押運火器，隨軍接濟。二十五日，明軍各部開始行動。左路王如龍部、左翼李超部先後進至新嶺紮營，中右路胡守仁部進至天光嶺紮營，右翼陳濠部進至水溝紮營。
當晚天降大雨，到了次日上午，大霧瀰漫，明軍各部乘霧隱秘向敵營逼近，快到城下，才被倭寇發覺。當時倭寇正推著八輛呂公車攻城，車高過城牆一丈多，離城頭僅有二尺，數百名倭寇藏身車內，正準備登城。恰逢明軍趕來，中右路明軍直衝倭寇南壘，倭寇攻城部隊只好放棄攻城，掉頭結陣對付戚軍。明軍中左路協同中右路奮力拼殺，倭寇大敗，退入南壘。明軍立即包圍倭壘，拔除木柵，縱火焚燒。倭寇當即被燒死數百人，殘倭逃奔東壘。中右路乘勝追擊，與明軍右翼軍夾擊東壘倭寇。與此同時，中左路戚軍與左翼戚軍一齊撲向倭寇西壘。東、西二壘在猛烈攻擊下，先後被明軍攻破，倭寇被燒殺一千餘人。東、西二壘殘倭逃奔北壘，戚繼光親督金科等部進攻北壘，倭寇不能支持，棄壘而去，至此仙遊之圍解除。
倭寇餘眾見明軍連拔四壘，進入仙遊城內，遂後退數裡，脫離與明軍接觸，兩軍相持數天，眼見明軍戒備森嚴，於是倭寇在三十日向同安方向離去。戚繼光領兵追擊，在王倉泙再次擊敗倭寇，斬首數百，墜崖者不計其數。尚有殘倭數千逃至漳浦縣蔡丕嶺，據崖設寨而守。戚繼光命部下分為五哨，各持短兵攀巖而上，當明軍登上崖頂之時，倭寇伏兵四起。狹路相逢勇者勝，戚繼光下令明軍不得後退一步，擂鼓突擊，殺入重圍。倭寇伏兵大敗，被殺數百人，仙遊之戰，戚繼光前後殺敵近萬，倭寇不敢繼續在福建逗留，殘倭南下逃進廣東，搶劫漁船出海。
嘉靖四十三年（1564年），潮州倭寇糾集兩萬多人，與海盜吳平互為犄角，俞大猷也從江西調往了廣東，負責廣東防倭事宜，而此時，少數民族首領藍松三、伍端、溫七、葉丹樓、程紹錄、梁道輝等聚眾五萬餘人，正在省內作亂。惠州參將謝敕與伍端等交戰，打不贏，就說「俞家軍」來了，俞大猷之前有招降這些少數民族部落的經驗，而後又多次殲滅倭寇，在廣東很有威名，伍端等首領趕忙逃回山寨。於是俞大猷抵達廣東後，單槍匹馬去招降程紹錄，又讓程紹錄勸梁道輝歸降。不久，來到惠州，將溫七擒獲。伍端見溫七被擒，於是負荊請罪來俞大猷軍中，請求攻打倭寇來彌補自己的過失。
俞大猷於是以伍端為先鋒，從造反的礦工中挑選了二千餘名精裝，在鄒塘作為先鋒，進攻倭寇，明軍主力隨後。一日之內攻破倭寇營壘三座，焚殺倭寇四百多人。倭寇全部逃到崎沙、甲子等處，搶奪漁民船隻向大海方向逃去。倭寇船隻在海中多遇風沉沒。僥倖脫險的二千多人，退守海豐金錫都。俞大猷率軍將其包圍兩個月。倭寇糧食斷絕，打算從火埔寮逃走，卻被副將湯克寬設伏兵擊敗，手刃倭寇首領三人，參將王詔等人隨後趕到，斬首一千二百餘級，殘倭僅剩千餘，建制被打亂，只得分散入山林中逃避明軍追捕，俞大猷命明軍化整為零，追入深山老林，直至將倭寇全滅，從此浙江、福建、廣東大股倭寇均告平息，「嘉靖大倭亂」基本結束。
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