《芳華》以1970至1980年代為背景，講述了在充滿理想和激情的軍隊文工團，一群正值芳華的青春少年，經歷著成長中的愛情萌發與充斥著變數的人生命運故事。
故事開始於1970年，正值文化大革命時期，宣傳毛主席思想的遊行等各種運動盛行。電影中，導演以劇情、蒙太奇等表現方式，隱晦地批判了文革的錯誤性，展現了文革之後社會轉變的開始。
人們駕駛著毛澤東思想宣傳車進行遊行，車上插著紅旗，街上熱熱鬧鬧，展現了那個年代毛澤東思想遊行的真實場面；可電影的調色卻使用的冷色調，說明那個時代並沒有所宣傳的那麼美好，導演用冷色調表達了自己對文革時代的看法。
故事的主線是兩位主人公——何小萍和劉峰各自的命運與情感的故事，穗子作為旁觀者，對他們的故事進行了客觀又富有感情的講述。
何小萍是一個從鄉下來的文藝女兵，文革期間，她的父親被批判勞改，因而她也受到牽連。母親改嫁後，她在新的家庭生活的並不快樂，處境十分不好。何小萍原本以為離開了排擠自己的家庭，就可以在部隊開始自由自在的新生活。
何小萍初來乍到，導師讓她露一手，於是何小萍站在窗戶透進來的陽光中，身姿優美地做著平轉。卻注意到拿著她衣服的郝淑雯站在旁邊，正在拿她衣服上的味道開玩笑，一個不備，何小萍跌倒在了陰影裡。
命運總是喜歡捉弄她，她到了文工團後，因為身上有味道，仍然遭受眾人的排擠、孤立，甚至侮辱。這個鏡頭中，何小萍從陽光下轉到陰影之中摔倒，且為俯拍，所預示的——正如穗子在旁白裡所說，當何小萍進入文工團的這一天起，她就成為了文工團裡的一個笑話。
劉峰是整個文工團裡唯一一個對她懷有莫大善意的人，卻由於被其他人誇大上報作風問題，被發配到戰場。自此，何小萍對文工團裡的人心灰意冷，原本懷著上臺跳A角的追求的她，也對文工團的演出不再有興趣。偏偏造化弄人，在她心冷意絕之時，導師卻讓她上臺跳沂蒙頌，她為了逃避，只得偷換了體溫計，謊稱高燒。政委發現了她的意圖，卻沒有點破，堅持讓她上臺演出。
風和日麗，何小萍的《沂蒙頌》獲得了所有人的掌聲和致敬，鏡頭採用了仰拍的角度，表現了何小萍的激動、成就感以及剛剛重新燃起的一絲希望。
兩級鏡頭轉場，匯報演出結束之後，政委給文工團開了總結會，卻也是歡送會。政委明知何小萍偷換體溫計的把戲，卻不點破，也不是因為要鼓勵她，而是已經決定舞畢之後，把何小萍調到野戰醫院參與戰爭。
何小萍在灰暗的絕望之中被捧上了豔陽天，又狠狠的被摔在泥裡。
何小萍來到了野戰醫院，這裡雖然面對著突如其來的戰役偷襲，面對著血肉模糊的傷員，卻沒有那麼多人性的勾心鬥角，何小萍努力的工作著，想要為傷員多做一些貢獻。
聽著病床上被燒的面目全非的傷員的傾訴，何小萍泣不成聲。鏡頭從側後方拍攝，表現何小萍的不忍與同情。
經歷了太多戰爭、人性的灰暗，雲泥的落差還有這偌多的大喜大悲，她的心靈受到了嚴重的創傷。戰爭結束了，何小萍進了精神病院，只有同樣經歷了戰爭的劉峰來看過她。
文工團解散之前的最後一次演出，老戰友們都被邀請觀看，何小萍也來了。她坐在精神病院一處的位置上，雙眼無神地盯著演出。《沂蒙頌》的音樂響起了，何小萍的回憶被自己跳過的舞蹈挑起，臉上逐漸打上了光，表示疾病的轉好和對美好年華的懷念和留戀。
劉峰——一個樸實善良、慷慨無私的「活雷鋒」。在這個「非富即貴」的文工團裡，他想要和大家融為一體，就要去做別人做不到的事，因此，他樂於助人，對什麼事都大包大攬，食堂沒人願意吃爛皮的餃子，他吃；食堂的豬跑了，他去找；戰友要結婚了，他熬了幾夜幫人打家具……大家心安理得地享受著他所提供的一切。
劉峰被大家評價為「一個無私奉獻，沒有人間煙火味的人」。大家的心裡深刻著他沒有人間煙火味的印象，忽略了劉峰鮮少表達的自己的七情六慾，也不希望看到劉峰的個人感情，因為這和他們認識的劉峰，不一樣。
他們認為劉峰不該是一個擁有「七情六慾」的普通人，但事實確是如此。劉峰暗戀林丁丁許久，為了林丁丁在文工團內的進步沒有表白；當林丁丁已經入黨，劉峰再也按捺不住自己的感情，在一個晚上對林丁丁表了白。
