定期回顧和評價某一學術研究領域，對該領域的進一步發展有至關重要的作用。1990年代中期以來，不少專家學者已對北美、歐洲、東亞等地區的當代中國研究進行了回顧和總結。這些評估使吾人得以了解不同國家和地區的中國研究領域的整體概況，包括研究與爭論的熱點，研究途徑、研究方法與資料來源的趨勢，學術人力與資源分布的變化，以及這些發展的內在動力因素。由於國家安全與政治經濟發展之迫切要求，臺灣對中國研究的需求一直都很大；然而，臺灣中國研究的成果卻較少被學術社群納入評價和梳理的脈絡。這一現象在英文學術界尤為明顯。要描述臺灣中國研究領域的歷史發展脈絡，一個最佳起點便是掌握過去幾十年來政治大學國際關係研究中心(Institute of InternationalＲelations，以下簡稱「國關中心」)的變化。該機構始建於1953年，是臺灣致力於中國問題和國際關係研究的規模最大的科研機構之一。儘管1990年代中期以後研究人力規模逐漸精簡，但由於眾多臺灣中國研究學者都曾在不同歷史階段在此工作過，國關中心仍被視為學界關係網絡之關鍵核心。如今，政治大學不同系所中以中國問題和國際關係為專業的學者，甚至臺灣其他大學和中研院的學者，許多都曾是國關中心的研究人員。在過去的60年中，國關中心的角色出現較大的轉型，即從一個與其他國立研究機構共同壟斷中國研究並為黨政高層提供政策服務的政府智庫，轉變為在多元的學術和政治市場中追求學術成就和政策影響力的競爭者之一。這一轉型過程實際上反映出臺灣的中國研究從著重政策分析與政治教化，逐漸轉變為以學術研究為主而政策分析為輔的特點。本文擬從三個維度來全面考察國關中心的這一標誌性轉型的歷史進程，即國關中心與國民黨執政當局的關係、中心在編研究人員的教育背景以及中心所出版的學術期刊的採編政策。這三個維度的變化體現了臺灣中國研究領域的若干(無疑並非全部)重要發展，包括獨立於政府主導之外的區域研究的興起、對研究人員博士學位的注重以及學術研究與政策分析的分道揚鑣。在此基礎上，本文更進一步指出，這一總體轉型的內在動力主要源自兩個方面：一方面是學者的代際更替，另一方面則是兩岸關係的改善與臺灣自身的政治變遷進步和教育發展。這些因素也重塑了臺灣的中國研究領域。本文共分為六個部分。第一部分集中回顧1950年代至1980年代中期臺灣中國研究的總體特徵；第二部分側重於描述國關中心在同一時期作為政府智庫的崛起進程；第三部分專注1980年代中期至1990年代中期，臺灣的政治變遷及中國研究領域學者的代際轉換；第四部分討論由同一時期政治環境和教育背景的變遷引起的代際及政治矛盾；第五部分總結1990年代中期至今臺灣中國研究領域的新特點以及國關中心所面臨的挑戰；第六部分為結論。
要考察過去幾十年國關中心不斷轉換的角色，首先要回顧臺灣中國研究的發展階段。這有助於吾人理解該中心在不同歷史時期面臨的政治與教育環境，及其隨環境變遷而做出的調適。本文以學者的代際更替以及重大政治和學術事件為標準，將臺灣中國研究的發展劃分為三個歷史階段，即「匪情研究」階段(1950年代初～1980年代中期)、「中共研究」階段(1980年代中期～1990年代中期)、「當代中國研究」階段(1990年代中期至今)。某一領域學者的代際變遷往往會帶來該領域研究範式的轉換，包括研究的任務、熱點、方法、資料來源以及成果評價標準各方面的變化，因此是極佳的分界點。政治和學術事件也對發展階段之劃分有著重要意義，因為它們能引發或加速上述範式轉換的進程。不過，由於學者的代際更替是漸進且相互交織的過程，政治和學術環境的變化亦具有延續性，本文的階段劃分只是相對而非絕對。
在「匪情研究」階段，臺灣中國研究的首要特徵便是「官學」，這主要是因為它涉及大量官方情報。當時中國研究被賦予了「對匪鬥爭」、敵情分析以及內部政治教育的政策需求，與今日之學術研究大相逕庭。在上述政策需求的指導下，這一階段的研究議題主要集中於中共政治精英及其他政治問題上，但也部分涉及了經濟、文化、教育、共產主義理論、中共黨史以及解放軍等議題。
在這一歷史時期，只有特定的黨政機關才有權限閱讀來自中國大陸的文件和資料，並開展相關政策研究，一般百姓則被禁止從事此類研究。這些黨政機關包括「國家安全局」、「調查局」、「軍事情報局」以及中國國民黨中央委員會第二組、第六組。其中，後兩者在1972年被合併為大陸工作會。
