1628年（崇禎元年），崇禎召見袁崇煥，袁崇煥聲稱自己五年可以平遼，崇禎帝大喜過望，對他大加讚賞。任命袁崇煥為兵部尚書，賜予尚方寶劍。在財政捉襟見肘，內憂外患的情況下，崇禎帝依然命令戶部、工部、吏部、兵部全力配合袁崇煥，錢糧管夠！託付他收復全遼的重任。
袁崇煥也確實是個人才，他曾在天啟年間率孤軍死守寧遠城，先後取得寧遠大捷、寧錦大捷，一時間威震遼東，據說努爾哈赤也是因為被袁崇煥巨炮所傷救治無效而死。之後，袁崇煥遭魏忠賢黨羽彈劾辭官歸鄉，直到崇禎剷除魏忠賢后才被重新啟用。
1629年（崇禎二年），袁崇煥第一次展示了尚方寶劍的威力，他擅自誅殺邊關大將毛文龍。毛文龍是立過不少戰功的名將。其部駐紮在皮島，處在明、後金、朝鮮三方勢力的核心處，戰略位置十分重要。毛文龍死後過了兩年，他的部下孔有德、耿仲明、尚可喜發動了兵變投降後金。這裡有個插曲，孔有德自稱是孔子後裔，但遭到了孔氏家族的堅決反對。他試圖進入孔廟拜謁，被孔子後裔阻擋，孔子家譜也拒絕將其收錄。
袁崇煥曾上疏崇禎說：寧錦防線堅固，皇太極打不破，但是他會以蒙古為嚮導，突破長城，來威脅北京。但是，袁崇煥的兩次上疏，都沒有引起崇禎皇帝的足夠重視，不幸的後果被袁崇煥言中了。
1629年十一月，後金遭遇天災饑荒，走投無路的皇太極兵行險招，親率8萬大軍聯合蒙古騎兵，避開袁崇煥防守的關寧錦防線，繞道蒙古地區，突襲明長城的脆弱隘口，長驅直入進攻北京。大明朝廟堂震驚！崇禎皇帝急令各地軍馬入京勤王。
十一月初二，山海關總兵在遵化遭埋伏，全軍覆沒，十一月初四，皇太極向西急行進軍一百裡，攻陷遷安，威脅永平、撫寧，這個時候袁崇煥已經率領20000關寧鐵騎入關。這裡我們來說一下，「關寧鐵騎」與「漢武帝重裝騎兵」「曹操虎豹騎」「李世民玄甲軍」「嶽飛背嵬軍」被稱為「華夏歷史上五大精銳騎兵」。也是當時唯一一支能與八旗騎兵正面硬剛的部隊。
十一月初七，袁崇煥親自帶著9000騎兵馳入薊州。薊州是橫在遵化與通州之間的屏障，距離北京東郊通州約140裡，袁崇煥想把後金的軍隊堵截在薊州，十一月十四日，皇太極卻悄悄的繞過薊州，而後又繞道通州，直奔北京而去。面對逼近的後金，崇禎已經亂了方寸，在大臣們的反對聲中，緊急啟用了年過七旬的孫承宗處理北京防務。這時共有四個鎮的明軍前來勤王。除袁崇煥駐薊州外，昌平總兵尤世威駐密雲，大同總兵滿桂駐順義，宣府總兵侯世祿駐三河。
為了加強北京城防。崇禎帝下令，在京官員、皇親國戚，帶著自己的家丁到城牆上巡邏守衛。他還讓太監參加守城。同時，命令大同總兵滿桂、宣府總兵侯世祿率兵來到北京德勝門外紮營。 1629年十一月二十日，八旗軍兵臨北京城下。
接著，八旗兵與蒙古兵聯手向德勝門外明軍發起猛攻，侯世祿部潰敗，只剩下滿桂率軍力戰，最終滿桂身受重傷敗退，與此同時，皇太極派莽古爾泰、阿濟格、多爾袞、多鐸、豪格等率軍在廣渠門，迎擊袁崇煥關寧鐵騎。袁崇煥、祖大壽帶著先到的5000關寧鐵騎與八旗兵在廣渠門外大戰幾個小時，後來4000掉隊的騎兵趕到，前後夾擊大敗八旗軍。之後，袁崇煥請求帶兵入城補給修整，遭到崇禎拒絕，只得繼續在北京城外露宿。
此後，皇太極又陸續對廣渠門、左安門發起進攻，始終不能戰勝袁崇煥，他轉而使用反間計，使袁崇煥遭崇禎猜忌。當時，北京城外皇親國戚、勳貴大臣的莊園土地被後金軍蹂躪殆盡，所以他們對袁崇煥極度不滿，也紛紛向朝廷狀告袁崇煥。崇禎派人用籮筐把袁崇煥接到城中進行了逮捕。之後明軍又屢戰屢敗，總兵滿桂戰死，崇禎一度準備撤出京師，被朝臣們勸阻。皇太極見此次南下目的已經達到，沿途劫掠一番，於次年正月撤兵北去。
袁崇煥被捕，祖大壽驚慌失措，立刻逃回錦州。1630年八月，崇禎帝以擅殺毛文龍、通敵賣國等罪名，下令凌遲袁崇煥。京城百姓也認定袁崇煥通敵賣國，紛紛向他吐口水、扔菜葉，袁崇煥被割三千刀，劊子手每割一塊肉，百姓爭搶付錢，買來生吃！袁崇煥家人被流放三千裡，並抄沒家產，但沒有抄到錢財。
此次事件直接造成大明七大總兵戰死，京畿地區的防禦體系遭到重創，兵部尚書、工部尚書、薊遼督師袁崇煥、遵化巡撫等或死或下獄。大明好不容易構建的防線徹底崩潰，元氣大傷。在此戰之前，北京人過了180年的和平生活，戰爭突然降臨，沒有任何準備。守城官兵甚至不知道火器的名稱和使用方法。北京城險些喪於皇太極之手。