在晚清時期，出現了很多稀奇古怪的事，比如一名封疆大吏，竟然莫名其妙的被刺殺。其實慈禧太后知道誰是真正的幕後兇手，但由於沒有確鑿的證據，而且對方位高權重，不是慈禧太后想動就能動的，所以這件案子最終也就不了了之了；時至今日，仍然有很多人對這件案子猜測不已，這就是清末時期赫赫有名的「刺馬案」。
之所以叫「刺馬案」，不是說一匹馬被殺了，而是因為被殺的那人姓馬，他的全名叫馬新貽。馬新貽早年曾考取進士，後在平定太平天國和捻軍期間立下赫赫戰功，加上翁同龢和袁甲三（巔峰時期提督八省軍事）大力提攜，故而在官場上一路平步青雲，先後任安徽按察使、安徽布政使、浙江巡撫、閩浙總督等。
但奇怪就奇怪在，馬新貽在剛升任閩浙總督不久，就馬上調任兩江總督，兼通商大臣。這明顯就很不合理，而更不合理的地方在於，在馬新貽之前，兩江總督是湘軍領袖曾國藩，但曾國藩卻被突然調往京城，擔任直隸總督；而且這馬新貽上任後即上奏疏說：「我治下的兵馬都很虛弱，不足以保境安民。請準許我在各營則選營兵二千五百人屯戍江寧，親自加以訓練。」
而這更讓人感到奇怪，因為兩江地區（江蘇、安徽、江西）在曾國藩的治理下，按理說是沒有什麼匪患的；而更奇怪的是，朝廷竟然同意了。很明顯，馬新貽調任兩江總督，是帶著密令去的，目標很明確，那就是調查曾國藩，或者說是針對湘軍。但在這期間，安慶發生了一起針對洋人傳教士的事件，這就是「安慶教案」，並因此籤訂了《南京條約》。
在「安慶教案」後，馬新貽去官署西側箭道校閱士兵操練射箭，結束後步行回官署。剛走到門口，有一個叫張汶祥的人從旁邊突然衝出來，偽裝成想要告狀的樣子，近身後突然抽出刀來刺向馬新貽，刺中了馬新貽腋下，次日，馬新貽因傷重不治身亡。護督將軍魁玉將此事上報朝廷，朝廷驚愕悲悼，賜恤，贈太子太保，給予騎都尉兼雲騎尉世職，諡端愍。
表面上看，這起刺殺案件，並沒有什麼奇怪之處，主犯也被抓了，給他定罪然後判刑就了結了。如果這僅僅是一起普通的刺殺案件的話，這麼理解沒錯，但被殺的是身負密令的兩江總督，而張汶祥僅是一個無名小卒，與堂堂封疆大吏似乎沒什麼關聯，而且想要刺殺封疆大吏有這麼容易的話，那曾國藩早死了一萬次了，因為恨曾國藩的人絕對不少。
封疆大吏出行，身邊明處的侍衛和暗處的保鏢絕對不少，一般的人想見到封疆大吏都難，更別說刺殺了；但張汶祥就是這麼輕鬆的成功了，而且他在刺殺馬新貽後，既沒自盡，也沒有逃跑，反而是大聲高呼：「刺客是我張汶祥！」，並束手就擒，這明顯就不像是有深仇大恨或者是職業刺客的行徑，反而像是被迫來當刺客的。
朝廷命護督將軍魁玉嚴審張汶祥，但這張汶祥的供詞反覆變更，也不知道他是故意胡說八道，還是在想說真話的時候被威脅；給事中王書瑞奏請要查清楚主使者，朝廷命漕運總督張之萬會審。魁玉與張之萬最後以供詞上奏，大意是：「張汶祥曾經是太平軍，後來又暗通海盜，馬新貽任浙江巡撫時，捕殺南田海盜，張汶祥的同黨大多被殺，妻子為人擄掠。馬新貽到寧波閱兵時，張汶祥遞呈控拆但沒有被受理，因此而懷恨在心，並沒有人指使他，請以大逆定罪。」
但這樣的說法，忽悠普通百姓還可以，但卻絕難讓朝廷裡的人滿意；幾次之後，朝廷受不了魁玉與張之萬推諉的態度，於是改派曾國藩擔任兩江總督，刑部尚書鄭敦謹帶著滿郎中伊勒通阿、漢郎中顏士璋赴江寧追查此案；曾國藩遲遲不肯赴任，而鄭敦謹在查訪中，自然是查到了一些東西，但是在曾國藩到了江寧後，鄭敦謹三人的態度卻是截然改變。
最後僅以」聽受海盜指使並挾私怨行刺」，「實無另有主使及知情同謀之人」之類的話，上報朝廷。而且關鍵是鄭敦謹在回朝廷的途中，稱病辭職；而伊勒通阿和顏士璋回去之後也被外放，其中顏士璋被調往了甘肅。最終，這樁奇案以張汶祥被處以極刑而不了了之，背後的主謀終究是沒能挖掘出來。
根據種種線索猜測，馬新貽被刺殺與湘軍是脫不了關係的；因為馬新貽被調往兩江，應該是調查失蹤的太平天國國庫，這是朝廷急需的一筆龐大財富，在湘軍破城之後，卻突然消失。而且當時湘軍擁兵三十餘萬，而且這支軍隊只聽曾國藩的調遣，這讓朝廷坐臥難安；朝廷之所以將曾國藩調往直隸，應該就是便於控制，一旦查出「刺馬案」與曾國藩或者湘軍有關，就會立即擒殺曾國藩。
但兩江地區早已被曾國藩建設得如同鐵桶一般，鄭敦謹等人在江寧地區自然也是感覺出來了，如果真將實情報上去，縱然曾國藩被殺，但曾國藩還有個更加無法無天的弟弟——曾國荃，且曾國荃能力和威望絲毫不弱於曾國藩，曾國藩之所以穩如泰山，就是知道這一切。但曾國藩也是聰明人，在「刺馬案」後不久，便主動上奏，請求裁軍，雙方皆大歡喜，而這樁奇案，就此成了懸案，也沒人去追究了。