八國聯軍之後，清政府決心花重金打造了一支新式軍隊。這其中以北方的北洋軍和南方的湖北新軍最為精銳。北洋軍選兵，只要老實巴交的農民，怕官、淳樸、四體發達者為上佳。有過市井混混經歷的二流子是堅決不要的、目的是要保證北洋官兵思想上的絕對淳樸和對領袖的絕對忠誠。湖北新軍的選材標準就妙不可言了，張之洞思路和國際接軌，覺得士兵有文化才是好兵，於是清廷在廢除科舉制後，張之洞對兩湖地區因廢科舉而失學失業的是生員舉子們大開招兵之門，熱烈歡迎讀書人當兵，建設出了一支當時最有文化的新軍。
這兩支天差地別的新軍，在光緒三十二年十月的彰德秋操中打了一個平手。
宣統三年十月，武昌起義爆發。當時的起義軍還只佔領了武昌，漢口和漢陽仍然掌握在清軍手中。因此湖廣總督瑞澄和湖北新軍第八鎮統制張彪在平叛失利後逃到了漢口，一面收攏殘兵，一面照會漢口的各國使館，企圖憑藉西方各國駐漢口的軍事武裝，就地剿滅武昌的起義軍。但是瑞澄和張彪在漢口待了兩天，只收攏了兩千多部隊，遠不是起義軍的對手。而瑞澄乞求的漢口西方各國公使也都不表態，對起義之事坐視不理。
無奈之下，瑞澄趕緊給北京連拍了幾份求援電報，請求朝廷火速派兵南下，以增援漢口的清軍。在電報中瑞澄反覆強調道：此次武昌的叛黨與之前四月份在廣州黃花崗造反的叛黨不一樣！廣州叛亂主要是學生和會黨，而武昌這次是訓練有素，且軍備充足的湖北新軍。如果朝廷不儘快派精銳來鄂平叛，到時候必然是梁柱摧折，大廈傾倒，整個湖北省都會淪陷。
接到瑞澄發來的十萬火急的求救電報後，攝政王載灃當即便下達了讓北洋軍沿盧漢鐵路南下參戰的命令。同時還下令，著海軍總司令薩鎮冰率十五艘軍艦從上海出發，溯長江而上，先行抵達漢口，協助瑞澄和張彪防守漢口。待北洋軍抵達後，陸海兩路夾攻，一舉消滅湖北的革命黨。
至於攝政王載灃為什麼要派北洋軍參戰，其實道理很簡單。因為湖北新軍的厲害，載灃心裡是清楚的，瑞澄給他連拍電報，渲染起義軍的威猛，只要載灃不傻，他都會毫不猶豫的派北洋軍平叛。並且載灃在擠走袁世凱後，他認為北洋軍已經被自己控制了，忠誠度槓槓的，不會出么蛾子。
只不過載灃還是太年輕了，他忽略了北洋軍對袁世凱的忠誠度。當他下令北洋軍參戰後，北洋軍的幾個大佬都不奉詔，表示如果袁世凱不復出，他們就參戰。於是載灃只得在第二天下詔，起復袁世凱，讓他以湖廣總督的身份，會同北洋參戰。誰料袁世凱對這道聖旨卻並不滿意，因為清廷只是給了他一個空頭差事，還沒有把前方軍事的指揮全權交給他。因此袁世凱力辭不受，辭謝了朝廷對他的任命。
正當袁世凱和載灃撕逼時，湖北方面得知了北洋軍即將南下的消息。鄂軍都督黎元洪不是傻子，他知道僅憑武昌這麼一個巴掌大的地方不可能抵抗北洋軍。便立即給革命軍下令，要先發制人，不要等清軍來了再被動還擊。於是革命軍主動渡江到漢口，乘清軍沒有集結之前就把漢口和漢陽的清軍全部端掉了。期間德國軍艦向渡江的革命軍開炮堵截，但是革命軍不為所動，還是頑強的渡過了長江，並在漢口設立了指揮部。
湖廣總督瑞澄見大勢已去，乘坐海軍軍艦逃到了上海，後來逃到日本，一直到第二年才敢回國。至於湖北新軍統制張彪則是率殘部向北撤退，準備與南下的北洋軍一起反撲漢口。
拿下漢口、漢陽之後，湖北其它地方的清軍也紛紛起義，武漢附近的黃岡、漢川、京山、天門和潛江先後宣布獨立，響應武昌革命軍。駐漢口的五國領事見湖北局勢失控，紛紛向自己駐北京的大使館拍電報，讓大使出面向清政府施壓。列強表示，既然湖北當地的清軍已經無法鎮壓了，那就煩請清政府答應袁世凱，儘快讓北洋軍南下平叛，否則列強就將直接派兵幹預！
洋爹們發飆了，搞得載灃很沒有面子，最後只得再讓人去請袁世凱出山。而這一次，袁世凱就掌握了主動權，他提出六條出山的條件，還表示如果載灃不答應所有的條件，他就拒不就職。
袁世凱提出的六個條件是：
一、明年召開國會；
二、組織責任內閣；
三、開放黨禁；
四、寬容武漢起事人員；
