資深投降人士張獻忠在又一次接受招撫後，得償所願地過上了悶聲發大財的愜意生活。相比之下，他的老哥們李自成、羅汝才還在明軍的十面羅網中艱苦奮鬥。
整個崇禎十一年（1638年）的上半年，李自成都沒能從洪承疇給予他的重創中恢復元氣，他為此不得不從四川梓潼到塞外西羌搞了一場千裡大轉移，但折騰了一個來回也沒能擺脫明軍的追堵和圍毆，反倒是身邊跟著的小兄弟們一個接一個地溜號投降。
四月初的時候，從塞外西羌折返的李自成等部剛走到臨洮府境內的洮河，就被迫在河邊與追上來的曹變蛟大打一仗，結果農民軍大敗潰散，爭相渡河向川陝腹地逃命。
此役中，匆忙搶渡洮河而逃過一劫的李自成幾乎成為光杆司令，只帶著三百餘人（其中含家眷婦幼五六十人）向漢中方向轉移。雖然暫時脫離了曹變蛟的追擊，但他的這支逃亡小部隊並未能安全上路，他們剛走臨洮府城西南的景古城，就被明軍總兵左光先盯上了。
左光先率領一支三千五百人的精兵隊伍，緊追在後；李自成則發揮他慣走山路、善鑽山溝的特長，奔逃在前。雙方之間雖然一直保持著親密的距離，但並沒有發生真正的接觸。
這種緊張的追逐在四月初十的深夜迎來轉折，李自成和他的小部隊在當夜來到了鞏昌府寧遠縣（今甘肅武山縣）一個叫馬塢堡的地方。而在此之前，他們離開漳縣奔往馬塢的動向已經被明軍探知，左光先遂與副將馬科挑選精騎連夜向馬塢疾行。可惜的是，當他們於十一日黎明趕到馬塢時，李自成已在幾個小時前的四更時分從山徑荒路遁走。
此後左光先的行動就失去了準頭，他們在馬塢堡盤桓了一整天錯失繼續追擊的時機，接著又搞錯方向跑去了寧遠縣城。到了五月，左光先的注意力又被亂世王、混天王、四天王等部農民軍吸引到禮縣，他率部從秦州（今甘肅天水市）追過去收拾了這些小魚小蝦，並招降了混天王、四天王等頭目。
但是這麼一圈耽擱下來，李自成已經安然到達漢中境內，並且沿途聚攏了一些失散的部眾，雖然不復先前號令千軍萬馬的威風，但好歹也算有了三千餘人的隊伍。憑藉這些人馬，李自成在六七月間往來川陝，試圖尋找發展空間，但效果非常不理想。
在此期間，他周圍的大小頭目過天星、九梁星、飛天龍、爭管王、草上飛等人非死即降，他本人也同樣在洪承疇布置的大封鎖線內到處碰壁，曹變蛟、賀人龍、左光先等明軍悍將都在他的四周像獵人一樣遊蕩。
到了八月，李自成手下已經僅剩一千餘人，事實證明川陝這一帶作為剿賊狂魔洪承疇的地盤，壓根就不存在從事造反運動的發展空間，再這麼轉悠下去的結果只有死路一條，挪窩另尋他處是唯一可能的活路。
為此，李自成謀劃了一個從城固縣過漢江，然後取道石泉、興安伺機下湖廣或入河南的計劃。但這個計劃也很快成為泡影，先是在出川途中於八月初五在南江縣被明軍重創，接著又在南鄭縣遭到左光先等部的截擊，三百餘部眾被斬殺，老管隊、黃鸚兒、陳虎山等頭目被擒獲，接連選擇的幾個渡江地點都被明軍封鎖。
面對殘酷的現實，李自成只得率殘部逃回附近山中躲避，但更糟糕的事情還在後頭。
目光如炬的洪承疇從農民軍這一連串不成功的行動中，看出了李自成急於渡漢江北上的真正意圖，他於是聯絡駐守商洛一帶的孫傳庭，聯合制定了一個誘敵出山、設伏圍殲的計劃。所以不久後李自成再次從山區出來的時候，周邊的環境就鬆緩了許多，諸路明軍不再緊追猛打。
這樣的情況當然很反常，但李自成即使有所察覺也來不及多想了，就像當初選擇投身農民軍幹起義一樣，明知道那是殺頭的勾當也要提著腦袋搏一搏。出山之後的李自成迅速將目標指向潼關，那是由陝西入河南的必經之地，他相信只要從那裡闖過去，自己就能渡劫重生。
但表象背後的真相是，前路上的孫傳庭已經調集數萬兵力在潼關布下密集的伏擊網，而隸屬洪承疇的曹變蛟等部明軍也靜靜地尾隨在後，等待著致命時刻到來時上前替他叔父曹文詔送上復仇的一刀。
最終，李自成在潼關遭到洪承疇、孫傳庭所部明軍的前後夾擊，他所體會到的絕望感一定跟當年最後時刻的曹文詔一樣強烈。孫傳庭不留死角、星羅密布的伏擊點布設，幾乎在農民軍敗逃的一切可能藏身去向都安排了人手。
這是一場處在明軍絕對控制之下的殲滅戰，唯一的遺憾是李自成的暫時逃脫。他拋妻棄女，身邊只跟著劉宗敏、田見秀、高一功等寥寥十七人，倉皇地躲入到商洛一帶的山中。
在當時的情形看來，只要洪承疇、孫傳庭保持軍事高壓的態勢，即使捉不到李自成這夥漏網之魚，也保準能讓他們終老在山林之中。
但事情並沒有按這樣去發展，主持陝西剿賊戰局的洪承疇、孫傳庭在取得徹底勝利的前夜，雙雙被遠調北上去拱衛陷入清軍威脅下的大明京城。所以，不僅俘殺高迎祥的故事未能在這位闖王二世身上重演，就連軍事高壓的態勢也沒有維持多久。
陝西戰場上能用得上的精兵強將幾乎都被調走了，領頭的洪承疇、孫傳庭分別向他們的接任者鄭崇儉和丁啟睿辦理了交接，曹變蛟、白廣恩、左光先、賀人龍、馬科等等戰將也都隨同而去，他們中的許多人都從此徹底告別了徵剿農民軍的戰場。
據說洪、孫二人入京勤王的大軍足足有十五萬人，他們浩浩蕩蕩的隊伍從陝西出發取道河南北上入衛京師，在路上為明朝徵剿農民軍的平叛大業做出了最後一份貢獻。當時仍在河南堅持奮鬥的羅汝才等部受到了極大驚嚇，以為這兩位猛人的大軍是衝他們去的。
在此前後的羅汝才早已成了驚弓之鳥，九月份的時候他和馬守應、李萬慶、惠登相等部在湖北襄陽躲躥，這哥幾個竟然連和平愛好者熊文燦也打不過了，在襄陽東北的雙溝鎮被熊文燦率領的官軍斬殺兩千多人，各部農民軍損失慘重，分路潰逃。
回民農民軍首領馬守應率眾向東跑去了棗陽，他隨後又繼續向東跑到大別山區的英山、霍山地區，與革裡眼賀一龍、左金王賀錦等五家農民軍在那裡搞了一個組合，以「革左五營」的名號在鄂豫皖三省交界的大山裡打遊擊。