這一時期從事中國研究的學者往往被冠以「匪情專家」的稱謂。這些專家由兩部分人構成，一部分是投降的前中共高級幹部，一部分則是1949年以前長期與中共進行鬥爭的國民黨幹部。他們往往都供職於上述黨政機構。儘管缺乏社會科學方法的系統訓練，這些專家卻是經驗豐富的實務工作者。他們擅長情報分析，也相對成功地正確理解及預測了中國大陸的重大政治事件。在研究方法上，這一時期的中國研究專家主要閱讀情報資料、大陸逃難者訪談記錄、官方文件及其他大陸出版物(如期刊、新聞報導、廣播和圖片)、訪問大陸歸來之觀察報告以及來自其他國家的各種信息。
由於這個時期的中國研究是以政策為導向，相關出版物的發行受到嚴格限制。在1950年代的時候，上述專家的分析報告極少能公開流傳。他們的一些分析報告集中見諸中國大陸或比較共產主義研究的少數刊物，包括《中國大陸月刊》、《匪情研究》、《問題與研究》、Issues＆Studies、《匪情月報》及《共黨問題研究》。這些期刊發行年份雖然不同，但都是由執政的國民黨中央或前述提及的三大情治機構負責。
在這一時期的後半段，急劇變化的國際局勢動搖了臺北當局作為「全中國唯一合法政府」的國際地位，漸漸削弱了強調「反共必勝、暴政必亡」的「匪情研究」範式。來自國際局勢的挑戰包括1971年臺北當局退出聯合國，1978年鄧小平在中國大陸推動經濟改革，1979年美國與中國大陸正式建交，以及1979年中國大陸實行以「和平統一、一國兩制」為核心的對臺新政策。為了提高臺北當局的國際影響和民眾對中共政治宣傳的理解，臺灣的中國研究逐步增加了公共透明度。因此，國關中心在1970年代積極地加大學術「外交」的力度，本文第二部分將重點討論之。1970年代中期，國關中心的研究人員逐漸承擔起臺灣大學、政治大學以及其他高校的大陸研究課程，目的是加強「意識形態教育」和「熟知敵情」。
1970年代之後，「匪情研究」的範式面臨了更多挑戰。面對著本地和國際學者的質疑，「匪情」專家們從1970年代初開始解說他們的研究方法，以便為其分析的成果進行辯護。美國的中國研究學者多半具備較強的社會科學背景，且其研究中保持價值中立之態度，故常質疑「匪情」專家的分析。造成質疑的原因部分是由於這些專家在描述中共時使用了過多負面情緒的反共術語，部分則是基於他們缺乏基本的社會科學方法訓練。作為對此質疑的回應，郭華倫——「匪情」專家中的指標性人物——將他們常用的研究方法定義為「分析、歸納、演繹、比較、及歷史方法」之交互使用，同時輔以辯證的方法。
然而，這些努力始終無法阻止該研究範式的式微。美國與中國大陸於1979年正式建交之後，雙方籤訂了文化及學術交流協議。因此，美國學者可以直接前往中國大陸進行實地調研，但臺灣學者卻無法享受相同的機會。這一變化迅速降低了美國學者對臺灣中國研究的依賴程度，導致二者在研究方法和信息來源上產生更大的差異。隨著1980年代的到來，一些曾經留學美國並接受社會科學方法訓練的臺灣政治學家開始質疑「匪情」專家的研究方法。1982年6月，《時報雜誌》發表了郭華倫的一篇題為《中國大陸問題的研究方法》的文章，並在同年7月召開了一次以中國研究的研究方法為主題的研討會。同年9月，林澤民在相同的《時報雜誌》發表一篇題為《中共研究的方法與模式》的文章，批評郭華倫所說的「分析、歸納、演繹、比較、及歷史方法」，事實上僅僅是傳統的「歷史研究方法」。此輪對話即是「匪情」研究範式式微的具體實例。
國關中心的崛起具體反映出「匪情」研究階段的政策屬性。首先，國關中心本身就與官方有密切關聯，它的成立以及隨後35年的成長史均受惠於蔣介石和蔣經國的直接支持。1953年4月中心成立之時，事實上就是一個直接受命於蔣經國的情治機構，內部稱「總統府資料組」或「遠廬研究室」，「前駐韓大使」邵毓麟擔任中心第一任主任。1954年，前中共黨員、蔣經國的好友卜道明繼任主任一職。1955年，「國家安全局」成立，中心遂改稱「國安局」政策研究室。鑑於兩機構之間的隸屬關係，國關中心在重大決定與活動之前均需獲得「國安局」之批准。政府甚至直接安排特定人士到中心擔任要職。在這一時期，中心設有顧問委員會，委員包括「外交部長」「教育部長」「行政院新聞局局長」政治大學校長等要人。委員會每年都會討論並商定中心的主要研究任務，而「行政院」則據此撥款以支持這些任務的開展及實施。