五、授予指揮前方軍事的全權；
六、保證他軍隊糧餉的充分供給。
袁世凱提出的這些條件，其實質就是要把清廷的軍事和政治大權都要從滿族大臣的手裡奪過來，使清政府完全聽從他的擺布。根據這些條件，不僅皇族內閣奕劻要下臺，連掌握清廷最高權力的載灃也要退居無權無勢的地位。載灃非常不想答應，甚至殺掉袁世凱的心都有。然而接下來發生的一件事，讓載灃不得不答應袁世凱了。什麼事呢？湖南也宣布獨立了！
早在武昌起義之前，鄂湘兩省的革命黨人就有密約，若一省先起事並堅持十日之久，則另一省必響應支援。10月22日，就在武昌宣布起義之後的第11天，湖南新軍在長沙舉行起義，於第二天宣布湖南獨立。
湖南的獨立，等於把清廷南北夾擊武昌革命黨的全盤計劃給打亂了。並且由於湖北全省都在響應武昌，這就意味清軍面對的不再是武昌一地的革命黨，而是兩湖地區所有的革命黨。這個平叛難度可就大了去了。
湖南宣布獨立的同一天，陝西宣布獨立，西安革命黨炮轟西安滿城，商洛、富平等地立即響應。為了滅火，載灃立即下令河南的清軍向潼關發動猛攻，甘肅清軍從西邊發兵策應。關中地區立時打的不可開交，載灃的腦袋都快被氣炸了。
這還沒完呢，同一天（10月22日），江西九江革命黨起義，九江宣布獨立。革命黨封鎖長江水面，攔截清朝的軍艦，有效保護了武昌的側翼。
眼見四省先後獨立，婦道人家的隆裕太后同意了袁世凱提出的六條主張，授予他前線作戰的一切大權。首要的任務就是先奪回漢口和漢陽兩鎮，只有拿下最精銳的武昌革命黨，才能震懾住湖北其它的起義軍。至於湖南和陝西的革命黨，暫時還不需要北洋軍參戰，陝西叛黨靠河南和甘肅的清軍可以應付一段時間。湖南和江西的北面隔著湖北，不先拿下武昌也打不到湖南和九江。
10月27日，架子十足的袁世凱走馬上任來到信陽，他以欽差大臣身份換掉北洋軍前線統帥廕昌。並以湖廣總督的名義，下令湖北清軍以及長江清兵水師都聽他的號令，配合南下的北洋軍對漢口革命軍發動猛攻。
北洋軍的戰鬥力不是蓋的，僅僅一天就殺入了漢口，革命軍節節敗退。眼見拿下漢口不是問題了，載灃和隆裕太后算是安心了。只不過他們高興的太早了，10月29日，山西和直隸革命者同時宣布起義，對北京產生了嚴重的威脅。
一天後，雲南革命黨起義，昆明、大理等重要城市宣布獨立，雲南全省光復。
漢口還沒有徹底拿下來，又有兩省獨立。袁世凱算是看明白了，大清沒戲了！他手上就七萬北洋軍，而面對的卻是六個省的革命黨。把他累死了也剿不滅這麼多的敵人。於是袁世凱一面授意馮國璋繼續猛攻漢口，一面讓段祺瑞回到北京探口風。準備為自己找後路，不在清政府這一棵樹上吊死。
11月1日，清軍佔領漢口，革命軍從漢口龍王廟渡船過漢江，佔領龜山和漢陽鐵廠，準備在漢陽與北洋軍繼續打。
兩天後（11月3日），上海革命黨起事並宣布獨立，江南一帶震動。
又過了一天，貴州省革命黨起事，貴陽被革命軍攻佔，貴州宣布獨立。同在這一天，杭州亦爆發起義；同日，直隸新軍與太原的閻錫山結成「燕晉聯軍」，準備一起攻打北京。
面對這麼多的革命黨，別說是載灃和隆裕太后了，袁世凱的腦袋也快炸了。於是他偷偷的離開漢口，潛回北京，準備幹一番大事業。什麼事業呢？就是把華北四省牢牢的捏在他自己的手上。為日後跟清政府和革命黨談判，打一個基礎。
袁世凱出發後，立即下令沒有南調的北洋軍對灤州革命党進行鎮壓，並出兵山西，討伐閻錫山所部。
事實證明，袁世凱的判斷是正確的。因為就在鎮壓灤州革命黨的第二天，江蘇革命黨宣布起義，經過一天激戰，蘇州、無錫、松江和常州宣布獨立，江蘇南部在事實上脫離了清廷。同一天，寧波、紹興的革命黨舉義，浙江全省光復。
在接下來的四天裡面，11月7日，桂林革命黨起義，廣西宣布獨立；11月8日，安慶革命黨起義，安徽宣布獨立；11月9日，廣州革命黨起義，廣東宣布獨立；11月10日，福州革命黨起義，福建宣布獨立。
