慈禧之所關注「楊乃武與小白菜」案，為其平反昭雪，主要是想藉助對這件影響非常大的晚清四大冤案之一的處理，來打擊她早已擔心難以控制的「湘軍」一系，同時起到了「一石二鳥」的作用，起到安撫讀書人的心，贏得了百姓的讚譽的作用。
「楊乃武與小白菜」案件的緣由
這個案件也是晚清四大疑案之一，在當時影響非常大，近現代也多次被改編為小說和電影廣為流傳，為世人所熟知。案件的當事人之一是一個叫楊乃武的讀書人，後來中過舉人；另一位當事人叫葛畢氏，本名畢秀姑，早年嫁給葛品連做童養媳，因為喜歡穿綠衣白褲，被人送外號「小白菜」。
小白菜的老公葛品連是一個豆腐坊的夥計，夫妻二人租住了楊乃武的房子，平日裡葛品連到豆腐坊做工，畢秀姑在家操持家務。畢秀姑只有十八歲，為人聰慧秀氣，也非常活潑，而房東楊乃武平時在家讀書準備參加科舉考試，日常中楊乃武和畢秀姑也難免會打照面，日子長了，兩人也逐漸熟悉了。
由於葛品連經常忙於豆腐坊的活計，不經常在家，而楊乃武在讀書之餘，也會偶爾教教畢秀姑讀讀書、識識字，本來因為葛品連長相醜陋，鄰居就曾開玩笑說畢秀姑是「一朵鮮花插在了牛糞上」，時間久了，鄰裡之間就傳出了楊乃武與畢秀姑的閒話，說的人多了，葛品連也開始懷疑老婆畢秀姑與楊乃武有姦情，於是，另外租了房子，夫妻二人就搬出了楊乃武的房子。
同治十二年（1873年），楊乃武參加鄉試中了舉人，也算是取得了功名。而當年的十月初九，畢秀姑的老公葛品連突然因病去世，在停屍一晚後，發現葛品連的屍體出現口鼻流血的情況，有人就懷疑葛品連是不是中毒而死，才出現口鼻出血的狀況，而葛品連的母親葛喻氏，本來就聽聞兒媳婦與楊乃武的傳言，就懷疑是兒媳婦畢秀姑與楊乃武勾結謀害了自己的兒子。這個葛喻氏平時就非常潑辣兇悍，立即跑到縣衙喊冤，說兒媳婦勾搭姦夫謀害了他兒子葛品連。
案件的審判過程
案子告到餘杭縣衙後，知縣劉錫彤立即派仵作沈祥對葛品連的屍體進行驗看，得出是砒霜中毒而死的結論，於是，下令將畢秀姑拿問下獄。葛喻氏在喊冤時說兒媳與楊乃武有姦情，而這個知縣劉錫彤曾與楊乃武有過節，所以在畢秀姑到案後，知縣劉錫彤對她進行嚴刑拷問，開始畢秀姑一直不承認與楊乃武有私情的情況，但架不住各種刑罰拷打，最後只得承認與楊乃武早有姦情，是二人合謀毒死了葛品連。
同治十二年十月十二日，知縣劉錫彤派人將楊乃武緝拿到餘杭縣衙大堂。按照古代尊重讀書人的規矩，獲得秀才、舉人資格的讀書人在涉及案件見官時，是可以坐著不用下跪，而且享有不能施加刑訊待遇的。但是知縣劉錫彤對已經是舉人的楊乃武並沒有客氣，且自持已經拿到了畢秀姑的口供，立即對楊乃武進行嚴刑審訊，楊乃武在嚴刑拷打下，始終不承認與畢秀姑有姦情，在沒有拿到楊乃武的供詞的情況下，知縣劉錫彤仍然以楊乃武和畢秀姑通姦謀殺親夫為由，將案件上報了杭州府衙。
杭州知府陳魯下令將人犯押解到杭州繼續審訊，有了畢秀姑的供詞和知縣劉錫彤的添油加醋，陳魯繼續對楊乃武用刑，一連幾堂下來，楊乃武幾次被打的昏死過去，終於招架不住了，承認了與畢秀姑確有姦情，並供述是他將砒霜交給畢秀姑，吩咐她毒死的葛品連。在拿到楊乃武的口供後，陳魯以通姦殺夫之罪判決楊乃武斬立決，葛畢氏（畢秀姑）凌遲處死，並將案件上報給浙江按察使，隨後，浙江巡撫楊昌濬將案件判決情況上報到刑部。
在楊乃武被冤入獄後，他的姐姐楊菊貞和妻子詹彩鳳一直不相信楊乃武會參與謀殺案，就到處為楊乃武喊冤，但始終沒有人理會。楊菊貞曾經在兵部右侍郎夏同善家做過下人，楊菊貞通過夏同善將伸冤的訴狀，遞到了軍機大臣兼總理各國事務衙門大臣翁同龢手裡，翁同龢認為此案確有疑點，他在稟報給慈禧太后以後，由慈禧太后下旨，刑部令浙江巡撫楊昌濬重新審理。而浙江巡撫楊昌濬為了保全原來審理案件的各級官員的面子，仍以「通姦謀命」上奏朝廷。朝廷又委派浙江學政胡瑞瀾為欽差大臣，重審此案，但由於胡瑞瀾並不善於斷案，而且又受了餘杭知縣劉錫彤的賄賂，他就上報朝廷說案件審理嚴謹，沒有刑訊逼供的情況。