在國關中心1996年正式併入政治大學以前，其主要功能和職責便是向政府，尤其是向蔣介石和蔣經國提供有關中國大陸和國際政治的時事分析和政策建議，並積極參與國際交流，宣傳臺灣對中國大陸的態度和看法。另外，中心也為知名學者從政提供了跳板，尤其在1980年代到1990年代這段時間。1972～1975年杭立武在其中心主任的任職期間設立了經濟與外交兩個小組，這一舉措堪稱國關中心政策建言功能的典型案例。每小組每一周或兩周召開一次會議，並向蔣經國提交一份政策報告。兩年後(大約在1974年)，蔣經國告訴杭立武，經濟組提出的政策建言中有95%都被政府採納。事實上，經濟組的影響力使得不少高階財經官員在「行政院」院務會議上批評該小組越權。相比之下，外交組的影響力似乎弱於經濟組，主因是當時蔣經國最為緊迫的憂慮是如何使臺灣擺脫1973年石油危機的衝擊。即便在這種情境下，外交組至少在兩大問題上為當局提供了政策建言，即拒絕發展核武器和拖延美國與中國大陸正式建交進程。1975年，杭立武解散了上述兩個小組，建議蔣經國將國關中心名義上劃歸政治大學管轄，同時辭去主任一職。隨後，該職位由職業外交官蔡維屏繼任，直至1981年。
國關中心也向黨政高層遞交上呈報告，供其內部傳閱。這一機制源自蔣介石1950年代對中心的指示——要協助領導層系統地閱讀海外資料並向領導層遞交有關海外或中國大陸重要時政事件的分析性報告和建議。由於缺乏必要的透明度，本文尚無法全面評估這一機制的貢獻，但就目前可見的文獻而言，中心在有關中國大陸的重大外交軍事行動和政治變革等問題上的確做出了正確的預測。例如，國關中心的郭華倫曾在公開場合預測中國大陸將會參與1950年的韓戰，以及四人幫和華國鋒將在1970年代末毛澤東去世後下臺。國關中心也積極參與1960年代末臺灣學者集體譴責「費正清倡議」的活動，同時也為執政的國民黨高層提供內部演講。
除此以外，國關中心還以各種方式參與學術外交與政治教化等活動。由於臺北當局越來越難以維持其「代表全中國」的國際地位，國民黨遂向中心下達任務，使其變為學術「外交」的主要渠道。1958年2月，國關中心獲得非政府組織的法律地位，這使得情治圈之外的學者得以參與政策諮詢活動。1966年1月，國關中心開始肩負資料中心的職責，為美國學者提供中共官方文件(有時也包括情報資源)的英譯稿。1967年1月，國民黨中央決定將國關中心定位成官方唯一授權之中國研究領域的國際學術交流中心。1964～1972年期間擔任主任的吳俊才在這個過程中發揮了至關重要的作用。國關中心從功能到組織的擴充提升了該機構本身的政治影響力，明顯蓋過臺灣其他情治機構。
為了更好地實現上述功能，國關中心在這一時期出版了大量有關中國大陸的出版物，經典作品包括1967年出版的《中共名人錄》和1969年出版的《中共史論》，英文版《中共名人錄》也於1970年出版。在1970年代末以前，有關中國大陸的一手資料極為稀少，這些作品有助於外界了解中共歷史和政治精英。1971年，國關中心在東京設立分支機構，以便搜集有關中國大陸的資料和進行情報交換。然而，由於這一時期中國研究之「官學」性質，海外的訪問學者要先得到中心圖書館的允許方能複印相關材料。即便是中心在編的研究人員想複製自己的論文，也會受到嚴格限制。
大型的國際會議和論壇為國關中心提供了另一個推動學術外交的平臺。中心分別與不同國家的智庫合作舉辦了一系列年度會議，如自1970年始與美國智庫合作，自1971年始與日本智庫合作，自1980年始與韓國智庫合作，自1984年始與歐洲智庫合作，儘管這些機制近年逐漸喪失了政策建言的功能，象徵意義大於實質意義，但在當時而言，這些都是臺北當局「外交」活動的構成部分。例如，舉辦有關中國大陸問題的大型會議是國民黨最後一次向國際社會發出的宣傳攻勢。藉助此種平臺，臺北當局展示了其搜集有關中國大陸情報資料以及表達自身看法的能力。類似的另一實例則是臺北－首爾論壇。尤其在1992年雙方斷絕正式外交關係之後，該論壇作為臺北當局和韓國政府之間的一個非官方對話平臺，承擔了部分政策功能。2004年，臺灣與韓國之間恢復直航可被視為雙方在該論壇持續對話數年之成果。
除了上述大型會議之外，國關中心也經常在其他國際場合闡述臺北當局對中國大陸的態度和看法。例如，1985年，時任中心主任的邵玉銘出席大西洋委員會的一次會議，提交了一篇有關臺灣未來的論文，另外還向國際政治學學會的年會提交了一篇有關臺灣的中國政治學學會在國際政治學會的會員資格的報告。中心也經常性地派遣在編研究人員到海外參與各類會議、科研及訪問項目，同時也招待海外學者、政治家及記者來臺訪問。
