第二個間奏第25-28小節,繼續第一間奏的材料,但緊隨著第四次出現的四聲部主題,也繼續四個聲部的延續。較第一個間奏,下面新增的兩個聲部正是緊接著的第二對題、第三對題的結尾。
第五聲部第29-33小節出現了主題的再次重複,只是音區較第一次出現的主題低了八度。至此全曲的五個聲部齊全了。此時第一對題、第二對題在三、四聲部;新增第四對題、第五對題在一、二聲部。順應平穩的主題,對題的性格特點都不很強烈,材料都與主題和間奏保持密切聯繫。
後面第34-38小節為間奏,聲部與前面承接,為五各聲部,力度漸弱至最弱,等待以後面中間部的進入。調性也承上啟下,由#F大調過渡到#d小調。
中間部為第39-116小節,中間部很漫長,仍然通過調性的布局變化展開主題。通過弗裡幾亞調式、愛奧尼亞調式、混合利地亞調式及遠關係的大、小調展開與呈示部的對比。
中間部起始,第39-48小節,隨著前面間奏的第二、第五聲部的停止,聲部減少為三個聲部。首先是一對小調色彩的#d弗裡幾亞調式和#a弗裡幾亞調式的主題進入,與大調色彩的伊奧裡亞、混合利地亞調式的呈示部調性形成強烈對比。
中間部當中第一段間奏,第49-59小節,也叫間插段,延續之前的三個聲部。第49小節從#a愛奧尼亞調式起,當到達第59小節結束時已經轉到了#C混合利地亞調式。#a愛奧尼亞調式為屬方向;#C混合利地亞調式,為後面的#C混合利地亞調式主題出現做準備。