關於商族的起源，一直是歷史學界熱衷於討論的話題，在此不一一細說各派的理論，基本四面八方都被論述過了。
商的始祖契被封於商丘的說法就不可信，三皇五帝的傳說裡摻雜了太多春秋戰國時期的社會背景，尤其是儒家，他們不理解上古時期的社會環境，卻喜歡以他們崇拜的西周的模式來編織故事，所以在儒家的典籍裡出現了上古時期的分封、繼承、賜姓之類的行為，這些都是荒誕不實的，卻被當作史料記載下來。
商族的史料原本就單薄，並且單薄的史料還是不可靠的，依此來探究問題，必然不會有一個準確的結果。我們在此只選取被篡改的可能性最小的《詩經》、《楚辭》和《山海經》來簡單分析一下。
商的始祖叫契，《史記·殷本紀》說他是簡狄吞玄鳥卵而生。
《楚辭·天問》有：「簡狄在臺，嚳何宜？玄鳥致詒，如何喜？」
《詩經·商頌·長發》又有：「有娀方將，帝立子生商。」
《詩經·商頌·玄鳥》又有：「天命玄鳥，降而生商，宅殷土芒芒。」
《楚辭·天問》中的「嚳」即是帝嚳，是商人祭祀的天帝，玄鳥通常被認為是燕子，通過以上的記載，我們大致可以捋清故事的脈絡，就是玄鳥奉天帝之命，降卵於有娀氏的女子簡狄，而簡狄食用該卵之後有孕，生了商族的始祖契。
用神話來解釋就是，契是天帝之子，是遵照天帝的旨意而降生於世；用社會學來解釋就是契是有娀氏的男子，生於只知其母不知其父的母系氏族社會晚期，而契的出現實現了該部族從母系氏族向父系氏族的轉變。
現在的問題是，有娀氏來自哪裡？「戎」字從甲戈，表意是擅長戰鬥，「娀」和「戎」通，所以「有娀」有時候也被寫為「有戎」，那麼「娀」就可以理解為一個以女子為主的擅長戰鬥的部族，娀到戎，可以理解為該部族過渡到以男子為主後，部族名字中的「女」字也就不重要了。
有戎與西戎並無關係，東夷、南蠻、西戎、北狄這類說法是春秋戰國時期才出現的，這是華夏中心論的副產物，更像是一種理論模型，並沒有太大的實際意義，反倒容易混淆不同部族的起源和發展，例如西戎的範圍就很寬，有周以來，西北地區更疊過幾十個部族和政權，史籍上有記載的帶戎的部族就有好幾個，如犬戎、狄戎、豲（huan）戎等，而且其部族來源非常複雜，血統不一。但有一點是確定的，就是中原部族通常不會用夷、蠻、戎、狄這類字來命名自己以及自己的祖先。
關於有娀氏的傳說，歷史上始終是一個空白，無論是甲骨文還是金文都沒有關於她的記載，更像是一個突然出現的部族，但從其部族始祖簡狄的名字大致可推測，該部族可能活躍於北方的叢林地帶，因為在上古時期，攜帶獵犬狩獵的人才會被稱之為狄。
商族有自己獨有的譜系，祖先可以追溯到契，神是嚳，所以有「殷人禘嚳而郊冥，祖契而宗湯」。契、冥和湯是一個脈絡下來的，都是這個部族歷史上有影響力的人物，契已經說過了，是有娀氏的簡狄吞玄鳥卵而生，湯就是伐夏桀的那個商湯，商王朝的建立者，那麼冥又是誰呢？
先秦文獻裡對冥的記載很少，只是說他是一個治水而死的部族首領，「冥」字的本意是一個人在陰暗的地方得不到日月的照射，我們無從得知冥這個人遭遇了什麼，但他對商族很重要，所以在商族的祭祀活動中，他處於一個比較重要的位置，相對來說，關於他的兒子的記載要豐富一些，也許能找到一些蛛絲馬跡，這個人叫王亥。
王是祭祀的時候追加的，而他的名字應該叫亥，能被追認為王而祭祀，也說明他很重要，《山海經》裡有一段關於他的記載。