期刊也是國關中心發揮功能的重要工具。在卜道明的主任任期內(1954～1964)，中心推出了三本重要期刊，即1956年發行的《問題與研究》、1958年發行的《匪情月報》以及1962年發行的Issues＆Studies。這些期刊直到1960年代才開始接受投稿，而直到1980年代末才經常刊登學術界的投稿。由於這三本期刊當時是以政策分析為主要目的，故刊登的文章都必須附和國民黨的反共和反「臺獨」政策，文章的發表也不必經過雙向匿名審查程序。
1968年，經蔣介石授權，國關中心與政治大學共同創辦東亞研究所——臺灣首家以中國大陸研究為主的研究所——目的是培養年青一代的中國研究學者。國關中心與東亞研究所之間的交織關係最明顯地體現在吳俊才身上。他於1964～1972年間任國關中心主任，同時也於1968～1972年間任東亞研究所創所所長。1968年，東亞研究所開始招收碩士研究生，主要培養中共黨史、辯證法、意識形態以及國際共運等領域的人才。在這種課程訓練下，該所培養的學者都具備較強的解讀中共官方文件的能力。國關中心為東亞研究所提供授課教師、研究經費及其他相關服務，這使得東亞研究所與「國安局」之間發生了關聯。最後，國關中心每年都會延聘東亞研究所畢業生擔任其研究人員，這一制度安排一直延續至1990年代初。
1975年7月，蔣經國決定將國關中心名義上劃歸政治大學管轄，但實際上仍獨立運作。這一舉措旨在衝淡中心與「國安局」的關係，使其更加便利地開展學術「外交」。雖然中心仍從「國安局」獲取經費，並與黨、政、軍各類情報機構聯合開展研究，但它已不再是「國安局」政策研究室，中心的非研究人員也逐步歸建「國安局」。國關中心與「國安局」維持緊密聯繫直至1996年中心完全併入政治大學。
在1980年代中期～1990年代中期的中共研究階段，臺灣的中國研究與國關中心都經歷了較大的轉型，即完成了從政策分析向學術研究的過渡。雖然有些學者延續之前的政策分析，但有些學者逐漸在不受政治幹預的氣氛下展開學術研究，而後者的研究成果也與既定的「反共必勝、暴政必亡」結論漸行漸遠。隨著歷史進程的腳步，這一分野也變得越來越明顯。除了上文提及的國際變化之外，學者本身的代際更替、海峽兩岸關係之解凍、臺灣地區的民主化以及政府科研及教育政策之變革，均對這個領域的轉型產生了影響。
在本階段，中國研究領域的學者發生了第一次代際更替。1981年，東亞研究所開始招收博士研究生。1980年代中期，這批博士生相繼畢業，並陸續供職於臺灣和國外的高校與科研機構，其中就包括國關中心。從東亞研究所——當時臺灣唯一一家開設中國研究博士班的機構——畢業的博士生逐漸成長為臺灣中國研究領域的主力軍。如今，他們中的大多數仍活躍於學界、媒體及政策界。一些從東亞研究所碩士班畢業進而出國深造獲得博士學位的學者也加入這一主力軍中。此次代際更替最顯著的特徵便是博士學位的強烈需求。1994年《大學法》修正案公布施行，要求助理教授崗位任職的首要條件便是必須擁有博士學位，進一步強化了這種人事招聘的趨勢。同一時期，年長的「匪情」研究專家們或因退休或因自然死亡亦逐漸開始退出現職。
這一歷史階段也伴隨著兩岸關係及臺灣政局的急劇變化。1981年7月16日，國民黨中央大陸工作委員會主任白萬祥宣布，即日起臺灣官方將在公共場合以「中共政權」指代中國大陸，不再使用「共匪」等貶義詞彙。1987年10月，臺北當局開放民眾到大陸探親，事實上結束了傳統的「三不政策」(不接觸、不妥協、不談判)。兩岸日益頻繁的接觸帶來了更多來自中國大陸的信息，打破了國關中心和其他官方機構對中國研究的壟斷局面。
這種發展進步無疑對臺灣中國研究的議題、方法及作品產生了深遠影響。隨著中國大陸改革開放進程的推進，該領域的研究議題變得更為多元。在傳統的政治議題與人物研究以外，有關社會經濟變遷的議題——如國企改革、社會分層、鄉鎮企業、基層政治等——開始受到重視。這不僅擴大了中國研究領域的範圍，也促使該領域邁向典型的區域研究。
同時，年青一代的學者比他們的前輩顯得更頻繁、更廣泛地使用公開資料。得益於中國大陸的改革開放，學者獲取信息和資料的環境相對而言比先前寬鬆了不少，渠道也逐漸變得多元，依賴情報的程度隨之大幅降低。儘管社會科學方法的重要性日益提升，但研究者在中國大陸的經歷及人際互動仍發揮著重要作用。不過，由於缺乏「匪情專家」那種與中共精英直接接觸的經歷，年青一代學者無法繼續使用前輩們曾經的方法來開展自己的研究。於是，對他們的研究而言，各種不同的信息和資料來源遂變得至關重要。
在這一歷史階段，臺灣經歷了因民主化而來的政治動蕩。1988年1月蔣經國逝世後，李登輝旋即繼任「總統」一職。他在鞏固權力的過程中，面臨國民黨內部諸多政治挑戰，如1988年繼任國民黨主席、1990年國民黨提名正副「總統」候選人以及1996年的「總統」選舉等政治事件均顯示出這種挑戰的嚴峻性。國民黨派系紛爭對作為政府智庫的國關中心產生了深遠影響，本文下一部分將對其展開詳細論述。
