馬拉松訓練的過程，當然是以跑步為主的各項訓練。除去跑步，也有其它形式的各種輔助訓練。這些訓練成為跑步訓練的組成部分，構成了跑步訓練的整個訓練體系。
優秀的跑者應該在每年的訓練前進行一次運動成績分析，了解一下自己的成績變化。也能重新確定目前自己的跑步水平，確認需要加強訓練的內容。在馬拉松訓練的整個體系中，非跑步訓練項目有多種，它們和跑步訓練相結合，起到提高跑步能力的作用。也有一些訓練會對跑者的訓練起到相反作用，造成跑步傷痛。
力量訓練
進行長距離的快速跑要求跑者經過系統性訓練且具有一定受荷能力。大多數跑者在後半程都會跑得慢一些，通常情況下，後半程的體力也會逐漸變弱。
要解決這個問題，跑者要針對不同的肌肉進行每周2~3次的系統性力量訓練。力量訓練要在跑步訓練之前進行。
跑步時不同部位的肌肉會起到不同的作用。腹部肌肉負責保持上半身姿勢及帶動上半身運動。背部肌肉支撐上半身，上臂擺動帶動身體進行有節奏的跑步。上臂擺動時肩膀會承受負荷。
在慢跑中，除了腿部肌肉以外，腹部肌肉受到的負荷最多。
以下列舉一些方便鍛鍊肌肉的方法：
鍛鍊二頭肌：槓鈴和啞鈴彎舉；
鍛鍊三頭肌：臂屈伸，屈臂撐；
鍛鍊胸部肌肉：引體向上，背部推舉；
鍛鍊腹部肌肉：仰臥起坐，抬腿；
鍛鍊腿部肌肉：屈膝運動，俯臥腿彎舉，提踵。
輔助訓練
輔助訓練是跑步訓練和力量訓練的補充，有助於提高跑者的比賽能力。低強度的輔助訓練可以替代一些跑步訓練，還可以豐富耐力訓練內容，並給肌肉提供新的刺激，讓肌肉得到放鬆。
輔助訓練能促進身體恢復，產生耐力訓練的效果。同時不會讓跑步的肌肉承受過大的負荷。力量訓練也是輔助訓練的一種，其它的還有騎自行車，遊泳，踢球等。
過度訓練
造成過度訓練的因素有很多，引發的後果也很多，但都與大腦，肌肉和新陳代謝等問題相關。要做到預防和糾正過度訓練，就需要跑者認真且持續的評估自己的身體狀態，觀察其是否疲勞過度，特別是在承受高強度負荷之後。
過度訓練或者負荷過度的明顯特徵以下幾種：
關節的強烈疼痛；
靜息脈搏的升高；
肌肉疼痛，跑步成績的顯著下降；
強烈的疲倦感或者被掏空的感覺。
不過，在訓練開始之初跑步者感到疲勞是正常現象，疲勞感會在數日之後逐步消失。一旦強烈感覺到過度負荷或者身體出現劇烈的疼痛，就應該安排低強度的訓練或者安排休息。甚至應該中斷跑步，以便身體恢復。跑步要中斷多久以及進行低強度訓練的時長，應以身體重新感覺良好或者之前出現的疼痛消失為決定因素。
在馬拉松訓練中，跑步必須經常注意身體的信號，在身體出現較大問題或者劇烈疼痛的情況下，勉強堅持訓練只會適得其反。原本只要短暫地中斷訓練就可以使身體恢復，但現在中斷訓練的時間可能是原來的兩倍。
體重
體重會影響跑步用時和跑步時的自我感覺。體重對成績的提高有重大影響。超重的那部分體重是身體額外的負擔。關於體重與跑步的關係有一條黃金法則：每減輕1千克體重，跑步用時將縮短約1%，跑步時的感受將有所改善。
比如，減輕1千克體重，馬拉松用時將縮短約2分鐘，半程馬拉松用時將縮短大約1分鐘，10公裡跑用時將縮短約30秒。
總的說，馬拉松訓練的主要內容是基礎耐力訓練範圍捏的慢速耐久跑和力量耐力訓練範圍內的輕鬆耐久跑。其它訓練事項安排適當會極大提高跑步能力，反之，則會極大影響跑步成績。