在中央蘇區第一至五次反"圍剿"鬥爭中，他先後任醴陵遊擊隊隊長、獨立1師第3團總支部書記、紅八軍第49團特派員。作戰中，他憑著自幼練就的一身武功，衝鋒在前，退卻在後，有時甚至奮不顧身地去救護戰友，成為一名英勇無畏的革命戰士，並很快成長起來，從班長、排長到擔任醴陵遊擊隊隊長。
1934年4月，晏福生任紅49團政委，和團長吳正卿率部參加沙市戰鬥。他和全團官兵埋伏在沙市外圍，待從永新過來的國民黨軍侯鵬飛旅進入包圍圈後，一聲令下，槍聲大作，原先還大搖大擺的侯鵬飛旅突遭伏擊，嚇得屁滾尿流，慌作一團。侯鵬飛用槍頂著士兵發起衝擊，妄想突圍出去。晏福生指揮戰士們猛打猛衝，三下兩下就殲滅了敵人。國民黨軍旅長侯鵬飛見勢不妙，撲通跳進了荷塘，想潛走，但還是被紅軍戰士揪了上來。
這年7月，晏福生率49團隨紅六軍團西徵。紅二、六軍團擔負著吸引、牽制圍攻中央蘇區的國民黨軍、戰略轉移探路的任務。在湘桂邊界的蔣家嶺，桂軍第19師第55團構築陣地阻擊紅軍。師裡命令49團拿下敵人。晏福生親自指揮1營1連由左側向敵人後方迂迴，團主力從右側強攻敵人。經過3個小時激戰，一舉殲滅了號稱"鐵軍師"的桂敵55團，為西徵打通了進入廣西的道路。10月24日，紅六軍團一路浴血搏殺，衝破湘黔桂三省軍閥和國民黨中央軍的圍追堵截，與賀龍領導的紅二軍團在貴州木黃勝利會師。
11月初，晏福生在兩軍團首長採取的聲東擊西之計下，指揮全團攻佔永順，迎接兩個軍團進入湖南西部永順地區休整。永順為湘西北要衝，永順落入紅軍之手，令湘鄂兩省之敵大驚。何鍵為了消滅進入湘西的紅二、六軍團，嚴令湘西陳渠珍部糾集重兵前來"圍剿"。面對氣勢洶洶的敵人，紅二、六軍團決心誘敵深入、伺機殲之。紅軍主動撤離永順，把追剿的湘軍周燮卿旅誘到十萬坪地區。晏福生率領的49團早已設伏多時，見敵人進入伏擊圈便居高臨下立即開打。周燮卿旅潰不成軍，倉皇突圍。十萬坪戰鬥殲滅國民黨軍2000多人，威震敵膽，是紅軍進入湘西的第一個大勝仗，對開闢湘鄂湘黔根據地有著決定意義。
1935年1月，國民黨軍以10萬兵力、兵分6路"圍剿"紅二、六軍團。根據中央"集中紅軍主力，選擇敵人弱點，不失時機地在運動中各個擊破之"的指示，紅二、六軍團展開大規模反"圍剿"作戰。4月中旬，晏福生率49 團受領了奪取陳家寨的任務。戰鬥發起後，他親自指揮2營衝當先鋒，很快攻進寨裡，佔領了敵人指揮所。剛進入指揮所，晏福生突然發現有一股敵人從紅軍陣地西側跑了，他立即帶著警衛員追了過去。戰鬥結束後，部隊撤出陣地進行總結，發現晏福生和他的警衛員都不見了。團長派人四處尋找，查問俘虜，但都沒有得到有關晏福生下落的線索。戰士們都想：政委打仗時衝在最前面，肯定是中彈犧牲了。團長吳正卿對全團官兵提議：全體人員為晏福生政委的犧牲默哀三分鐘。誰知他們剛低下頭，就聽見有人喊："我們回來了。"這不是晏政委那熟悉的聲音嗎？大夥一看：正是晏福生。他和警衛員兩個人滿身都掛著槍枝彈藥，旁邊還跟著10多個俘虜。聽說正在為自己開追悼會，晏福生不禁哈哈大笑地說："敵人還沒有消滅，革命還沒有成功，閻王爺還不忍心收咱們呢！"
不久，晏福生升任紅18師政委，後又任紅16師政委。
1935年9月，國民黨軍再次投入130個團，"圍剿"湘鄂川黔蘇區。由於敵眾我寡，紅二、六軍團被迫於這年11月開始長徵。紅二、六軍團經過艱苦轉戰，於1936年7月在甘孜同紅四方面軍會師。7月5日，紅二、六軍團與紅三十二軍組成紅二方面軍。為了徹底殲滅紅軍主力，蔣介石又調集重兵火擊紅二方面軍。為擺脫困境，紅二方面軍於10月分成左石兩路縱隊加速向北轉移。晏福生率16師作為紅六軍團前衛，承擔了開闢前進通道的重任。在娘娘壩戰鬥中，16 師師長張輝不幸中彈犧牲。