1980年代中期～1990年代中期，國關中心在其與當局的關係、研究人員的教育背景以及主要期刊的採編政策方面都出現急劇變化。首先，國關中心在1996年徹底與「國安局」脫離組織聯繫，完全併入政治大學，標誌著智庫角色的終止。1988年蔣經國逝世後，國關中心曾將智庫角色延續了幾年，為李登輝提供時政分析和政策建言，也仍舊展開學術「外交」。李登輝與中心之間的關係可追溯至1970年代初，他在1985～1989年這段時期至少三次造訪過中心，還曾要求中心每周遞交一份有關中國大陸和香港的最新政經趨勢的報告。中心的一些學者如張京育、林碧炤、蘇起、畢英賢、趙春山、曾永賢、吳安家等都曾加入為李登輝提供政策諮詢的研究小組。事實上，當李登輝在1980年代末任「副總統」時，張京育曾負責為李組織智囊團，林碧炤則在1990年代中期為李組織過一個新的智囊團。李登輝也曾試圖擴充並加強研究中心的實力。因此，當李登輝在1990年把中心譽為其四大智囊團之一時，人們也就不足為奇了。此外，國關中心的五位主任和副主任(包括張京育、邵玉銘、林碧炤、吳安家和蘇起)後來都成為國民黨的黨政要員；類似的，李的愛將如曾永賢也被安排到中心做研究人員。
然而，國關中心在1990年代卻失去了李登輝的政治信任。隨著國民黨內一系列的嚴重分裂，以及李登輝1990年代中期以後大陸政策的改變——即從國民黨傳統傾向於兩岸統一的觀點轉變為傾向獨立的觀點——中心與他漸行漸遠。其時，中心多數研究人員(並非全部)持反對「臺獨」之觀點，進而在國民黨內選擇支持李登輝的政敵。例如，周玉山曾是國民黨內非主流派的一員，並長期擔任1990年代李登輝在國民黨內的政敵郝柏村的秘書，他在促成郝柏村與林洋港合作參與1996年「總統」選舉中起到了一定作用。一些研究人員甚至積極主動地參與到選舉中。1991年6月，「行政院長」郝柏村到研究中心視察工作，數月後，「國安局」就把研究中心視作全部為非主流派支持者之單位。隨後，李登輝與中心大多數研究人員分道揚鑣，儘管他延聘了多位中心主任和副主任擔任擁有實權的黨政要員。與之相應，國關中心沒有參與李登輝1996年有關「戒急用忍」政策和1999年有關「特殊國與國關係」表述的決策過程。國關中心在李登輝眼中地位下降也可通過國家政策研究中心和臺灣綜合研究院的成立找到佐證。這兩家私立智庫分別成立於1989年和1994年，它們在李登輝制定其1990年代的政治改革和大陸政策的過程中發揮了重要作用。
除卻1980年代末至1990年代中期的政治動蕩，臺灣高校對教師海外留學經歷和博士學位的重視也對國關中心產生長遠影響。臺灣教育環境的變化間接地影響國關中心最終於1996年選擇脫離了與政府的組織聯繫。國關中心於1980年代中期以後開始定期招聘海歸博士擔任研究人員，而這一招聘政策的改變始於邵玉銘。1984年，超過50人的研究隊伍中僅有9人擁有博士學位。為了提升中心的研究質量，邵玉銘邀請35位大學教授擔任特約研究員，並將招聘範圍擴大至有海外留學背景尤其是在海外獲博士學位的學者。
根據1996學年度的研究人員資料，1985～1995年這十年間，國關中心共招聘21位海歸博士、2位臺灣本土培養的博士。同一時期，12位在被聘用時暫未獲博士學位的研究人員中，有4位以留職停薪的方式獲取了博士學位，其中3位到海外大學攻讀學位、1位在臺灣本土大學就學(參見附表1)。這一人員構成與1984年以前的情形有很大不同。一如表1所顯示，1962～1984年，僅有2位研究員在被聘用時已擁有博士學位，另有12位則是在1980年代中期以後以留職停薪的方式獲得的，學位授予單位均為東亞研究所。其餘33位研究人員在退休前始終沒有博士學位。事實上，自1995年開始，是否擁有博士學位已成為國關中心招聘研究人員之首要條件。同一年，中心也首次以全公開方式進行招聘。
臺灣民主化進程中的政治鬥爭與國關中心研究人員教育背景的變化，共同導致了1990年代初有關中心法制化的紛爭。在中心與當局的關係及中心對李登輝路線的政治態度等問題上，研究人員內部逐漸發生分歧。1994年2月，19位研究人員前往「立法院」請願，希望將中心完全併入政治大學，其目的在於使前者脫離官方之直接控制。這一舉動與中心主任林碧炤向「總統府」和「行政院」遞交的其他方案大異其趣。這批上街請願的研究人員大多數是1985年後就職於中心的海歸博士。在此種大背景之下，應李登輝之邀，邵玉銘於1994年再次擔任主任一職，稍後最終決定支持中心完全併入政治大學的方案。