鏡頭中，架子上放著許多紅色的鼓，乍一看去，畫面的右側背景都是紅色，而畫面左側是平淡的綠色、灰色，顏色把畫面左右分開，右邊代表劉峰被愛情主導的火熱內心，左邊代表林丁丁內心的平淡。通過色彩和構圖，我們可預見「襄王有意，神女無夢」。
劉峰表白之後，鏡頭從林丁丁的側後方拍攝，這樣的拍攝角度也從視聽語言方面向觀眾表現了林丁丁的意料之外和無法接受。
隨後，這一場面被路過的戰友看到。
當劉峰表露出自己的私慾，大家感到一種觀念性的幻滅與無法接受，他的情感表達被他曾經幫過的戰友們罵作無恥行徑、流氓行為、作風問題，導致劉峰被帶去接受審查。
劉峰被審的過程中，全程平攝，說明劉峰雖然被處分、被按在地上，但依然行得端坐得正，內心的品德沒有被踩在腳下，依然高尚。頂光的照射很好的強化了劉峰內心的憤懣、不甘，卻無法反抗這個時代。
最終，這段感情以劉峰被冤枉猥褻，調去了伐木連作為結局。臨走之際，也只有何小萍來送他。
劉峰上了戰場。
為了保證戰友的屍體被安全的運回戰地，他帶傷守了許久，以至於自己的胳膊被截肢。這是時代和戰爭在他身上留下的烙印，更是他為了證明自己的品格留下的最佳證詞。
多年以後，社會逐漸和平，戰友們也都天各一方，劉峰在城市之中艱難地生存著。
劉峰去到街道保衛處，想要回自己做小本生意的推車，卻被保衛處的人推倒在地。
俯拍劉峰被保衛處的人推在地上，表現劉峰生活窘迫。
老友重聚，劉峰看到林丁丁的照片，依舊對那段美好年華有深深地懷戀。
劉峰和何小萍各自經歷了戰爭的殘酷與人世的涼薄，最終選擇了彼此依靠。
主線故事之中穿插講述了穗子自己的故事，以及青春中的那段朦朧的暗戀。
穗子以回憶的方式講述了自己青春年華中的一段未果的暗戀，影片展現了穗子對愛情的追逐過程、結局以及對年少芳華中那段愛情的懷戀。
穗子暗戀的人，叫陳燦。
穗子站在坦克側方，陳燦爬上坦克為部隊吹號，這個鏡頭以穗子的視角拍攝，且光線過曝，表現了穗子眼中的陳燦是完美的，沉浸在懵懂的愛情裡。
對於講述穗子的愛情，多用過曝的鏡頭，意在表現芳華歲月愛情的朦朧美。
但兩個人在電影之中的距離保持的十分微妙，許多畫面之中，儘管兩人在交談、聊天，卻保持著絕對的社會距離，而不是親密距離，兩個人的內心並沒有走得更近，陳燦對穗子也沒有愛情。
陳燦最後和郝淑雯走到了一起，他們三個人之間的許多三角構圖可以起到預示作用。
穗子的父親也受了文革的罪，後來被解放。
光打到穗子爸爸解放後給穗子帶的零食上，既表現了穗子內心十分喜悅，又隱喻了文革結束後光明的到來。
強度很高的亮光隨著穗子給大家發糖，同樣意喻著穗子的喜悅和文革結束後光明的到來。
電影的許多地方用到了「象徵」。
過曝的光線代表著愛情的朦朧和懵懂；三角形狀的構圖象徵著三角關係；穗子的父親解放後給她寄了零食，以在零食上打光的方式，象徵穗子的喜悅、文革結束的光明；劉峰向林丁丁表白之時的紅色背景，象徵著劉峰內心的蠢蠢欲動與火熱，而林丁丁身後平淡的灰綠色象徵著神女無夢；何小萍被女孩們撕碎的軍裝照出現在電影的結尾，照片在何小萍和劉峰飽經滄桑之後被翻出、拼湊起來，但被撕毀的痕跡依舊無法修復，代表芳華已逝。
電影畫面多用冷色調，飽經挫折的青春卻依然被稱作芳華，那是一段難忘的熱血，值得回憶的歲月。
芳華的主旋律是回憶和歌頌那一代逝去的青春年華，有才華，有夢想的少年們飽受歲月的洗禮，逐漸蛻變成了另一個人。這是青春的逝去，但殘忍中卻又夾雜著美好，年輕的身體，對夢想的追求，情感的沉澱，相知相伴相守，大風大浪後的恬靜和平淡，把悲傷和快樂揉捏在了一起。
每個人的青春都是一段值得回憶的故事，無論苦澀還是甜美，無論坎坷還是順利，都在那個時代留下了自己或重或輕的一筆，都在或己或他心中，留下了姣好的容貌、婀娜的身姿、在陽光下奔跑的燦爛，以及心中懷有的那份單純、自由和善良。