10月7日，部隊行進到羅家堡，與國民黨軍部隊遭遇。晏福生指揮部隊迅速搶佔有利地形，與國民黨軍展開激戰。由於發現了紅軍主力，其他地方的國民黨軍部隊也迅速趕了過來，敵人越來越多，戰鬥形勢越來越嚴峻。雖然全體官兵奮勇拼殺，勇猛衝鋒，但無奈敵眾我寡，陣地在一步一步縮小。軍團命令晏福生想盡一切辦法，殺開一條血路，掩護軍團主力轉移。晏福生冷靜判斷地形和戰鬥態勢後，指揮部隊向山下斜坡發起進攻，以引開國民黨軍。戰鬥越來越慘烈，國民黨軍幾架飛機也呼嘯著朝紅軍投擲著炸彈。濃煙滾滾，炮聲隆隆，殺聲陣陣，山坡上流滿了鮮血。晏福生也已殺紅了眼睛，和戰士衝在國民黨軍中間左右拼殺。突然，警衛員手裡揮動著布條，大喊著拉住了晏福生。晏福生不知他什麼意思，問：怎麼了？警衛員一指他右臂，晏福生這才發現不知什麼時候右臂被彈片深深地劃開，正往外冒著鮮血，他頓時感到一陣鑽心的疼痛。警衛員要給他包紮傷口，他拿出密電碼本讓他們帶著趕快衝出去。在這生死關頭，警衛員怎能離開他？但晏福生一推他們，縱身跳下陡坡，霎時不見蹤影。國民黨軍嗷嗷叫著衝了上米，戰士們滿含淚水殺了出去。在紅16師全體官兵的大力掩護下，紅六軍團主力順利突出重圍，轉移到安全地帶。
戰鬥結束以後，紅16師多次派人搜索戰場，尋找晏福生，但都無功而返。於是，大夥都認為晏福生一定是光榮犧牲了。軍團政委王震得知消息後十分痛心，特地在軍團排以上幹部大會提議：向晏福生同志默哀三分鐘。誰知，命大的晏福生並沒有犧牲，而是被老鄉救了。他顧不得養傷休息，拼命追趕部隊，不料沒有趕上紅六軍團，反而碰上了紅四方面軍的部隊。
在水暖堡地區，衣衫襤褸的晏福生碰上紅四方面軍第三十一軍的一個師部。師長不認識晏福生，面對這個傷殘疲憊的陌生人，他警惕地盤問："你說你是紅二方面軍16師政委，你們方面軍的副總指揮是誰？""蕭克。"蕭克此任三十一軍軍長，晏福生喜出望外，"請你們馬上給蕭軍長發電，就說晏福生還活著，請他派人來接。"蕭克見到晏福生後，扶著他的斷手，十分心痛，立即將他轉送紅四方面軍衛生部，請以"一刀準"聞名的衛生部部長蘇勁光為其做了截肢手術。做完手術，蕭克讓他好好養傷休息，但晏福生豪氣衝云："憑著一條胳膊，我照樣幹革命，打勝仗！"
11月，晏福生擔任西路軍幹部團政委，參加寧夏戰役計劃。西路軍在徵戰過程中失敗後，晏福生歷經千難萬險，回到了延安。
1938年3月，晏福生任359旅717團政委，和團長劉轉連率部抵達晉西北，開闢敵後抗日根據地。他們緊緊依靠當地群眾，利用有利的地形地物開展山地遊擊戰，不斷給予日軍沉重打擊。
1939年5月，日軍第109師團和獨立混成旅共5000多人對繁峙縣、五臺縣等地區進行大規模"掃蕩"。日軍每到一處，殺光、燒光、搶光，無惡不作。針對日軍的瘋狂行動，359旅首長決心在上下細腰澗伏擊日軍，717團奉命承擔截斷日軍後路的任務。12日，日軍大部隊進入359旅伏擊圈，立即遭到迎頭痛擊。日軍急忙向後撤退，但晏福生率第717團已經攔在他們面前。晏福生指揮部隊猛烈開火，打得日軍鬼哭狼嚎。眼見子彈快打光了，晏福生喊了一聲"跟我上"，一隻手揮舞大刀衝進日軍陣裡。驕橫的日軍哪見過這種陣勢，晏福生獨臂拼殺的神勇勁頭把他們嚇呆了。戰士們跟著飛躍而出，和日軍展開了肉搏戰。經過激烈戰鬥，晏福生率717團同兄弟部隊一起殲滅日軍500多人，粉碎了日軍的"掃蕩"。