1996年正式併入政治大學之後，國關中心成為校屬院級研究機構，與其他學院如社會科學學院等機構享受同等地位。這一舉措在國關中心與政治大學的關係上直接產生了兩大後果。一方面，研究中心主任改由政大校長揀選及任命，政府失去了對中心主任的任命權。中心主任一職在行政序列中的級別也由原先的簡任14職等(與政大校長級別相同)降為簡任12職等。另一方面，中心研究人員之招聘與晉升也必須遵循政大教師評審規定來執行，事實上剝離了中心主任原先享有的人事任免權。此外，所有研究人員和行政職員的姓名均公開列於政治大學1996學年度的教職員通訊錄，這在國關中心1975年名義上劃歸政治大學管轄以來尚屬首次。
研究中心主要期刊的採編政策也在「中共研究」時期經歷了重要變革。鑑於兩岸關係新發展與臺灣民主化進程，早年的中國研究期刊也隨著政治環境的變遷更換新名稱。例如，在邵玉銘的決定下，原《匪情月報》自1985年7月出版的第28卷第1號起更名為《中國大陸研究》。除更名以外，更重要的改變則是期刊均採納雙向匿名審查制度。1990年代中期以前，臺灣出版的各學術期刊大多未採納這種同儕評審機制。例如，國關中心主要期刊的審查機制在很大程度上只是一種形式，一般都由各所所長及資深研究員來審讀稿件並決定是否發表。在舊有審查機制中，研究中心以外的學者只發揮很小甚或沒有作用。由於「國家科學委員會」要求提升臺灣學術期刊之質量，應臺灣大學教授朱雲漢(1994～1997年擔任「國科委」政治學門召集人)之請，中心於1990年代中期決定建立真正的匿名審查制度。匿名審查制度的實行使文章發表周期延長，這對於講求時效性的時政分析類文章造成不利影響。換言之，雙向匿名審查制度的建立直接導致學術研究與政策分析之進一步分化。
經歷了1980年代中期～1990年代末的重大轉型後，臺灣的中國研究進入了「當代中國研究」的歷史階段。在這一階段，臺灣的中國研究已經完全轉型為學術領域，政府不再從政治上主導其研究議題、資料來源、研究方法以及成果產出。此種轉型所帶來的一個自然後果便是該領域的多元化。
本階段的中國研究呈現如下一些特徵。首先，學術研究與政策分析之間的明顯分化。儘管學者可以提供政策諮詢，可以在以政策分析為主的期刊上發表時政文章，也可以承接政府委託的政策研究項目，然而專業職稱的晉升主要基於學術成果的正式發表。相比之下，那些在政府機構中任職的政策分析者常常發覺在學術期刊上發表文章是艱難之事，造成這種現象的原因主要是學術期刊普遍採納了匿名審查機制。典型案例便是《中國大陸研究》自1999年以來再未刊登過就職於政府機構和政黨的專家所撰寫的文章。此外，學者並非只和政府機關打交道，研究議題也不限於政策領域。這表明，學者並非僅為服務政府而存在。
其次，區域研究與學科研究在中國研究領域的交融。中國大陸的崛起吸引了眾多政治學家、經濟學家以及社會學家的關注。這些學科的期刊開始發表與中國大陸及兩岸關係相關的文章。高校裡越來越多的學生開始選擇與中國大陸相關的問題作為其論文選題。與此同時，中國研究領域的期刊也收到來自不同社會科學背景的學者的投稿。這一變革顯示出臺灣的中國研究已是區域研究(area studies，強調對某國或某地區的全面深度理解)與多種學科交織而成的綜合研究領域。學者們可應用所屬學科之範式來進行研究，參與理論對話和發表成果，添增中國研究領域的多樣性與專業性。在這一時期，諸多大學相繼開設了中國研究課程。此外，頻繁召開的學術會議也為兩岸的學者提供了充分的交流機會。
最後，研究議題和方法變得更為多樣，且該領域之發展受到高等教育政策而非政治因素的影響。就研究議題而言，中國研究從專注於高階政治(high politics)研究轉變為同時關注高階政治和低階政治(low politics)。然而，政治及精英研究的重要性下降，逐漸讓位於社會、經濟、外交及安全等議題。尤其是人事議題不再是這個領域的急需議題，極少有學者投入資源和精力。就研究方法而言，得益於逐漸寬鬆的旅行條件，諸多臺灣學者前往中國大陸進行實地調研。學者們也開始建立資料庫或利用前人已積累的資料，進行大樣本的跨時研究。因此，儘管大多數文章仍是質性研究，但本階段的研究成果已經兼具質性研究與量化研究之特徵。