至此南方十一省除四川之外全部獨立，再加上北方的山西和陝西，共十二省獨立。大清的半壁江山全變色了。（成都和重慶於11月底宣布獨立）
此時的袁世凱已經對攻打湖北革命黨沒有興趣了。當時雖然漢陽還在激戰，但那只是做表面文章，其實袁世凱的目光早已經移到了北方五省。他首先滅了直隸革命黨，緊接著追著閻錫山的屁股打，把山西革命黨攆到了晉北，太原則被北洋軍攻佔。最後對山東猛攻，迫使山東放棄獨立（山東於11月12日獨立）。至此，除了南方獨立省份外，北方已經基本捏在袁世凱的手上。
11月27日，在猛攻漢陽二十五天後，北洋軍終於佔領了漢陽。馮國璋本來還想進攻武昌，被袁世凱一道給制止了。這其中的道理很簡單，滅了武昌還有湖南、江西、兩廣等等等等，載灃那廝給北洋軍挖的就是一個無底洞。即便北洋軍把獨立的十三省革命黨全平定了，北洋軍自己估計也被打殘了。這種狗咬狗，一嘴毛，讓載灃坐山觀虎鬥的傻事，袁世凱可不幹。
於是袁世凱讓馮國璋就地駐紮，他在北京渲染革命黨的可怕，又賄賂慶親王奕劻，讓他在隆面前講話，預謀讓宣統退位，可保滿清皇室一條活路。另一方面，他又讓張勳率江南巡防營進攻南京，與江蘇、上海革命黨一直戰至12月2日才將長江以南全部放棄，以此對革命黨形成壓迫，讓革命黨不敢小瞧自己。
後來在英國駐漢口領事葛福出面的斡旋，武漢革命軍與清軍達成停戰協議。北洋軍和革命黨正式停戰。
緩解了與南方革命黨的關係後，袁世凱開始把重心放在北京，為逼迫清帝退位預熱。這第一件事就是逼迫載灃辭去監國攝政王的職位，由他總領政務。第二是調馮國璋回京接替禁衛軍總統一職，解除良弼對禁衛軍的指揮權。並調禁衛軍炮隊到山西圍剿山西革命黨，藉此分散掉禁衛軍力量。後來又用準備出徵的名義把禁衛軍調出城外，派段芝貴另編拱衛軍，把禁衛軍將士圈在城裡。這一系列操作後，北京完全被袁世凱所控制。滿洲權貴的小命實際上已被袁世凱所操縱。
後來的事情就耳熟能詳了，十七省代表召開大會，公推孫中山為臨時大總統。袁世凱坐擁直隸、河南、甘肅、山西、山東五省與民國政府談判。之後袁世凱授意薑桂題、馮國璋、張勳等十五人通電內閣，誓死反對共和，請飭各親貴大臣將在外國銀行所存款項提回，接濟北洋軍，把滿清貴族的最後一筆錢勒索到手。然後又跑到養心殿的東暖閣對隆裕太后講了法國大革命中法國皇室遭遇的屠殺的歷史，間接提出宣統退位的問題。
緊接著英國公使朱爾典會同法、俄、日公使聲明贊成清室退位。美國不願幹涉內政，不曾參加。袁世凱見時機成熟，授意段祺瑞率北洋將領共47人聯名致電內閣、軍諮府、陸軍部和各王公大臣，提出民軍已答應對清朝皇室、王族及滿蒙回藏各族的優待條件。載澤、溥偉等宗社黨成員竭力反對共和，也不同意退位，結果宗社黨強硬派良弼被革命黨人彭家珍炸死。嚇得滿洲親貴或請假，或出走，來上朝者寥寥，一副作鳥獸散的慘樣。
1912年2月12日，隆裕太后攜六歲皇帝在養心殿舉行最後一次朝見儀式，頒發遜位詔書。清朝296年的歷史正式終結。
總的來說，武昌起義之初，只有武昌一地發生暴動，清政府為了迅速平息叛亂，理所當然的派出了最精銳的北洋軍平叛。之後湖南、江西數省革命黨響應武昌革命黨，清政府本著槍打出頭鳥的思路繼續把攻擊重點放在武昌。但並不是說其它獨立省份清政府就沒有鎮壓，例如陝西、江蘇等省，清政府都派了巡防營進行彈壓，只不過最後都被革命黨打退了。當南方全部獨立後，身為北洋軍扛把子的袁世凱調整政策，把圍剿的重點放在了北方的山東、山西和陝西等省。雖然在此期間，馮國璋率領的北洋第一軍仍然在與革命黨交戰，但武昌此時已經是袁世凱逼迫清帝退位的一顆棋子罷了。當英國駐漢口公使出面調停後，北洋軍與革命黨實際上已經停火了。後來雖然還有戰事，但主要是在北方。比如灤州革命黨起義，袁世凱就派了北洋軍立即鎮壓。
總之就是打哪裡對袁世凱有利，北洋軍就打哪裡。前期武昌革命黨威脅大，北洋軍就打武昌。後期北方革命黨威脅大，北洋軍就集中打北方的革命黨。並不存在北洋軍只打武漢三鎮的說法。