不甘罷休的楊菊貞和詹彩鳳，於同治十三年（1874年）九月再次進京伸冤。由夏同善引薦，遍求浙江籍在京的官員三十餘人聯名給都察院，說此案不僅關係到楊乃武和畢秀姑兩人的性命，一個舉人被冤不能洗清，也關係到浙江讀書人的面子。此事也再次驚動了慈禧太后，她下令刑部對這一案件進行徹查，這一次刑部不敢怠慢，立即下令將人犯押解進京。光緒二年（1876年）在經過刑部與都察院、大理寺會審，並對葛品連進行開棺驗屍，最終確定葛品連屬因病死亡，並沒有中毒的情況，而且原來供詞中楊乃武是從愛仁堂購買的砒霜，在調查後愛仁堂並沒有售賣砒霜。
在真相大白後，楊乃武與畢秀姑（小白菜）無罪出獄；楊乃武因為在獄中多次被嚴刑拷打，已是一身傷殘，而且舉人的功名也沒有恢復。光緒三年（1877）二月十六日，慈禧太后下旨，將首審此案導致這起冤案發生的餘杭知縣劉錫同，判處流刑發配黑龍江；浙江巡撫楊昌浚、浙江學政胡瑞瀾，杭州知府陳魯等一幹官員100餘位，革除頂戴花翎，永不續用，其他受此案牽連的官員有近300多人。而楊乃武出獄後，回到鄉下晚年以植桑養蠶為生，畢秀姑回到餘杭，則無家可歸，最終出家為尼。
慈禧關注此案的原因
為什麼一件普通的案件，會引起慈禧太后的關注，這與當時浙江官場的現狀有關。湘軍在圍剿太平天國期間，由於軍功卓著，有許多的將領被朝廷封賞，特別是江浙和湖廣一帶，地方官員大多都是從湘軍中產生的，比如曾國藩就曾擔任過兩江總督，左宗棠也曾擔任過浙江巡撫，胡林翼曾做過湖北巡撫等。在這些封疆大吏的保舉下，這些地區的府、縣等地方官也大多出自湘軍，或者與湘軍有著千絲萬縷的聯繫，比如此案涉及的浙江巡撫楊昌浚，就是出自湘軍，以軍功在曾國藩和左宗棠等人保薦下，升遷為地方大員的。
湘軍和後起的淮軍通過與太平軍的作戰，勢力逐漸壯大，在清廷中有著舉足輕重的地位，到同治三年（1864年），太平天國被剿滅後，在全國八個總督中已經有三個是出自湘軍一系，還有兩個總督也與湘、淮軍極有淵源；在十五位巡撫當中，至少有七位出自湘淮系或者與其有一定的關係；至於府、道、縣一級的官員中，出自湘淮軍系的就更多了。對於這種情況，慈禧太后是非常擔心的，一旦這幫力量反清，清廷是肯定難以控制的。
其實在曾國藩籌辦團練的時候，清廷就有過擔心，並且也有大臣向鹹豐皇帝提出過不同意見，擔心「養虎為患」，但是清政府基於剿滅太平天國的需要，只得冒險讓曾國藩建立了湘軍，從一開始清廷對曾國藩的謹慎使用，始終不輕易給其實職，也可以看出是對他有防備之意。也可能有人會說，既然慈禧對湘淮軍如此不放心，在太平天國被平定後，為什麼不採取「飛鳥盡，良弓藏； 狡兔死，走狗烹」的辦法處理掉他們呢？我認為慈禧也想這樣做，可是晚清已經沒有這個實力了，搞不好弄巧成拙，還有將他們逼反的可能。
慈禧太后對這個案件的關注，也是出於她敏銳的政治嗅覺，浙江是湘軍一系佔據的重要地區，因為當時浙江也是湘軍與太平軍作戰的主要戰場，還有一個原因，浙江的經濟相對其他區域要好得多，許多湘軍將領在戰後，也就地紮根，轉任為地方官，一方勢力獨大的局面是朝廷不願意看到的，既然不能採取「狡兔死，走狗烹」的手段清除，慈禧敏銳的發覺通過一個小小的冤假錯案，就可以不顯山，不露水的清除湘軍在浙江的力量，她何樂不為呢？
正是基於這種考慮，慈禧在獲悉「楊乃武與小白菜」案件情況後，立即下令刑部進行徹查，並在調查結果出來後，很快就下旨對涉案官員進行了處理，一反晚清政壇那種腐朽、拖拉的官僚作風。其實，在晚清政府中，慈禧等清廷上層與地方勢力暗中的較量是無處不在的。我們看，不僅僅是「楊乃武與小白菜」這個案件，在同樣是晚清四大疑案之一的「剌馬案」中，兩江總督馬新貽被殺一事，也同樣牽涉到湘軍系。由此可見，清廷與地方勢力相互之間表面平靜的關係下，也是暗流湧動，非常微妙的。