同時，期刊引用體制、大學系所評鑑以及邁向頂尖大學計劃等高等教育政策對中國研究的成果產出也產生長遠影響。例如，1999年6月，「國科委」社會科學研究中心開始建立「臺灣社會科學引文索引資料庫(TSSCI)」，並於2000年10月公布第一批被引文資料庫收錄之期刊名錄。隨後，資料庫收錄之期刊與「社會科學引文索引(SSCI)」收錄之期刊逐漸成為大學教授——尤其是那些任職於邁向頂尖大學計劃內的高校的教授——職稱升等及科研獎勵的重要參數(當然並非唯一參數)。
臺灣社會科學引文索引的創建直接導致臺灣社會科學學術期刊排名的變動。一些與中國研究或國際關係有關的老牌期刊如《問題與研究》、《中國大陸研究》和Issues＆Studies等迅速調整並適應了新的學術環境，成功地由政策分析刊物轉型為學術期刊。另一些老牌期刊如《中共研究》和《共黨問題研究》(2003年1月更名為《展望與探索》)等延續(或部分保留)原有政策分析導向之後，在吸引研究型大學學者稿件上面臨困難。另一些未能直接名列TSSCI名錄的期刊也遇到吸引足量高質量稿件之挑戰，《東亞季刊》便屬此類。該刊遂於2004年更名為《東亞研究》，並改季刊為半年刊。大學系所評鑑和邁向頂尖大學計劃的實施更進一步鞏固了上述發展趨勢。在SSCI或TSSCI收錄的期刊上發表成果從而常被用為評估學術成就的重要參數。
本階段的最後一個特徵是新一輪學者代際更替的出現。1990年代中期以後，諸多專攻中國研究的海歸博士陸續回到臺灣，並任職於主要公立研究機構和大學。這批學者大多出生於1960年代以後；相比之下，1990年代中期以前回臺灣發展的海歸博士大多出生於1950年代或更早。以國關中心為例，1995年以前入職的研究人員中僅有兩位屬於1960年代生人，然而1998年以後入職的學者均為1960年代或1970年代生人。這批人構成了臺灣新一批中國研究學者，但他們的回歸也使得本土培養的博士面臨更大的求職壓力。當然，東亞研究所繼續為中國研究領域培養博士生。因此，我們可以說，臺灣中國研究的此次代際更替主要由海歸博士們推動，而東亞研究所畢業的博士們則起到次要的推動作用。
在描述完本階段臺灣中國研究的基本特徵之後，接下來本文將重點關注國關中心的發展。1996年研究中心完全併入政治大學以後，就剝離了與政府的各種關聯。然而，2001年7月18日，時任中心副主任吳釗燮帶領幾位研究人員向時任「總統」的陳水扁簡報中國大陸內部情勢。「總統府辦公室」簡報指出，據該報告分析，中共面臨著諸多嚴重挑戰，並處於「亡黨亡國」之危險境地。這篇報告招致中心其他研究人員的批評，使得中心決定，日後在未得到中心批准之情況下，禁止個別研究人員以中心名義提出政治敏感的政策報告。經過此事，中心的研究人員只能以個人名義提供政策諮詢。至此，國關中心必須在一個民主化及多元的社會中，與其他機構一起在研究成果和政策影響上展開競爭。截至目前，國關中心之努力僅取得部分成效，這主要是政治大學對中心在大學中地位的猶豫態度，並對中心研究人員的年輕化缺乏強力支持。
在本階段，國關中心繼續延聘新近畢業的博士——尤其是海歸博士——這一舉措使得中心研究人員中擁有博士學位者的比例顯著提高(參見附表2)。然而，2004年政治大學校方做出了縮小中心規模之決定，使得中心欲使研究人員年輕化之努力受到重挫。2003～2005年的短短三年時間，在1996～2002年期間入職的助理研究員有近80%從中心離職。具體而言，7位擁有海歸博士學位的助理研究員轉往其他大學(科研機構)或政治大學其他系所任職，而僅有1位海歸博士和1位本土培養的博士繼續留任。由於這批青年學者大多數都是中國研究專家，因此他們的離去嚴重削弱了中心在該領域的比較優勢。更嚴重的是，政治大學沒有及時同意國關中心補充新血，使得後者極難從流失年輕研究人員的困境中復原。2003～2007年，中心僅招聘兩位年輕研究人員入職。
本階段，中心主辦的三本以中國研究和國際關係為主要內容的重要期刊——Issues＆Studies、《問題與研究》以及《中國大陸研究》——將其出版頻率由月刊改為雙月刊，繼而改為季刊。毫無疑問，1990年代中期以後，逐漸制度化的匿名審查機制提升了學術期刊所發文章的質量，但嚴格且耗時的匿名審查造成稿件的高退稿率，進而使得可供刊登的文章數量大幅下降。針對此趨勢，學術期刊也相應調低了出版頻率。具體而言，Issues＆Studies自1999年1月第35卷第1號起改為雙月刊，進而於2002年1月第38卷第1號起改為季刊。《中國大陸研究》自2002年1月第45卷第1號起變為雙月刊，進而自2004年1月第47卷第1號起變為季刊。《問題與研究》也步其後塵做了類似調整——即2001年1月第40卷第1號變為雙月刊，2007年1月第46卷第1號變為季刊。