《山海經·大荒東經》有：「有人曰王亥，兩手操鳥，方食其頭。王亥託於有易、河伯。僕牛，有易殺王亥，取僕牛。河念有易，有易潛出，為國於獸，方食之，名曰搖民。」
其實山海經記載的是半個故事，有開頭有結尾，卻沒有中間詳情，這也是《山海經》的一貫作風，所以《山海經》中的很多記載在沒有其它史料相對照的情況下很難讀懂。前面的一句應該是對畫面的解讀，因為《山海經》是按《山海圖》而作，是以圖示意，「兩手操鳥，方食其頭」就是畫面內容，從後文的故事可推斷，圖中之人未必是王亥，寓意被食頭的應該是王亥而不是鳥。兩手操鳥是說明王亥的身份，其所在部族應該是以鳥為圖騰的，並以其圖騰來寓意其人。
大致意思是王亥與有易氏、河伯有交情，彼此貿易，後來因為一些事情，有易氏殺死了王亥，並扣留了王亥的牛，後來王亥的兒子上甲微攻滅了有易氏，有易氏的一部分人在河伯的幫助下逃了出來，在另外一個地方建國，被稱之為「搖民」。
從《大荒東經》到鳥圖騰，以及部族的起源傳說，基本可以推斷出商的始祖出自東夷部族，但就像我們之前說的，東夷所涵蓋的範圍太大了，南至長江下遊，北至遼東，皆被稱之為東夷，甚至其文明源起都是不同的，而以鳥為圖騰的部族主要集中在山東地區至遼東地區。
而黃河下遊地區的東夷源於少皞氏，己姓，是以鳳鳥為圖騰，而商族是子姓，以玄鳥為圖騰，兩者雖然有相似處，卻也有明顯的區別，而玄鳥的傳說普遍出現在遼東地區。
東夷的後裔國，如萊國、郯國等並無商族的巫文化，事實上，商族的巫文化是不同於巴蜀的巫文化的另一種文化存在，甲骨卜辭記錄了商族儀式、詩、樂、舞四位一體的藝術存在，相信萬物有靈，所以商族的祭祀寬泛，不只是神和祖先，風雨雷電，江河湖海，奇珍異獸，可謂包羅萬象，並且重犧牲，而且以人祭為主，其恐怖程度可謂是中國歷史之最，其實這可以看作是遠古的巫覡宗教。這種巫覡宗教更趨近於北方的薩滿教，而薩滿教源於原始的漁獵時代，流行於漁獵民族，而東北地區就是薩滿教文化的源頭之一。
商朝滅亡之後，商遺民箕子帶領其部分族人北遷，這與後世入主中原的東北政權極其相似，此類政權通常會把東北作為他們的退路而保留，如建立燕國的鮮卑慕容氏，會保留龍城（今遼寧朝陽），金國會保留上京會寧府(黑龍江阿城)，遼國的五京有三個在東北區域，滿清始終保留盛京瀋陽，清亡後定都長春建立偽滿洲國，歷史總是驚人的相似，我們不排除商族也有這個情況。商人如果在東北地區沒有很強的根基，箕子也不會帶領族人北遷，更不可能在強敵環伺的地方立足。
事實上，箕子部族北遷之後，先是在今天的遼寧東南部建國的，挨著他們的親族孤竹國，並且持續了幾百年，直到戰國後期，燕國向北擴張，箕子部族才被迫進入今天的朝鮮半島。
所以單從信仰方面來看，商族不同於中原地區的任何部族，而與東北區域的遠古民族有著千絲萬縷的聯繫，我們無法據此就認定商族一定源於東北地區，但其文化上受其區域影響的是很大的，甚至有一些紅山文化的影子，但紅山文化的重心在遼西至蒙古一帶，而商族更可能是環渤海的遼東一帶，所以說，如果非得把商族歸為東夷，那麼商族源自東北夷的可能性要遠大於東夷。這也符合中原地區遭外族入侵的規律，一條線路是西北，如周，秦，匈奴，突厥；另一條線路就是東北，如鮮卑，契丹，金，滿清。