波妞是海神的女兒，淘氣，古靈精怪。波妞喜歡宗介。被父親抓回去後，波妞說她要變成人，去找宗介。因為喝了宗介的血，波妞長出了手和腳。在姐妹們的幫助下，波妞找到了宗介。她像無尾熊一樣抱著宗介，宗介竟然一眼就認出了變成人的波妞。
宗介和波紐在尋找母親理紗的過程中，波紐用魔法將代表著童真夢幻的玩具船變成了真正可以乘坐的船，和小船長宗介一起踏上了尋母的歷程，在這個富有象徵意味的過程中，兩位小主人公遇見了抱著小寶寶的女人，波紐好奇地打量著寶寶，露出驚喜的神色，並且將湯和三明治全給了女人，讓寶寶多喝點奶水，大概這就是剛剛進入人類社會的波紐天性中對於母性的認同和尊重。
沒過多久波紐就疲乏地睜不開眼，魔法效果也消失了，剛剛才體味到人與人之間的關懷和母性的溫暖的她漸漸變回了魚的形態，可能是接近海洋女神母親（母體）時的感知和回歸吧。
宮導似乎對於他動畫中的每一位女性角色都有著偏愛。影片中宗介的爸爸弘一是一位常年在海上漂泊一艘小型船隻的船長，宗介的媽媽理莎則是養老院的看護。兩人經常不能見面，還常常為了一頓飯的事情而大發脾氣。宗介的媽媽符合宮導筆下一貫女性的形象與作風，有點輕微的暴力傾向並充滿了勇氣還有些許俏皮。而千尋的形象是比較憂傷文靜的13歲少女，幽靈公主阿珊也比較冷豔靈性和睿智，就這兩個角色比較不同。
大人可以隨意地耍賴，為什麼孩子就沒權利認真一回呢？ 在最後，海神問宗介，你願意永遠不放開波妞的手嗎，即使你知道她其實是一條魚。大人們會高喊，「不要輕易承諾啊，你還小呢，你知道這意味著什麼!」
可宗介呢，他迫不及待地親吻了波妞。 在愛裡，大人可以是小孩，小孩同樣可以是大人。
回到影片本身，《懸崖上的金魚公主》相較於以往的作品，用色更為大膽，創作上比較自由，故事很傳統，是一部樸素的，回歸簡單的作品。
雖然不能算是宮崎駿個人的佳作，但本片依舊用動人之處，孩子的童真在片中顯得是那麼美好，整個故事反倒成為了陪襯，因為整個劇情並沒能想《千與千尋》般一直吸引觀眾，但觀眾卻為兩個5歲小孩的情感捏了把汗，唯一的提心弔膽便是害怕老爺子最後弄出點生離死別的悲情來叫人怪難過的，好在宮崎駿並不以此來賣弄炫耀彰顯自己的高深莫測，他只想帶給這個世界一些美好，至少在這部電影中帶給觀眾一份溫馨，告訴觀眾懷著童真的夢真美。