與此同時，這些重要期刊在進入21世紀後也比先前變得更為開放，主要體現為所發文章的作者越來越少地局限於國關中心的研究人員。例如，1985～2012年，中心研究人員在《中國大陸研究》發表文章的比例顯著下降。一如表1所示，1985～2002年期間，中心研究人員佔《中國大陸研究》文章作者之年度比例均高於50%，然而2006年以後，該比率則降至20%或更少。同一時期，其他大學及學術機構的作者所佔比例則保持在50%以上。
隨著時間的流逝，國關中心在臺灣中國研究中的代表性日漸降低。國關中心角色的變化具有很大的歷史意涵，因為它顯示了臺灣中國領域的去政治化、擴散化以及多元化。在過去的60年中，國關中心經歷了巨大的轉型，從一個政府智庫逐漸轉變為追求學術成就和更大政策影響的競爭者之一。在這一過程中，國關中心剝離了與官方的各種關聯，招聘了諸多年輕博士以推動研究人員的代際更替，調整了中心主要學術期刊的採編政策。研究中心在上述幾個維度上的轉型是相當成功的。
同時，中國研究領域本身也經歷了深刻的變遷，其方向可簡單總結為去政治化、擴散化以及多元化。去政治化指涉該領域研究任務的變遷——即從服務政治到獨立於政府政策需要以外的學術研究。擴散化顯示了臺灣中國研究經歷的從較為封閉的「官學」向沒有政治限制的開放研究的轉型。例如，中國大陸之崛起吸引了更多不同學科背景的學者進入這一先前被受區域研究訓練之學者所佔據的領域。多元化意味著研究議題(高階政治或低階政治)和研究方法(質性研究或量化研究)均隨時間發展變得越來越多元的情形，而區域研究專家與具有較強學科背景的學者們的共存也是多元化的重要表現。
導致國關中心和整個中國研究領域沿此軌跡發展的推動力在每個階段各不相同。從1950年代初至1980年代中期，變革的動力完全來自臺灣內外現實政治之需要。諸如對抗「共匪」和保持臺北當局「國際地位」等現實政治需要決定了國關中心作為政府智庫的崛起，也牽引著當時中國研究領域的發展。換言之，國關中心在臺灣中國研究中的代表性反映出本階段中國研究領域的政策導向屬性。
1980年代中期至1990年代中期，變革的推動力主要包括臺灣政治和教育環境的變遷，尤其是前者。政治方面的發展包括民主化、國民黨內部派系紛爭以及兩岸關係緩和，而教育方面的發展則體現在學者的代際更替和對博士學位(尤其海歸博士學位)的逐漸重視程度上。面對這些挑戰，國關中心在重新定位其新角色和功能的過程中，自身也經歷了內部之政治紛爭和代際更替。同時，中國研究領域逐漸變為一個具備自主和多元特徵的學術領域。故本階段可被視為從政策分析向學術研究的過渡階段。
從1990年代中期至今，教育因素超過政治因素成為推動變革的主要力量，這主要因為國關中心和中國研究領域均不再受來自政府的政治幹預。例如，學術期刊的匿名審查制度、TSSCI收錄期刊名錄、大學系所評鑑以及邁向頂尖大學計劃等政策在其中起到了重要的作用。政治大學的諸多決定——如分配給研究中心的年度招聘額度以及縮小研究中心規模之決定——也在相當程度上影響著國關中心的發展。
在本階段，中國研究領域總體上已具備學術化特徵，然而，國關中心則仍處於轉型泥沼中。儘管部分研究人員在政策諮詢或學術研究(或在此兩方面)均有不俗表現，剝離政府智庫功能之後的國關中心仍不能穩健提升整體的研究數量和質量。政治大學至少應部分為中心此種尷尬境地負責。2004年，政治大學校方做出縮小研究中心規模的決定。這不僅直接減少了中心的研究人力，而且對其成果產出和組織轉型造成長期的負面影響。截至目前，研究中心尚未從十年前的年輕研究人力嚴重流失中恢復元氣。
國關中心近期的首要任務是，通過招聘更多優秀的青年學者，加速其研究人員之代際更替，並為這些學者提供穩定及舒適的研究環境。若能如此，隨著這批學者在各方面的成熟，國關中心也將進入一個新的黃金時代。此外，國關中心也需要重新審視目前施行的績效評估機制和資源配置，以鼓勵學者們以不同語言和形式產出更多的學術成果。最後，國關中心與政治大學其他系所之間在教學與研究上的合作應該得到加強。如果中心能得到政治大學方面的鼎力支持，完成此三項任務則不是難事。若國關中心尚有餘力，則可規劃一個以自願參加為基礎的政策諮詢機制，作為學術研究以外之次要目標；藉助該機制，無論是中心研究人員還是政治大學或其他大學的教師均可以向政府或外界提供建言，提升中心與政治大學之社會影響力。