1939年冬，717團隨旅部返回陝北，奉命參加大生產運動，在南泥灣屯田墾荒。晏福生身先士卒，在勞動生產中處處做表率。雖然他只有一隻胳膊，但幹起活來特別利索，一點也不需要別人幫忙，並且還幹得特別好。他讓人打制了一把可以一隻手用的鋤頭，下地墾荒種田。無論是放火燒荒，還是澆水鋤田，晏福生都一絲不苟，認認真真。秋天到了的時候，他收穫的勞動果實也特別豐厚。1943年2月，陝甘寧邊區政府評選生產英雄，晏福生在122名英雄中排名第三。毛主席主席親筆為晏福生的獎狀題詞：堅決執行屯田政策。不久，晏福生調任警備一旅副政委，繼續負責旅裡的大生產。由於搞得好，又一次被推舉為生產英雄。
1945年8月，晏福生任359旅南下第二支隊政委，和司令員劉轉連一起率部進軍東北。
1947年9月，晏福生任十縱第28師政委。遼瀋戰役發起後，第28師在黑山構築陣地，阻擊可能自瀋陽西出增援錦州的國民黨軍廖耀湘兵團，配合主力攻佔錦州。10月24日，廖耀湘兵團氣勢洶洶地衝了過來，晏福生和師長指揮全師官兵頑強阻擊。為了儘快突破黑山陣地，廖耀湘運用了5個師的兵力，200多門大炮和10多架飛機日夜轟炸。在兵力和武器對比上，第28師居於劣勢。晏福生指揮官兵發揚以劣勝優的光榮傳統，採取多種戰法，大打加巧打，在國民黨軍面前築起了一道銅牆鐵壁。在一次又一次的衝鋒被打退後，廖耀湘兵團唯恐在此全軍覆沒，慌忙逃竄。晏福生指揮部隊英勇作戰，勝利完成了阻擊任務，受到野戰軍總部的特令嘉獎。
1949年6月，晏福生任第四十七軍副軍長兼139師政委，挺進湘西，目標直指盤踞在大庸的國民黨軍第一百二十二軍。晏福生親率139師實施正面攻擊。他派出一個營奇襲國民黨軍指揮機關，不費一槍一彈俘虜第一百二十二軍軍長張紹勳。得手後，晏福生指揮師主力部隊對城內國民黨軍分割包圍，各個殲滅。這一戰，殲滅國民黨軍5000多人。
10月後，晏福生率140師和軍炮團、教導隊留駐阮陵、黔陽一帶、開展保護交通、徵糧支前、清剿土匪的工作。湘西素有"割不完的大煙，數不清的槍，打不淨的土匪"的說法。1950年1月1日，晏福生任湘西行政公署主任，全力組織領導剿匪工作。這時，湘西的匪患特別嚴重，大大小小有二三十萬人，活動非常猖獗，嚴重影響湖南全省的安全穩定，危及新生人民政權。中共湖南省委特別要求：剿匪是當前中心工作的中心環節，不解決土匪問題，任何社會改革、生產建設都無從談起，特別是湘西，剿除土匪更加緊迫和重要。晏福生根據地區形勢和罪情，把湘西劃分為中心區和夾心區，分別進行不同形勢的鬥爭。
在中心區，剿匪工作以武裝工作隊為主，結合發動群眾，殲滅匪首，收盡匪槍；在夾心區，剿匪工作以部隊作戰為主，進行包幹清剿。晏福生指揮第141、139、140三個師發動了剿匪春季攻勢，相繼殲滅了陳子賢股匪、張平股匪、陳渠珍股匪，殲滅股匪1萬多人，解放了乾城、古丈、麻陽、會同、綏寧等縣城。然後，晏福生指揮部隊乘勝進攻，對沅陵、辰溪、淑浦、芷江、懷化、黔陽、永順、桑植、大庸等地區土匪進行了全面清剿，殲滅土匪1.5萬餘人。
晏福生把軍事打擊和政治攻勢相結合，指揮部隊深入群眾，廣泛發動群眾參加剿匪鬥爭。一個"父勸子，子勸父，親勸親，友勸友，妻勸夫，弟勸兄，匪勸匪"的"七勸"運動，在湘西大地轟轟烈烈地展開。群眾的熱情參與使得剿匪鬥爭變成了一場聲勢浩大的人民戰爭。大小土匪魂飛魄散，無處藏身，紛紛束手就擒。為了殲滅盤踞在湘黔邊界的大小土匪，晏福生指揮部隊把800 裡邊界劃分成塊，多路出擊，運用長途奔襲、分進合擊、內外夾擊等多種戰法，橫掃800裡湘黔邊界，殲滅了瞿波平股匪、師興周股匪、"華南反共救國軍第三方面軍"、楊彪股匪等，最終取得了湘西剿匪的徹底勝利。
晏福生將湘西剿匪的戰況向中央作了報告，毛主席審閱報告後批示："在湘西21個縣中殺了一批匪首、惡霸、特務，準備在今年由地方再殺一批。我以為這個處置是必要的。只有如此，才能使敵焰下降，民氣大伸。"此後，晏福生相繼任湖南省政府民政廳廳長、湖南軍區黨委書記、廣州軍區副政委等職，為新中國建設繼立新功。